3、万里请缨，血战北疆。
大明万历四十一年（1613年）马千乘被太监邱乘云诬陷，冤死云阳狱中，朝庭因秦良玉屡立战功，遂令袭职，代领石柱宣抚使。从此秦良玉卸裙钗、易冠带。侍女卫队皆戎装雄服，南征北讨，声威远震。
秦良玉得掌兵柄之日，正值女真族崛起于东北，对明廷构成严重威胁之际。大明万历四十七年（1619年）明军在萨尔浒惨败于努尔哈赤的后金军队，举朝震惊，辽东官兵“一闻警报，无不心惊胆丧”，“装死苟活，不肯出战”。朝庭急调永顺、保靖、石柱、酉阳等土司兵赴辽救援。秦良玉奉调兵派遣兄邦屏、弟民屏率兵数千奔赴前线。
大明天启元年（1621年）清军攻占了沈阳，势头更加猖撅，秦良玉的大哥邦屏和弟弟民屏，为了挽回大明的损失，强渡浑河与清兵激战，无奈因寡不敌众，邦屏战死疆场，民屏身陷重围；秦良玉闻讯后，亲自率领百名白杆兵，渡河杀入重围，拼死救出了弟弟，抢回了哥哥的尸体。浑河血战虽因寡不敌众，邦屏阵亡，未能取胜，但却在极艰苦的条件下杀敌数千，重创清兵，被除数誉为“辽左用兵来第一血战”。
兄亡子伤，秦良玉悲怒交集，于是上书皇帝，陈述了自家军队作战及伤亡情况，天启皇帝深为感动，下诏赐予秦良玉二品官服，并封为诰命夫人，任命其子马祥麟为指挥吏，追封秦邦屏为都督佥事，授民屏都司金事之职，还重赏了白杆兵众将士。
浑河血战之后秦良玉立即遣使入都，赶制一千五百件冬衣抚恤士卒，整顿余部。自己则亲率三千精兵直赴榆关（山海关）。榆关是清兵占据辽阳进窥中原必经的咽喉要道。清军屡次派重兵前来叩关挑战，秦良玉不为所激，只命部下加固防守，终使清兵无法得逞。一次，秦良玉的儿了马祥麟带兵巡关时，被敌军的流矢射中一目，他忍痛拔出箭簇，援弓搭箭向远处的敌人射去，连发三箭，射死三个敌人，清兵震惧，从此不敢轻易再来山海关挑衅了。秦良玉坐镇榆关，一方面救济关内外饥民，安定民心；同时加强武备，戮力守卫，有效地遏制了清兵南侵的气焰。在秦良玉的主持下，榆关防务固若金汤，成为清兵无法逾越的屏障。
4、回川平叛，巾帼风采。
不久秦良玉奉令回川扩兵援辽，抵石柱仅一日，适逢永宁宣抚使猓猡族奢崇明反叛。奢崇明以奉诏率兵二万援辽为名，进入重庆，久驻不发，自称大梁王。转而乘虚进逼围困成都，严重破坏了抗清的形势。奢崇明的党羽樊龙占据了重庆后，听说秦良玉带兵回到了石柱，马上派人携金银厚礼去与她联络，想请她共同举兵；秦良玉大怒道；“我受朝延厚恩，正思报效国家，岂能与叛贼为伍！”当即斩了贼使，火速发兵，溯江西上赶到重庆，出其不意地打败了樊龙的部队，攻下重庆。紧接着，秦良玉乃挥师西上救援，派民屏、侄儿翼明、拱明率四千兵马倍道兼行，自带六千精兵长驱西进，直赴成都，赶走了围攻成都的奢崇明部众，先后拿下红崖墩、观音寺、青山墩等几个大寨，彻底击毁了叛军势力。使成都顺利解围，并一举收复重庆。当解除了成都之围，秦良玉率领白杆兵骑马进城时，成都的市民纷纷涌上街头，扶老携幼，争睹女将军的风采。这时秦良玉已是五十开外，几十年的戎马生涯，不但没催她衰老，反而把她磨炼得愈加英姿飒爽。只见她端骑桃花马上，面颊红润饱满，两眼炯炯有神，身姿挺拔，气宇轩昂，一派大将风范，却又不失成熟女性的醇美。成都市民简直把她视为神明，纷纷在她走过的路上焚香跪拜。
巡抚朱燮元设盛宴为秦良玉及部众庆功，秦良玉毫爽海量，与当地高层官员同坐一桌，开杯畅饮。酒酣耳热之时，一位临座的巡抚署官员，也许是被秦良玉酒酣面红的神态迷住了，竟忘乎所以地从桌下伸过一只手来，拉住她的衣角抚弄不放；秦良玉很觉烦心，悄悄抽出佩刀，猛地割下被牵的衣角。在座的人大惊失色，秦良玉却丝毫不动声色，依旧举起酒杯，谈笑风声，倒是那位失态的官员羞愧地离开了席位。
成都、重庆收复后，朝延闻报，授秦良玉为都督佥事，拜为石砫总兵官，以嘉奖她的血战功安邦彦的匪首，自立为罗甸王，招兵买马，占据了贵阳以西的千里之地。朝廷又诏命秦良玉率白杆军人黔平乱，秦良玉义无反顾，率师入黔，很快就平定了叛乱，杀死了安邦彦，但也牺牲了弟弟秦民屏的性命。