适齐
三十五岁时，鲁昭公被鲁国掌权的三桓季孙氏、叔孙氏、孟孙氏击败，逃到齐国，孔子便离开鲁国到齐国。孔子曾与齐太师谈说音乐，闻习韶乐之盛美，三月不知肉味。齐景公问政于孔子，孔子说：“君君，臣臣，父父，子子。”齐景公说：“善哉！信如君不君，臣不臣，父不父，子不子。虽有粟，吾得而食诸？”他日又问政于孔子，孔子说：“政在节财。”景公想封孔子为尼谿田大夫，遭齐相国晏婴进言劝阻，晏婴认为孔子会干扰齐国的文化。后来得知齐大夫想害孔子，景公没有办法，只好辞退孔子，孔子则重回鲁国，聚徒讲学。
初仕鲁国
鲁定公九年，51岁的孔子仕鲁，初为中都宰（中都为今山东汶上县），一年以后又做司空，之后任大司寇。
鲁定公十年，鲁定公与齐景公会于夹谷，孔子“文功武备”，取得外交上的胜利，使齐归还侵占鲁的汶阳等地。
鲁定公十三年，为重新确立鲁公室的权威，孔子策划实施了“隳三都”的政治军事行动，希望能够削减三桓的实力，于是先堕叔孙氏之郈，再堕季孙氏之费，然而围攻郕邑的攻势最终功败垂成。
鲁定公十四年，任大司寇行摄相事，上任七日就以“五恶”之罪诛杀少正卯。然而，有些学者质疑少正卯事件的真实性，甚至是认为“少正卯”这个人不存在，并认为该记述可能是后世受到法家思想影响的学者所杜撰。
由于孔子治下鲁国颇有起色，引起齐人警惧，齐大夫黎鉏设计，向鲁赠送女乐文马，造成鲁定公不问朝政，这使得孔子与鲁定公、季桓子等在道德与政见上的分歧难以弥合，孔子最终去鲁适卫。
周游列国
离开鲁国以后，孔子率众弟子周游列国，辗转于卫、曹、宋、郑、陈、蔡、叶、楚等地，然而均未获重用。其间，在匡、宋、蒲等地，孔子一行多次被困遇险。
留卫期间
孔子到了卫国，在前往陈地时，途经匡城，颜刻举策指着郭外缺口说：“昔吾入此，由彼缺也。”因孔子身材高大，被匡人误以为是鲁国的阳虎，而遭围捕。子路感到愤怒，夺戟准备交战，但被孔子阻止。过程中孔子曾与颜回失散，一度以为颜回已死。
卫灵公提供孔子与仕鲁时同等的俸禄。居住一段时间后，遭人诬谄而离开。
孔子在蒲城滞留几个月后返回卫国。拜见卫灵公夫人南子时，孔子朝着北面，低头俯地，不正视；夫人南子亦于帷幕中再拜孔子。子路得知后，为此事甚感不满，表面上不说，但孔子心里明白，孔子便对着子路向天发誓说：“我如果不对的话，就让老天厌弃我吧！”数月后，卫灵公与夫人南子同车，孔子为次，其余官员在后，招摇游市而过。孔子对此事引以为耻，颜刻问有何耻辱，孔子感叹：“我从未见过像爱好美色那样爱好道德的人啊！”便离开卫国。
过宋之危
孔子到了宋国以后，在大树下和弟子习礼。宋司马桓魋欲杀孔子，将大树拔除。弟子打算尽速离去，孔子说：“天生德于予，桓魋其如予何？”
相失于郑
孔子在郑国时，与弟子失散，孔子独自站立在郭东门。有人告知子贡，东门有人仪表像丧家之犬。弟子终把孔子寻回，并将此话告诉孔子，孔子欣然笑曰：“形状，末也。而谓似丧家之狗，然哉！然哉！”
受困陈蔡
吴伐陈、楚伐蔡之际，楚昭王派人聘请孔子，孔子随即出发。陈、蔡大夫惧怕孔子为楚国所用，便将孔子围困在陈、蔡野外，孔子等人不得行，绝粮七日，许多弟子病倒不起。弟子中多有不快者，孔子仍旧讲诵不绝。后来派子贡至楚，楚昭王兴师迎接孔子。
晚年
颠沛流离凡十四年，前484年，年近七十岁的孔子被季康子派人迎回鲁国尊为国老，但未受鲁哀公的任用，这段期间孔子专注于教育和古籍整理。前483年，独子孔鲤先孔子而死。前481年，颜回先他而去世。孔子有所感慨：“昔从我于陈蔡者，皆不及门也。”哀公十四年夏，齐国陈恒弑其君，孔子斋戒沐浴三天，向哀公恳请伐齐，哀公让他“告季孙”，后孔子向季康子请求出兵，结果遭到拒绝。前479年3月9日（鲁哀公十六年四月己丑日，儒略历3月9日，格里历3月4日，夏历二月十一），孔子逝世，终年七十三岁，被葬于曲阜城北的泗水岸边。众弟子为其服丧3年，子贡为孔子守坟6年。
回首一生，孔子说：“吾十有五而志于学，三十而立，四十而不惑，五十而知天命，六十而耳顺，七十而从心所欲，不逾矩。”