居功自傲 回天无力
作为诛杀国贼的首要功臣，王允自然少不了朝廷的嘉赏和广大人民的称赞。于是，王允态度开始发生改变，似乎有些飘飘然起来：“连董卓这样不可一世的大奸贼都死于我的手下，我还有什么可惧怕的呢？”他便对任何人、任何事情都无所谓，毫不在乎，甚至居功自傲。“及在际会，每乏温润之色，杖正持重，不循权宜之计，是以群下不甚附之。”每当群臣集会，王允很少像以前那样和大家推心置腹，共同商讨权宜之计，而是正襟危坐，面无和悦之色。慢慢地，群臣也不再像以前那样推崇和拥护他了。
当朝文学家蔡邕曾是董卓的旧臣，当听到董卓被杀的消息时，蔡邕正好和王允在一起。当时，蔡邕感到很突然，不禁脸色大变，不由自主地发出一声叹息。王允勃然大怒，严厉指责蔡邕：“董卓是国家的罪人，祸国殃民的罪行不可饶恕，你身为天子臣民，应该从大局考虑，从国家出发，共同声讨国贼，不想你念及他对你的一点私人恩惠，竟然为他感到痛惜，这难道不是与董卓同一鼻孔出气吗？”说完，便不容分辩，立即将蔡邕押至廷尉处问罪。蔡邕有口难辩，但作为文学家和史官，他为了完成自己未完成的事业，继续写成汉史，便陈辞谢罪，自己愿意承受刺剑削足的酷刑以保全余生。士大夫们都十分同情怜悯蔡邕的遭遇，设法营救蔡邕，可毫无结果，太尉马日蝉专程前往王允住处，替蔡邕说情：“伯昭(蔡邕字)是难得的旷世奇才，学问渊博，见多识广，特别是对本朝故事了解颇多，应当给他机会，让他继续写成史书；况且伯昭以忠孝闻名于士大夫之中，现在以莫须有之名给他判罪，恐怕有失众望，不服人心吧!”王允根本不听劝告，反驳马日蝉说：“先前汉武帝不杀司马迁，让他写成谤书，流传后世，现在国事衰败，社会上缺乏时代精神，不能让蔡邕像司马迁那样，毁谤和诬蔑幼小的天子，因为这既对神圣的道德教化毫无益处，而且还使我们这些人遭到批评和指责！”马蝉无奈，只得退出，感慨地对别人说：“王允这种作法恐怕不行吧!善待人才，这是一个国家得以维持和发展的命脉，而让国家经典得以流传，则是重视国家制度和创作的保障。如今，像王允这样不重视贤才，切断国家的命脉，阻碍国家经典的流传，难道能维持久远吗？”可怜蔡邕最后冤死狱中。之后，文武百官和士大夫对蔡邕的死议论纷纷，王允这才真正明白蔡邕的确罪不及死，后悔莫及。
董卓死后，王允在如何安排和处理他的旧部时，反复无常，态度极不慎重，而这正是王允最后走向灭亡的最重要和最直接的原因。他先是想全部赦免董卓的部下，可继而又对群臣解释说：“本来，他们是没有罪的，只是身不由己，跟随董卓，所以不得已听从董卓差遣，犯了错误。现在如果给他们突然加上恶逆的罪名，而且特定赦免他们，恐怕反而使他们猜疑恐惧，心理承受不了，所以，赦免他们无罪不是使他们安心的上上之策，还不如让他们承受惩罚。”凉州兵是董卓的嫡系部队，战斗力强，而且对董卓最忠心。董卓死后，如何处置凉州兵，是关系王允本人和东汉政权的大事。王允企图削夺凉州兵将领的兵权，取缔全部凉州兵，并且计划利用关东兵去控制他们。可是后来有人对王允说：“凉州兵素来害怕袁绍，畏惧关东兵，而今，如果派关东兵去解散他们，凉州兵人人都会担心性命不保，这样，很容易引起兵变和混乱。还不如任命皇甫义真为将军，去担任凉州兵的统帅，并让他长期留在那儿，以便安抚军心。”王允坚决反对：“这样绝对不行，关东兵是反董卓的义兵，与我们是同一条路线，现在董卓已死，如果继续把他们屯驻在险恶之地，虽然安抚了凉州兵，但是关东兵将领会疑心我们不重视他们。”
凉州百姓听到王允想解散凉州兵的风声后，便到处传言，说王允要杀掉所有凉州人，一时之间，整个凉州人心惶惶，一片惊慌。凉州兵将领本来就成了惊弓之鸟，对自己的前途深感忧虑，当他们得知王允要削夺他们的军权，解散凉州兵的消息后，更是惊慌。绝望的凉州兵寻思：反正是一死，不如死个痛快。于是他们迅速召集军队，严阵以待，准备见机起事，并且互相传告：蔡邕只不过受了董卓的一点厚遇而已，王允便不分青红皂白地把他杀了。对于我们，不仅没有丝毫赦免的意思，反而想剥夺我们的兵权，置我们于死地。我们除了联合起来，别无选择。
当时，凉州军中最有影响和实力的将领是李催和郭汜。他们将所有凉州兵集合起来，誓师进发都城长安。东汉官兵不堪一击，不久，李催、郭汜的部队便攻陷长安。吕布慌忙领兵出逃，在青锁门停住，招呼王允一同逃走。王允断然拒绝，对吕布说：“如果天子祖先在天有灵，能赐福社稷，保佑我们的国家平安无事，我就心满意足了。如果这一愿不能实现，我愿意献出自己的生命，以死来报效朝廷。皇上年纪幼小，少不更事，只能靠我们来辅助他。国家遭受如此灾难，如果弃下皇上，只顾自己逃命，我实在是不忍心。况且，我身为宰相，不仅不能使国家平安无事，反而导致逆贼的反叛，我的责任重大啊!请你出城以后，多多鼓励关东豪杰，要常常念及皇上!”说完，便扶着献帝逃到宣平城楼。李催、郭汜追到宣平门下，叩头便拜。汉献帝壮起胆子询问道：“你们目无王法，作乱京城，到底打算作什么？”李催回答说：“董太师对陛下忠心耿耿，却无缘无故遭人杀害，我们只想替太师讨回公道，不敢造**。等到捉拿处决凶手后，我们愿意接受审判。”王允二话没说，向汉献帝行了最后的君臣大礼，便随士兵走下了城楼，李催、郭汜命令手下当场将王允处决。
王允死后，“天子感恸，百姓丧气”。迁都许昌后，汉献帝思念王允的忠贞气节，便改用隆重的殡礼重新安葬王允，还特意派虎贲中郎将“奉策吊祭，赐东园秘器，赐以本官受绶，送还本郡”。后来，又封王允的孙子王黑为安乐亭侯，食邑300户。