抗日战争时期
1937年8月，朱德与周恩来、叶剑英出席蒋介石主持的南京国防会议。会后返回陕北出席洛川会议，担任中共中央军委副主席。8月25日，红军主力改编为国民革命军第八路军，朱德任总指挥，并担任中央军委华北军分会书记，晋升中华民国国民革命军上将军衔。1937年9月6日，朱德率八路军总部开赴山西五台，指挥八路军参加抗日战争。9月11日，八路军改称第十八集团军，朱德担任总司令。此后，取得平型关大捷、雁门关大捷、摧毁日军阳明堡机场等胜利，配合国民革命军组织的太原会战。10月，与彭德怀、任弼时向中共中央建议，恢复在改编为八路军时取消的政治委员制度。太原会战后，朱德指挥八路军各部深入华北敌后，开展游击战争，开辟了晋察冀、晋西北、晋冀豫和晋西南等根据地。
1938年2月，兼任第二战区东路军总指挥。此后，指挥八路军和部分国民革命军开展晋东南1938年战役，击败日军九路围攻。随后，按照中共中央关于开展平原游击战争的指示，组织八路军各部挺进冀南、冀中、豫北和山东，开展游击战争，并扩大根据地。发表《论抗日游击战争》，论述了抗日游击战争的性质、意义和战略作用。1939年3月，兼任第二战区副司令长官。1940年3月，与彭德怀指挥八路军先后进行了卫东战役和磁武涉林战役，击败国民革命军石友三、朱怀冰部。5月，从华北前线前往洛阳与第一战区司令长官卫立煌谈判，之后经西安返回延安。
1940年8月，与彭德怀、左权共同部署八路军开展百团大战。同年冬，提出“南泥湾政策”，指示部队在不妨碍作战和训练的条件下垦荒屯田，逐步做到生产自给，并亲自参加大生产运动。1941年11月起，负责领导军事教育委员会，并兼任军事学院院长，曾发表多篇文章，论述军队建设及战略战术的演变。1944年5月，中共六届七中全会决定毛泽东、朱德、刘少奇、周恩来、任弼时为主席团成员，处理中央日常工作。1945年4月，出席中共七大，作军事报告《论解放区战场》。6月，当选为中央政治局委员，中央书记处书记，排名仅次于毛泽东。1945年8月，在美国对日本使用原子弹和苏联红军进入中国东北之后，朱德向中共领导的敌后抗日军队下令，向日军展开大反攻，要求敌后战场的日军绝不能向国民政府投降，要向当地的八路军、新四军投降。8月15日，日本投降，抗日战争结束。抗日战争结束后，被中华民国国民政府授予抗战胜利勋章。
第二次国共内战时期
抗日战争结束后，在毛泽东赴重庆同国民党总裁蒋介石进行重庆谈判期间，朱德与刘少奇在延安继续处理中共中央日常事务，参与制定“向北发展，向南防御”的战略方针，主张及早占领东北；参与制定和调整战略部署，编组野战兵团，实现战略转变等决策。第二次国共内战爆发后，同毛泽东指挥中共军队作战。1947年2月10日，开始以中国人民解放军总司令名义发布命令。1947年3月，由于胡宗南的军队进攻陕北，朱德参加刘少奇为书记的中央工委，开赴河北西柏坡，负责中共占领区土地改革运动的工作。1947年10月，朱德指导华北野战军举行了清风店战役和石家庄战役，这是人民解放军第一次攻克坚固设防的大城市。此后他总结石家庄攻坚战的经验，在各战区迅速推广。
1948年4月，毛泽东、周恩来、任弼时率中共中央机关部分人员到达河北平山县西柏坡，同朱德、刘少奇会合。随后，代表中共中央、中央军委前往濮阳地区指导华东野战军工作，作了中原会战动员报告，提出加强部队团结和纪律问题。同年9月至1949年1月，朱德以中央军委副主席、人民解放军总司令身份协助指挥辽沈战役、淮海战役、平津战役等。1949年4月20日，国共最后和平谈判完全破裂；次日，毛泽东和朱德即联名发出《向全国进军的命令》，命令各野战军向全国进军。9月30日，在中国人民政治协商会议第一届全体会议上，当选中央人民政府副主席。
中华人民共和国成立后1949年10月1日，在中华人民共和国开国大典上，朱德在聂荣臻陪同下检阅中国人民解放军部队。10月19日，任中央人民政府人民革命军事委员会副主席。朱德参与制定中共中央的路线、方针和政策，致力于经济建设和国防建设；领导空军、海军、装甲兵和战略导弹部队等军兵种的组建工作，使中国人民解放军完成了由单一兵种向诸军兵种合成军队的转变。他重视部队训练和兴办各类军事院校，强调部队在实现现代化、正规化的过程中，既要保持优良传统，又要摆脱经验束缚。重视发展尖端武器，主张国防工业实行军民结合、平战结合。
1949年11月9日，朱德任中共中央纪律检查委员会书记，直到1955年3月。1950年5月6日，朱德作《加强党的纪律检查工作》的讲话，反对脱离群众和官僚主义作风，强调党员在党纪面前一视同仁。1951年，参加三反五反运动。1月26日，向毛泽东建议加强纪检工作。1952年6月22日，朱德向毛泽东报告中建议健全党组织生活和民主生活，进行遵纪守法教育。1954年4月25日，针对高岗饶漱石事件，朱德发表讲话，强调军队要服从党的领导。
1954年9月，当选为中华人民共和国副主席。1955年9月27日，被授予中华人民共和国元帅军衔，获一级八一勋章、一级独立自由勋章、一级解放勋章。1956年4月，致函中共中央，作出世界战争短期内打不起来的战略判断，主张抓紧时间尽快发展经济，增强国防事业的物质基础。9月，出席中共八大，作《加强团结，建设社会主义》的发言，会后当选中共中央副主席。1957年3月，致函中共中央和毛泽东，建议军工、民用生产相结合。1958年1月，发表《勤俭持家》一文，指出社会主义实行的按劳分配原则并不是“吃大锅饭”。
1959年3月，访问波兰和匈牙利。4月，出席第二届全国人大第一次会议，当选为全国人大常委会委员长。他在担任人大常委会委员长期间，参与制订了一系列法律法规。7月，出席庐山会议；期间批判彭德怀，朱德在发言时肯定彭德怀的积极一面，被毛泽东批评为“未抓到痒处”；9月，朱德被迫在军委扩大会议上做检讨，之后担任军委常委。此后，朱德到各地视察。1960年，提出农业生产一定要因地制宜，不能强求一律。1961年，建议停办农村公共食堂，恢复集市贸易。
1962年1月，出席七千人大会。此后致函中央，认为对农民限制得过死，影响群众的生产积极性。1963年，提出应当注意发展经济作物，发展集体副业和社员的家庭副业；特别是山区和丘陵地区，搞多种经营的门路很多，应大力恢复和发展。1965年12月，出席在上海召开的中央政治局常委扩大会议。在会上发言称，不能说毛泽东思想是马列主义的顶峰，顶峰就不能发展了。
文化大革命时期
1966年5月，朱德出席中央政治局扩大会议，在会上受到批判。会后发出五一六通知，文化大革命爆发。8月，在中共八届十一中全会上再次受到批判。1967年1月，出席中央政治局扩大会议。在发言中指出，现在文化大革命搞到破坏生产的程度，要注意解决。之后，在江青授意下，造反派称朱德是“大野心家、大军阀、黑司令”，朱德受到政治迫害，勒令交代反毛罪行。1968年10月，中共八届十二中全会召开，朱德、陈云、叶剑英、徐向前、陈毅、聂荣臻等人被分为不同小组，进行批判。1969年4月中国共产党第九次全国代表大会上，朱德、陈毅、徐向前、聂荣臻等元帅继续被分组批判。不过，朱德因为毛泽东的有意保护，仍被列入中央政治局。
1969年10月，林彪发布《林副主席指示第一号令》，全军进入紧急战备状态，各军队将领被迫疏散离京。其中朱德去广东从化、叶剑英到长沙、刘伯承去武汉、陈毅在石家庄、聂荣臻去邯郸，徐向前在开封。1970年7月，从广东回到北京，筹备召开第四届全国人民代表大会。8月，出席中共九届二中全会。1973年8月，出席中共十大，当选中央政治局常委。1974年8月，到秦皇岛视察海军舰艇部队。1975年1月，主持第四届全国人大第一次会议，继续当选为全国人大常委会委员长。1976年6月25日，在人民大会堂等候会见澳大利亚联邦总理马尔科姆·弗雷泽，吹冷气过久而感冒。1976年7月6日15时01分，朱德因感冒并发症在北京逝世。