这一时期正是民族危亡之秋，作为校长他不仅要忙于校务，还要花很多时间、精力应付日本方面的骚扰。“九一八”事变后，日寇步步进逼，迅速向长城以内推进，占领河北北部，成立所谓的“自治政府”，并鼓吹推行华北“自治”。在这一紧急关头，北大教授联名发表宣言，声明誓死反对所谓的华北“自治运动”。他也是签名者之一。一天下午，日军要他去“谈谈”，虽然深知其中的危险，但他还是毅然决定独自前往日本兵营。果然日寇企图把他劫持到大连去，《西潮》一书以生动的笔触记下了这样一段对话：
“我不是怕，如果我真的怕，我也不会单独到这里来了。如果你们要强迫我去，那就请便吧！我已经在你们掌握之中了。不过我劝你们不要强迫我。如果全世界人士，包括东京在内，知道日本军队绑架了北京大学的校长，那你们可就要成为笑柄了。”
“你不要怕呀！”
“怕吗？不，不。中国圣人说过，要我们临难毋苟免，我相信你也一定知道这句话，……” (《西潮·新潮》岳麓书社2000年出版，P203)
夜色四合，他终于离开日本兵营，平安地回到北大。只身赴约，在日寇的兵营里，在威吓面前，他显得如此从容，如此坦然，这一幕就足以让我们重新认识这个北大校长。“临难毋苟免”是古代圣人的教诲，如果没有他这样的一介书生付诸实践，那无非是一句空话而已。
随后，宋哲元派人劝他离开北平，但他坚持留在北大负起自己的责任。直到抗日战争全面爆发，他“一直把握着北大之舵，竭智尽能，希望把这学问之舟平稳渡过中日冲突中的惊涛骇浪。”卢沟桥事变后，北大南迁，与清华、南开合组长沙临时大学，后迁往昆明，改名为国立西南联合大学，由三校校长蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓组成常委会共同主持校务，历时9年，写下了民族教育史上的辉煌篇章。蒋梦麟回忆：“在动乱时期主持一个大学本来就是头痛的事，在战时主持大学校务自然更难，尤其是要三个个性不同、历史各异的大学共同生活，而且三校各有思想不同的教授们，各人有各人的意见……幸靠同仁们的和衷共济，我们才把这条由混杂水手操纵的危舟渡过惊涛骇浪。”这其中当然凝结着他的一份心血、智慧与汗水。
从1919年到1945年，蒋梦麟前后在北大工作了20多年，主持校政17年，在北大校史上是绝无仅有的。 以他的渊博学识和精明干练，在那黑暗而动荡的乱世中国，克服重重困难，坚持办学，使北大的教学与科研水平稳步上升，这一奇迹是与他的办学思想分不开的。他说在北大任职期间，蔡元培先生有关大学教育的主张和学术自由的原则，他始终谨记在心，遵照执行。晚年他在未完成的《新潮》一书中深情回忆：“著者大半光阴，在北京大学度过，在职之年，但知谨守蔡校长余绪，把学术自由的风气，维持不堕。”
蒋梦麟，这个曾经为中国教育事业尽心尽力，对塑造北大精神起过至关重要的作用的教育家，不幸生活在一个风雨飘摇、“扰攘不安” 的年代，因为不同的政治态度和选择，连他的名字都被长期湮没、遗忘了，正如他生前所说的“历史的事实却不能因政见不同而抹杀的”，无论如何他在教育史上的地位是任何人都抹杀不了的。
“我不是怕，如果我真的怕，我也不会单独到这里来了。如果你们要强迫我去，那就请便吧！我已经在你们掌握之中了。不过我劝你们不要强迫我。如果全世界人士，包括东京在内，知道日本军队绑架了北京大学的校长，那你们可就要成为笑柄了。”
“你不要怕呀！”
“怕吗？不，不。中国圣人说过，要我们临难毋苟免，我相信你也一定知道这句话，……” (《西潮·新潮》岳麓书社2000年出版，P203)
夜色四合，他终于离开日本兵营，平安地回到北大。只身赴约，在日寇的兵营里，在威吓面前，他显得如此从容，如此坦然，这一幕就足以让我们重新认识这个北大校长。“临难毋苟免”是古代圣人的教诲，如果没有他这样的一介书生付诸实践，那无非是一句空话而已。
随后，宋哲元派人劝他离开北平，但他坚持留在北大负起自己的责任。直到抗日战争全面爆发，他“一直把握着北大之舵，竭智尽能，希望把这学问之舟平稳渡过中日冲突中的惊涛骇浪。”卢沟桥事变后，北大南迁，与清华、南开合组长沙临时大学，后迁往昆明，改名为国立西南联合大学，由三校校长蒋梦麟、梅贻琦、张伯苓组成常委会共同主持校务，历时9年，写下了民族教育史上的辉煌篇章。蒋梦麟回忆：“在动乱时期主持一个大学本来就是头痛的事，在战时主持大学校务自然更难，尤其是要三个个性不同、历史各异的大学共同生活，而且三校各有思想不同的教授们，各人有各人的意见……幸靠同仁们的和衷共济，我们才把这条由混杂水手操纵的危舟渡过惊涛骇浪。”这其中当然凝结着他的一份心血、智慧与汗水。
从1919年到1945年，蒋梦麟前后在北大工作了20多年，主持校政17年，在北大校史上是绝无仅有的。 以他的渊博学识和精明干练，在那黑暗而动荡的乱世中国，克服重重困难，坚持办学，使北大的教学与科研水平稳步上升，这一奇迹是与他的办学思想分不开的。他说在北大任职期间，蔡元培先生有关大学教育的主张和学术自由的原则，他始终谨记在心，遵照执行。晚年他在未完成的《新潮》一书中深情回忆：“著者大半光阴，在北京大学度过，在职之年，但知谨守蔡校长余绪，把学术自由的风气，维持不堕。”
蒋梦麟，这个曾经为中国教育事业尽心尽力，对塑造北大精神起过至关重要的作用的教育家，不幸生活在一个风雨飘摇、“扰攘不安” 的年代，因为不同的政治态度和选择，连他的名字都被长期湮没、遗忘了，正如他生前所说的“历史的事实却不能因政见不同而抹杀的”，无论如何他在教育史上的地位是任何人都抹杀不了的。