第二次推行
强令官民剃发的举措引起汉人的普遍不满，激起了汉人各阶层人士的反对，导致了长期的政局不稳以至生灵涂炭。“及有剃头之举，民皆愤怒，或见我人泣而言曰，我以何罪独为此剃头乎？”为了保持发饰，许多人因此反抗满清，或者宁愿一死。不仅原先准备降清的人立即改弦易辙，连已经归附的州县百姓也纷纷揭竿而起，树帜反清，由此引起的反抗以至于大规模的武装斗争几乎遍及全国。满清对此进行了严厉的镇压。清兵在南方的镇压，多因剃发而起。清朝统治者当时亦指出：“乃剃头一事，又适为奸民借口，以至变故丛生。”
1645年（顺治二年）五月，清兵进军江南，占领弘光政权首都金陵，统治初步巩固，多尔衮于五月二十九日重颁薙发令。
六月初五日，多尔衮给江南前线总指挥多铎下达指令：“各处文武军民，尽令剃发，傥有不从，以军法从事”。要求在江南推行剃发令。
六月十五日，通告全国军民剃发。下令各地限公文到达的十日内完成剃发，违令者死。地方官员如果上奏反对，“杀无赦”。当时有“留头不留发，留发不留头”的口号流传，在福建还流传着“留发不留人，留棺不留屋”的说法。有记载称满族将领令剃发匠背着担子在街上巡视，看见蓄发髻的人就上去抓住强行剃发，稍有抵抗，就当场杀掉，把头悬挂在竿上示众，所以后来的剃发挑子后面都竖着一根竿子。
六月多尔衮颁布薙发令时，对于汉人之衣冠服饰，也要求更换，但未严令实施期限，“许从容更易”。然而没过多久，在七月初九日时，又下谕“官民既已剃发，衣冠皆宜遵本朝之制”，于是衣冠之禁也与剃发同样严厉，有学者指出因为不改衣冠而遭屠戮者也同样多。然而由于抵制剃发的斗争已经持续多年，加上强迫穿满服这一命令的难以推行，以致后来在服饰和发式上推行的清令更加不了了之，后期形成了以汉文化为主干、以满族代为接枝的混合型文化。甚至于辛亥革命年间在某些地区依然保留了明代式样的服饰。
在常熟，“清兵见未剃发者便杀……名曰‘捉剃头’”。常熟人民组织乡兵，推崇祯信阳州知州、弘光兵部郎中严栻为首领，保卫地方，抵抗清军，并尊奉活动在崇明岛的明义阳王，一直战斗到九月份才被清兵的屠戮镇压下去。
因为薙发令的颁布，南直隶常州府江阴县杀了县令，起兵反清。告示曰：“岂意薙发一令，大拂人心，是以乡城耆老，誓死不从。”江阴人民以“头可断、发绝不可剃”的口号对抗清朝“留头不留发、留发不留头”的口号，由典史陈明遇、阎应元领导军民抵抗，死守城池八十一日，杀死清兵数万人，阎应元最后留下辞世诗：“八十日带发效忠，表太祖十七朝人物。十万人同心杀贼，留大明三百里江山。”顺治二年八月二十日，江阴城破，清兵大屠杀三日。
嘉定人民以“为我保此发肤”的口号，抵抗清兵二十余日。嘉定总兵吴志葵趁人民不满时占据县城抗清，导致原本效忠于大顺的李成栋下令屠城，为嘉定三屠“第一屠”之原因。
剃发令传到金坛，抗令者三四百人聚会，清镇江知府从别处运来拒不剃发者的首级威胁民人，声言“一人不剃发全家斩，一家不剃全村斩”。于是人民揭竿而起反抗，二十日后方被镇压。
吴江乡民因为不肯剃发，杀县令，遭屠杀。
1645年（顺治二年）七月，田仰指剃发为名在通州如皋海门起兵，活动在苏北和长江三角洲。
1645年（顺治二年）十月，原任陕西河西道孔闻謤（孔子后人）上书表示：孔子家族衣冠已经延续了三千年，希望能够保持不变，免受剃发易服。多尔衮回应：剃发严旨，违者无赦。孔闻謤疏求蓄发，已犯不赦之条，姑念圣裔免死。况孔子圣之时，似此违制，有玷伊祖时中之道。着革职永不叙用。
1648年（顺治五年）金声桓与李成栋以反对剃发为理由之一而反清重投南明。然而一度效忠清朝其且实行剃发令的李成栋在点兵时依然穿着“乌纱玉带”，当时亦有人穿着“儒冠”观赏李成栋点兵，而杨涟的长子“时虽剃发，犹汉人衣冠，乌纱大带，不改旧服”。
1648年（顺治五年），黄州府广济县民胡俊甫因居住乡村，患病卧床，一度没有剃发，被发现后，胡俊甫被杀，其邻居被重责，当地知县也受牵连获罪。
1653年（顺治十年），京师逮捕了王玉、梁七子两个因为扮演旦角而没有剃发的人，清廷因此下诏：“剃头之令，不遵者斩，颁行已久，并无戏子准与留发之例。今二犯敢于违禁，好生可恶。着刑部作速刊刻告示，内外通行传饬，如有借前项戏子名色留发者限文到十日内即行剃发；若过限仍敢违禁，许诸人即为拿获，在内送刑部审明处斩，在外送该管地方官奏请正法。如见者不行举首，勿论官民从重治罪。”
在城市，曾有儒生戴上方巾参加庙会，遭官吏拘捕和处死。
1654年（顺治十一年），针对“剃发易服”引起社会矛盾、各地汉人抗争此起彼伏的这种情况，时任大学士的陈名夏说：“留发复衣冠，天下即可太平”，后来陈名夏在南北党争中失势，此话便成为其被处以绞刑的罪名之一。
1673年（康熙十二年），有官员聘请一直穿着“宽博不时”的“宽衣博袖”（明朝服饰）以及终身没有剃发的学者李二曲去讲学，李二曲一道拒绝道：“仆非官僚绅士，又非武弁营丁，窄衣小袖，素所弗便。宽衣博袖，乃庶人常服”。
明末清初思想家王夫之亦终身没有剃发，他晚年居住衡州的当地知府崔鸣鷟以至湖南巡抚郑端亦没有责罚他，他于康熙三十一年（1692年）去世。
政策成果
经过多年的斗争，清政府作出了妥协和让步，从最初以暴力手法转为采取顺其自然和潜移默化的手段，主张比较开明的“移风易俗”政策。康熙三年，清政府本申令禁缠足之习，但由于引起汉族士大夫的不满而流产。康熙年间对于“剃发易服”虽然没有丝毫让步也没意图撤销命令，但并没有效法顺治年期普遍的血腥手法。以致民间发式衣着杂乱，亦出现了广大百姓的服饰依然为明制的情况。西方学者亦指出，清朝官员以外的一般汉人百姓都被允许穿着前朝服饰，到了晚清时期，绝大多数汉人都自愿地改穿了满化的服饰。