大小和卓之乱，是清乾隆二十二年（1757年）中国回部白山派首领霍集占兄弟发动的叛乱，清代文献称之为平定回部。霍集占与其兄波罗尼都出自中亚费尔干纳地区伊斯兰教苏菲派的分支白山派和卓家族，故称波罗尼都为“大和卓”，霍集占为“小和卓”。乾隆二十年（1755年）清廷发兵平定准噶尔后，将被准噶尔囚禁的大小和卓兄弟释放，派波罗尼都随军招抚西域天山南路各地。不久定边左副将军阿睦尔撒纳反叛，大小和卓乘机控制了今新疆西南部一带。乾隆二十二年（1757年），霍集占杀死副都统阿敏道，公然举兵自立。次年（1758年），乾隆皇帝发兵征讨霍集占，清军在库车、叶尔羌（今莎车）、和阗等地与大小和卓交战。乾隆二十四年（1759年），大小和卓西逃，经葱岭进入巴达克山（在今阿富汗东北部）境内。霍集占受伤身亡，波罗尼都被巴达克山首领素勒坦沙擒杀，战事结束。平定大小和卓之乱是乾隆皇帝的十全武功之一，自此天山南路重新纳入中国版图。
白山派和卓家族
大小和卓的祖先是中亚苏菲派纳格什班迪教派的领袖玛哈图木·阿杂木。玛哈图木·阿杂木冒充伊斯兰教先知穆罕默德女儿法蒂玛的后裔，其子孙号称“和卓”，主要分为黑山派和白山派两个敌对的支系。明代中期，黑山派和卓得到叶尔羌汗国王室的支持，成为西域天山南路的伊斯兰宗教领袖。明末清初，白山派领袖玛木特·玉素布从中亚来到喀什噶尔（今喀什市）传教，被叶尔羌汗和黑山派驱逐。玛木特·玉素布之子伊达雅图勒拉和卓逃往甘肃河州（今临夏市），辗转来到西藏，寻求第巴桑结嘉措和蒙古准噶尔部的支持。清康熙十九年（1680年），在伊达雅图勒拉的协助下，准噶尔汗噶尔丹进兵叶尔羌，废黜了叶尔羌汗伊思玛业勒，扶植伊思玛业勒之侄阿卜都里什特即位。伊达雅图勒拉驱逐了叶尔羌的黑山派首领达涅尔，自号“阿巴霍加”，随后与叶尔羌汗发生冲突。约在1692年，伊达雅图勒拉战胜了叶尔羌汗马哈麻特·额敏，控制了喀什噶尔、叶尔羌一带。两年后伊达雅图勒拉去世，喀什噶尔一带陷入叶尔羌汗马哈麻特木明、白山派、吉利吉思（柯尔克孜族）和各地伯克的混战之中。策妄阿拉布坦控制准噶尔部局势后，将天山南路置于其直接统治之下，黑山、白山两派的和卓后裔都被迁至伊犁（今伊犁州）一带囚禁。到了噶尔丹策零在位时，又派达涅尔管理叶尔羌、喀什噶尔等地事务。此时，伊达雅图勒拉之孙玛罕木特已在囚禁中死去，其二子波罗尼都、霍集占，即大小和卓，被囚禁于伊犁以东的额林哈毕尔噶（今依连哈比尔尕山一带），由当地的准噶尔宰桑阿巴噶斯、哈丹兄弟看管。
大小和卓降清
乾隆二十年（1755年）正月，清军分两路出征准噶尔，定边左副将军阿睦尔撒纳、参赞大臣色布腾巴勒珠尔、奉天将军阿兰泰出北路，由定北将军班第统辖；定边右副将军萨喇勒、内大臣鄂容安出西路，由定西将军永常统辖。两军约于博罗塔拉（博尔塔拉）会师。在进军途中，阿巴噶斯、哈丹等人投降清军。四月初八，波罗尼都来到西路军萨喇勒处投诚，称：“策妄阿喇布坦时将我父缚来为质，至今并不将我等放回。我等情愿带领属下三十余户投降大皇帝为臣仆”。不久，霍集占亦随哈丹来降，并称“若荷恩得回故土，情愿招服喀什噶尔、叶尔羌各处人众，同来归顺”。五月，清兵进驻伊犁（今新疆伊犁州霍城县）。班第拟送波罗尼都赴京朝觐，留霍集占在伊犁“照管游牧”，即管理被准噶尔迁徙至伊犁的塔兰奇（准噶尔语“种地人”之意）。
六月，乌什（图尔璊）伯克霍集斯诱擒准噶尔首领达瓦齐，将达瓦齐缚献清军，准噶尔汗国灭亡。此时，喀什噶尔的黑山派玉素普（达涅尔之子）正计划向北进军。阿克苏阿奇木伯克阿卜都瓜卜（霍集斯之兄）向班第提议：由清军护送大小和卓之一前去喀什噶尔，“然后宣告他已被中国皇帝指定为该地区的统治者”。于是班第派遣侍卫托伦泰（蒙古人）与霍集斯护送波罗尼都南下招服喀什噶尔、叶尔羌，霍集占则仍留伊犁。托伦泰与波罗尼都在霍集斯家族的支持下，在乌什集结军队，击败了北上的黑山派，并乘胜南进。喀什噶尔的阿奇木伯克和什克开城投降。叶尔羌的黑山派首领和卓加罕（即雅库布，玉素普长兄）力战不敌，最后兵败被杀。
影响
平定大小和卓是清朝统一中国战争的最后一役，使天山南路复入中国版图。西域底定后，清代中国疆域的正西端延至帕米尔以西的喷赤河流域，版图臻于极盛。邻近新疆的浩罕、布哈尔、安集延、巴达克山、爱乌罕（阿富汗）、博洛尔、乾竺特（坎巨提）等部落遣使入贡，臣属于中国。自康熙时准噶尔东侵以来，持续七十余年的西北边患暂告终结。此后至道光初的六十年间，新疆、蒙古没有发生大的变乱。道光以降，俄罗斯、英国的殖民者深入费尔干纳盆地和克什米尔，逼近中国西境，新疆又进入动荡时期。
大小和卓西逃后，乾隆皇帝下令改革维吾尔人原有的伯克制，禁止伯克世袭，确定大小伯克的品级、员额、俸禄，并实行回避。通过有限度的“改土归流”，伯克阶层由世袭贵族转变为清朝的地方官吏。在军事方面，于回部各城设驻札大臣，领八旗、绿营兵镇守，各城大臣以总理回疆事务参赞大臣为首。乾隆二十七年（1762年），置伊犁将军统辖新疆各地，以领兵追击大小和卓的领侍卫内大臣明瑞补授。“军府制”逐渐确立。
早在霍集占起兵之时，乾隆皇帝已命兆惠清查回部各城户口，调查准噶尔统治时期的历年贡赋。兆惠领兵南下后，舒赫德负责办理此事，将人口、土地、赋税情况陆续造册呈报。西域底定后，清廷减轻了准噶尔、大小和卓统治时期的沉重赋税，废止了名目繁多的勒索摊派。同时广辟屯田、治水灌溉，颁行制钱，使新疆经济得到恢复和发展。到十九世纪初，在新疆南部地区“人们所见到的就只是单调不变的繁荣的过程。”
中国与西亚、南亚的陆路贸易也因回部平定而重新打通。中国出产的茶叶、丝绸、羊毛在叶尔羌、喀什噶尔经浩罕进入波斯和俄国；经拉达克进入英属印度并贩往欧洲。俄国的皮革、火器，英国的鸦片则经叶尔羌流入中国。回部的平定还使自明代中期中断的和阗玉石供应得以恢复。此后，和阗玉成为清皇室垄断的珍宝，其采集和运输受到严格的监管。
白山派和卓家族
大小和卓的祖先是中亚苏菲派纳格什班迪教派的领袖玛哈图木·阿杂木。玛哈图木·阿杂木冒充伊斯兰教先知穆罕默德女儿法蒂玛的后裔，其子孙号称“和卓”，主要分为黑山派和白山派两个敌对的支系。明代中期，黑山派和卓得到叶尔羌汗国王室的支持，成为西域天山南路的伊斯兰宗教领袖。明末清初，白山派领袖玛木特·玉素布从中亚来到喀什噶尔（今喀什市）传教，被叶尔羌汗和黑山派驱逐。玛木特·玉素布之子伊达雅图勒拉和卓逃往甘肃河州（今临夏市），辗转来到西藏，寻求第巴桑结嘉措和蒙古准噶尔部的支持。清康熙十九年（1680年），在伊达雅图勒拉的协助下，准噶尔汗噶尔丹进兵叶尔羌，废黜了叶尔羌汗伊思玛业勒，扶植伊思玛业勒之侄阿卜都里什特即位。伊达雅图勒拉驱逐了叶尔羌的黑山派首领达涅尔，自号“阿巴霍加”，随后与叶尔羌汗发生冲突。约在1692年，伊达雅图勒拉战胜了叶尔羌汗马哈麻特·额敏，控制了喀什噶尔、叶尔羌一带。两年后伊达雅图勒拉去世，喀什噶尔一带陷入叶尔羌汗马哈麻特木明、白山派、吉利吉思（柯尔克孜族）和各地伯克的混战之中。策妄阿拉布坦控制准噶尔部局势后，将天山南路置于其直接统治之下，黑山、白山两派的和卓后裔都被迁至伊犁（今伊犁州）一带囚禁。到了噶尔丹策零在位时，又派达涅尔管理叶尔羌、喀什噶尔等地事务。此时，伊达雅图勒拉之孙玛罕木特已在囚禁中死去，其二子波罗尼都、霍集占，即大小和卓，被囚禁于伊犁以东的额林哈毕尔噶（今依连哈比尔尕山一带），由当地的准噶尔宰桑阿巴噶斯、哈丹兄弟看管。
大小和卓降清
乾隆二十年（1755年）正月，清军分两路出征准噶尔，定边左副将军阿睦尔撒纳、参赞大臣色布腾巴勒珠尔、奉天将军阿兰泰出北路，由定北将军班第统辖；定边右副将军萨喇勒、内大臣鄂容安出西路，由定西将军永常统辖。两军约于博罗塔拉（博尔塔拉）会师。在进军途中，阿巴噶斯、哈丹等人投降清军。四月初八，波罗尼都来到西路军萨喇勒处投诚，称：“策妄阿喇布坦时将我父缚来为质，至今并不将我等放回。我等情愿带领属下三十余户投降大皇帝为臣仆”。不久，霍集占亦随哈丹来降，并称“若荷恩得回故土，情愿招服喀什噶尔、叶尔羌各处人众，同来归顺”。五月，清兵进驻伊犁（今新疆伊犁州霍城县）。班第拟送波罗尼都赴京朝觐，留霍集占在伊犁“照管游牧”，即管理被准噶尔迁徙至伊犁的塔兰奇（准噶尔语“种地人”之意）。
六月，乌什（图尔璊）伯克霍集斯诱擒准噶尔首领达瓦齐，将达瓦齐缚献清军，准噶尔汗国灭亡。此时，喀什噶尔的黑山派玉素普（达涅尔之子）正计划向北进军。阿克苏阿奇木伯克阿卜都瓜卜（霍集斯之兄）向班第提议：由清军护送大小和卓之一前去喀什噶尔，“然后宣告他已被中国皇帝指定为该地区的统治者”。于是班第派遣侍卫托伦泰（蒙古人）与霍集斯护送波罗尼都南下招服喀什噶尔、叶尔羌，霍集占则仍留伊犁。托伦泰与波罗尼都在霍集斯家族的支持下，在乌什集结军队，击败了北上的黑山派，并乘胜南进。喀什噶尔的阿奇木伯克和什克开城投降。叶尔羌的黑山派首领和卓加罕（即雅库布，玉素普长兄）力战不敌，最后兵败被杀。
影响
平定大小和卓是清朝统一中国战争的最后一役，使天山南路复入中国版图。西域底定后，清代中国疆域的正西端延至帕米尔以西的喷赤河流域，版图臻于极盛。邻近新疆的浩罕、布哈尔、安集延、巴达克山、爱乌罕（阿富汗）、博洛尔、乾竺特（坎巨提）等部落遣使入贡，臣属于中国。自康熙时准噶尔东侵以来，持续七十余年的西北边患暂告终结。此后至道光初的六十年间，新疆、蒙古没有发生大的变乱。道光以降，俄罗斯、英国的殖民者深入费尔干纳盆地和克什米尔，逼近中国西境，新疆又进入动荡时期。
大小和卓西逃后，乾隆皇帝下令改革维吾尔人原有的伯克制，禁止伯克世袭，确定大小伯克的品级、员额、俸禄，并实行回避。通过有限度的“改土归流”，伯克阶层由世袭贵族转变为清朝的地方官吏。在军事方面，于回部各城设驻札大臣，领八旗、绿营兵镇守，各城大臣以总理回疆事务参赞大臣为首。乾隆二十七年（1762年），置伊犁将军统辖新疆各地，以领兵追击大小和卓的领侍卫内大臣明瑞补授。“军府制”逐渐确立。
早在霍集占起兵之时，乾隆皇帝已命兆惠清查回部各城户口，调查准噶尔统治时期的历年贡赋。兆惠领兵南下后，舒赫德负责办理此事，将人口、土地、赋税情况陆续造册呈报。西域底定后，清廷减轻了准噶尔、大小和卓统治时期的沉重赋税，废止了名目繁多的勒索摊派。同时广辟屯田、治水灌溉，颁行制钱，使新疆经济得到恢复和发展。到十九世纪初，在新疆南部地区“人们所见到的就只是单调不变的繁荣的过程。”
中国与西亚、南亚的陆路贸易也因回部平定而重新打通。中国出产的茶叶、丝绸、羊毛在叶尔羌、喀什噶尔经浩罕进入波斯和俄国；经拉达克进入英属印度并贩往欧洲。俄国的皮革、火器，英国的鸦片则经叶尔羌流入中国。回部的平定还使自明代中期中断的和阗玉石供应得以恢复。此后，和阗玉成为清皇室垄断的珍宝，其采集和运输受到严格的监管。