明朝
元朝末年红巾军领袖，韩山童父子便是以家传白莲教聚众起事，宣传口号为“弥勒降生”、“明王出世”。后朱元璋亦以“明”为国号。朱元璋成为皇帝之后，知道白莲教会对其帝国构成威胁，纳李善长之议，多次取缔白莲教，《大明律》规定“为首者绞，从者各杖一百，流三千里。”明成祖永乐十八年二月（1420年）山东白莲教女教首唐赛儿发动起义，旋即失败。
成化十八年（1482年），山东即墨军人罗思孚在北直隶创立了罗教，提倡“真空家乡，无生父母”的教义，认为人终究必须回到“无生父母”的身边，而“无生父母”成为最高阶的主神。“无生父母”此一概念，演变为惟一的神“无生老母”，无生老母为白莲教等等教派所接受，几乎皆以“无生老母”为主神，并有三教合流的姿态，宣扬“无生老母”将派遣弥勒佛下凡拯救世人。
万历年间，有所谓的闻香教，“蓟州人王森得妖狐异香，倡白莲教，自称闻香教主。其徒有大小传头及会主诸号，蔓延畿辅、山东、山西、河南、陕西、四川。森居滦州石佛座，徒党输金钱称朝贡，飞竹筹报机事，一日数千里。……四十二年，森复为有司所摄。越五岁，毙于狱。”王森伏诛后，信徒山东巨野的徐鸿儒、北直武邑的于弘志分别发动武装叛乱，均遭明朝镇压。
万历十五年（1587年），都察院左都御史辛自修奏：“白莲教、无为教、罗教，蔓引株连，流传愈广，踪迹诡秘。北直隶、山东、河南颇众。”，万历二十五年刑部侍郎吕坤奏称：“白莲结社，遍及四方，教主传头，所在成聚。倘有招呼之首，此其归附之人。”万历四十三年，白莲教发展至高峰，“近日妖僧流道聚众谈经，醵钱轮会。一名涅盘教，一名红封教，一名老子教。又有罗祖教、南无教、净空教、悟明教、大成无为教，皆讳白莲之名”。
清朝
清兵入关统一中国后，白莲教又与许多民间宗教融合，如老官斋、八卦教，其名目繁多，加上旧有支派，竟高达百余种，教义更加芜杂。清朝的白莲教徒以反抗为己任，倡言“日月复来”，举起反清复明的旗帜，从而遭到清朝镇压。
清顺治、康熙、雍正、乾隆时期，白莲教活动频繁。到了乾隆后期，清朝国力开始下降，是白莲教鼎盛时期，在东北和南方各省广泛流行，其中又以大乘教流行最广。乾隆三十九年（1774年）清水教徒王伦聚众起义。
嘉庆年间白莲教与地方人民结合，引发川楚教乱颇伤清朝国力，之后在嘉庆十八年 (1813年) 发生的天理教之乱是最后一次白莲教名义的叛乱，之后逐渐消失于历史。
光绪二十四年 (1898年)，山东义和团之扶清灭洋运动的主要团队、有部分追溯起源于白莲教的分支派八卦教。
影响
直到近代，白莲教仍未消失，但已发生质变现象。根据清末学者劳乃宣考证，义和团起源于白莲教。但义和团的信仰主要为中国主流文化信仰，如义和团提出的保“华教”、反“洋教”，华教主要是尊孔教、讲人伦、祀祖宗、尊玉皇、拜关帝、诵观音、念弥陀等这些民间主流的三教合流信仰，但偏激极端，并不全然同于白莲教。但不可否认，包括义和团在内的许多民间宗教与团体，都与白莲教息息相关，他们有着相似的信仰及传说，通常以“无生老母”为主神，以弥勒佛救世为号召。
白莲教在民间流传盛广，出现许多英雄人物，在《聊斋志异》故事里也有反映。
白莲教思想也与后代的许多宗教有渊源关系，如罗教（尊明朝北直隶密云县军人罗思孚为始祖）、斋教（亦尊罗思孚为始祖）、在理教（尊清初燕京白云观道人杨来如为始祖）等。