庚子新政
1901年（光绪二十七年）《辛丑条约》签订之后，慈禧太后为了挽回人心下诏实行新政，是为庚子新政。这次改革比戊戌变法更广更深，实行千年之久的科举制度也被废除。在张之洞、刘坤一的建议下，慈禧决定效仿日本，实行君主立宪制，下令预备立宪，又派五大臣前往西方列国考察。
1904年（光绪三十年）爆发日俄战争，战场正是在中国东北，以慈禧太后为首的清政府宣布中立，战争的结果是日本战胜了沙俄。国内人们普遍意识到君主立宪优于君主专制，要求清政府进行宪政改革；与此同时，国内革命运动也愈发高涨。为了维持政权，慈禧作出要立宪的姿态。
1905年（光绪三十一年）派五大臣出洋考察，1906年（光绪三十二年）又下诏预备立宪，1908（光绪三十四年）年颁布《钦定宪法大纲》，内容仿照德国和日本的宪法，维护皇帝“君上大权”。
1908年由于慈禧通过照片外交，美国总统西奥多·罗斯福签署法案，退还庚子赔款一千多万美元，主要用于支持中国官派留美学生；之后，英国、法国、比利时、意大利、荷兰等国相继；七国退还中子赔国之庚款“溢款”总数，约在海关银三亿两左右，对兴办教育事业颇有效果，应当肯定。
光绪三十四年十月二十一日（1908年11月14日），光绪皇帝在北京中南海瀛台涵元殿内驾崩（今考证被砒霜毒死），享年三十七岁，大行皇帝无嗣，经慈禧太后下诏，命醇亲王载沣为监国摄政王，其长子溥仪继承大清王朝皇位，年号宣统，慈禧被尊为太皇太后。
光绪三十四年十月二十二日（1908年11月15日），慈禧太后崩逝于北京中南海仪鸾殿的后殿福昌殿内，享寿七十三岁，结束了长达四十七年的统治。慈禧太后临终之前遗言交待 “此后，女人不可预闻国政。此与本朝家法相违，必须严加限制，不得令太监擅权。明末之事，可为殷鉴！”
宣统元年十月四日（1909年11月16日），将慈禧太后的灵柩从北京紫禁城迁到河北省遵化市清东陵内的菩陀峪定东陵安葬，并将慈禧太后的牌位请入北京太庙供奉。定徽号 “慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙太皇太后”，谥号 “孝钦慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙配天兴圣显皇后”，简称“孝钦显皇后”，谥号共22字，谥号长度超过清朝开国皇后孝慈、本朝孝德、孝贞两位正宫皇后，为清代及中国历代皇后之最。
身后之事
慈禧的陵寝菩陀峪定东陵，营建工程历时十三年，直到她死前才告结束。耗银227万两，金碧辉煌、极尽奢华。
建筑材料的贵重、工艺的精湛、装饰的奢华等方面均居于清朝皇后陵寝的首位。即使是与清朝皇陵相比，某些皇陵也要比她逊色很多。她的随葬品之奢华也令人瞠目结舌，叹为观止。慈禧的随葬品分为两部分：生前置放于墓中金井里的珍宝与下葬时的随葬珍品。
1928年6月，军阀孙殿英藉演习之名，率其部下对慈禧的菩陀峪定东陵和乾隆帝的裕陵进行大规模盗掘。盗墓者将定东陵内的珍宝洗劫一空，甚至连慈禧口中所含的一粒大如鸡蛋的夜明珠都被挖走，此案即是轰动全国的“清东陵盗宝案”。在清皇室的呼吁下，民国政府派员调查此事。孙殿英对外宣称是报祖上孙承宗之仇，并将其中部分盗取的宝物贿赂宋美龄、孔祥熙等人，案件查办最终不了了之。寓居天津的溥仪只得派人将挖出的遗骨重新敛葬。
后来溥仪在其回忆录里提及：祖母慈禧太后夜明珠被盗事，并改馈赠给某位民初权贵夫人（指宋美龄），让他耿耿于怀。
身世来源
一般认为慈禧为满洲镶蓝旗人，玉牒明确记载是“叶赫那拉氏惠征之女”。
但也有学者也提出了不同的观点，认为慈禧太后很有可能是汉族人。
1989年6月，长治市郊区（原属长治县）下秦村77岁的村民赵发旺带着他和上秦村宋双花、宋六则、宋德文、宋德武等人的联名信，找到长治市地方志办公室。赵发旺说，慈禧是上秦村人。他是慈禧太后的五辈外甥，宋双花、宋六则等人是慈禧的五辈侄孙。他们要求政府帮助澄情。从此，刘奇踏上了慈禧童年的研究之路。佐证材料的不断丰富，愈加增强了刘奇的信心，有关著述也颇见报端。2012年4月，在文化部中国艺术研究院主持召开的“共和国社会主义文学艺术五十年研讨会”上，刘奇撰写的《揭开慈禧童年之谜》，获得一等奖。这篇7000余字的论文，集中阐述了慈禧的身世问题。
据刘奇考证，1835年，慈禧出生在山西长治县西坡村一个贫穷的汉族农民家庭，取名“王小慊”。由于家穷、娘死，4岁时，被卖给本县上秦村宋四元为女，改名“宋龄娥”。12岁时，又被卖给潞安府知府惠征为婢，惠征夫人一次无意见到慈禧的双脚心各长一个贵痣，认为她是大福之人，就收她为养女，改姓叶赫那拉，归为满族。咸丰二年（ 1852年），以叶赫那拉惠征之女的身份，应选入宫，平步青云，直至皇太后。
历史上关于慈禧是山西省长治县的汉人是有很多依据：
第一，满族女人是不裹脚的，但慈禧是个小脚女人。满族正黄旗后代佟女士说她小时候，常听家里的老人说，慈禧的脚是缠过又放开的那种，不是满族人的“天足”。当年曾被慈禧召见过的前清京官曹春圃说，当时他跪在地上迎接，“老佛爷由太监李莲英和一位宫女搀扶着由屏风后面走出来，穿元宝鞋，走路一捣一捣的，是一双‘半落子’脚”（缠过又放掉的小脚）。
第二，慈禧不认识满文，批改奏折基本都是用汉文。慈禧集大权于一身，要负责批阅奏折。慈禧的御前女官裕德龄在《御香缥缈录》里说，“老佛爷对于满文实在是认识得很少，少到差不多可以说完全不认识。”也许如果慈禧真是满族人，怎么会不认识满族的文字？而且满人檀林着《圆明园秘闻》说，慈禧“压根就不是一个旗人，是个穷汉人家的小媳妇，被卖给有钱有势的旗人老爷，赶上这次选秀，就被人顶了杠”。
第三，慈禧与其惠征夫人不亲近。燕北老人着《清代十三朝宫闱秘史》记载，慈禧极不尊敬母亲惠征夫人。该书写道：“慈禧及为太后，每见其母，辄曰：‘母向言女为赔奁物，今竟何如？’母甚怒，而不敢言。故事，太后母人官必行大礼，多不敢受者，否亦必侧身避之。慈禧独端坐受焉，母恨之。母喜淡素恶花。每入宫，慈禧辄为簪于头，头上花尝满。母大恚，后遂不入”。
第四，慈禧对待母家的态度。她被封为太后后，虽权倾天下，却独独不富母家。她的侄子和两个弟弟穷到不能为生。
第五，上秦村宋家有祖传的慈禧当年寄给的单身照片，以及慈禧家书残信，残信说的都是皇家之事与同治帝年幼近况，字迹对比与慈禧本人一致。
第六，上秦村宋家有祖传的慈禧当年寄给的光绪年间清廷特制皮夹式清朝帝后宗祀谱（简称“皮夹子”）。
第七，徐锡山所撰《慈禧出身汉人的几点补充理由》一文说，当年其伯祖父徐岫青老先生听“前清京官曹春圃”说，“老佛爷说话不是京腔，带山西老‘侉子’口音”。
第八，慈禧爱吃长治人常吃、爱吃的食品（如窝头、团子、小米粥、玉米糁粥、萝卜、沁州黄小米、壶关醋、襄垣黑酱等），还专门请长治人作御厨。
第九，慈禧爱看流传不广，仅是长治本地人才能听懂的长治地方戏剧上党梆子等。
第十，关心长治百姓和地方建设，对他们特别关照。她用的奶妈是长治七里坡村韩印则的二老奶奶’她的御厨是长治小常村的陈四孩；她安排长治史家庄村原殿鳌担任御前侍卫；后原殿鳌触犯刑律，本当处斩，但太后念他是同乡，不仅赦免了他，还让他到江西做官。对长治地方官和山西商人，慈禧也特别关照，光绪二十六年八国联军打进北京，慈禧和光绪帝逃至大同，留住三天，兵荒马乱中，慈禧仍不忘召见潞安知府许涵度，并“擢冀宁道”。
第十一，西坡村王家记有慈禧出生及卖入宋家、叶赫那拉家后入宫的《家谱》与上秦村宋家的家书残信不谋而合。
第十二，给慈禧画像的美国画家卡尔女士在其《慈禧写照记》中写道：“外间传述，为慈禧家世极为卑贱，初仅为他家使女，厥后始迁入大内，登宝位焉。”
第十三，从光绪二十八年内务府《差务杂录》档得知，慈禧祭典她父母的下款程式中，称其父惠征为'先考惠二太爷'，称其母为'先妣惠二老太太'。”由此可见，惠征夫妇并非慈禧的生身父母。这些现象表明，慈禧小时候得不到惠征夫妇善待的原因在于慈禧不是惠征夫妇的亲生女儿。
传说轶事
传闻清末重臣荣禄少年时代，与选秀入宫前之慈禧为情侣，故当慈禧成为皇太后并掌权之后，对于荣禄大力提拔，宠信有加。此说，见于前清宫中女官裕德龄原以英文出版、亦发行有中文版之小说体作品《爱恋紫禁城：慈禧私秘感情生活》，亦为台湾中视电视连续剧《戏说慈禧》所采用。然而此说并无任何实际依据、与当时的社会常理相悖并且不符合逻辑。实际上荣禄为人非常能干而且主张改革，所以为慈禧太后重用。
《清史稿》记载，慈禧去世时仍然在批折子，可见她的勤政。涂良军推荐的古装剧《戏说慈禧》亦如实拍摄。
大英帝国外交官埃蒙德·特拉内·巴恪思爵士曾出使清朝，据其著作《太后与我》所载，慈禧在满五十岁之前，嗜好房事，数度秘密地招幸外交官，一夜能行房五次。然而该著作被指内容极为离奇荒诞，对于该书的指责，主要集中于两点，一是“不实”，一是“色情”，其文学价值大于史料价值。
有关光绪帝之死因传闻与慈禧有关联，其遗骨及衣物经现代法医技术鉴定后，确认死于急性砷（砒霜）中毒，凶手极有可能为慈禧。主因是慈禧病重时，曾犹豫对光绪帝要如何处置，遂以自己不久人世的消息透露给光绪帝知道，惟其近侍回报，帝曾微露喜色，故慈禧决意自己病终前，帝须先于自己命终，以免皇帝有再度亲政、否定慈禧生前之布局的可能。
民间传说称，叶赫那拉氏先祖布扬古被努尔哈赤杀害前诅咒到：“吾子孙虽存一女子，亦必覆满洲”，巧合的是清朝最后两位太后——慈禧太后和隆裕太后均为叶赫那拉氏，而且一个被认为治国无能导致国力日衰，另一个在位时清朝灭亡。然此说法最早在清光绪年间才出现，且从未出现在之前的史料当中，可能为后人穿凿附会之说。