光宗是个有隐疾的皇帝，在请立嘉王赵扩为太子等问题上，与退位在重华宫的太上皇孝宗有矛盾。皇后李氏以及陈源等从中离间。自绍熙二年十一月后，父子之间隔阂很深，从此光宗不朝孝宗。朝廷危机加深，国事艰危，群臣为促请光宗朝重华宫的太上皇，可说是费尽心机，陈傅良痛哭于庭，赵汝愚甚而引裾求光宗朝重华宫；太学生也上书。绍熙三年十一月，叶适等上疏，请光宗朝重华宫，不从。绍熙四年（1193），叶适奉召赴临安行在，十一月除尚书左选郎官。光宗很长时间以称疾为由，不朝重华宫。宫廷矛盾使朝中大小事皆废。叶适尽力上言，对光宗说，父子之间亲爱出于自然，不能没有事实而生疑忌。光宗有所动心，曾两赴重华宫，都城临安人听说后，都为之欢悦。后来叶适又有建言，未报。但光宗父子之间的矛盾没有解决，群臣请光宗朝重华宫成了朝政的焦点。
绍熙五年（1194）六月，太上皇孝宗死。光宗称疾不执丧事，又引发出朝政危机。赵汝愚及叶适等人，通过韩侂胄请太皇太后吴氏垂帘，尊光宗为太上皇，立嘉王赵扩即帝位，是为宁宗。
宁宗即位后，朝中又展开新的斗争。赵汝愚为宰相，韩侂胄自恃立宁宗有功，为自己仅迁枢密院承旨，很不满意。韩、赵的斗争不断升级。韩侂胄及其周围一批人，排斥打击赵汝愚、朱熹、叶适等。赵汝愚被贬死于衡阳。叶适也受到牵连。韩侂胄与赵汝愚的斗争越演越烈，说朱熹提倡的学术是“伪学”。由“伪学”之禁，演变成反对“逆党”所谓的“庆元党禁”，“初，韩侂胄用事，患人不附，一时小人在言路，创为‘伪学’之名，举海内知名士贬窜殆尽”。
庆元元年（1195）叶适为御史胡绂所劾，降两官。庆元二年（1196），差知衢州。庆元三年，朝廷立“伪学”之籍，名单上共有59人，叶适在其中。
嘉泰元年（1201），叶适起为湖南转运判官，嘉泰二年，弛禁，迁知泉州，次年，赴任。同年九月，应召入对，叶适对宁宗说：“治国以和为体，处事以平为极。臣欲人臣忘已体国，息心既往，图报方来可也。”这番话为宁宗所称许。
韩侂胄发动开禧北伐，叶适说这件事至大至重，一定要考虑周密，“故必备成而后动，守定而后战”，要考虑战事给各方面带来的后果。开禧二年（1206）叶适除工部侍郎，韩侂胄进行北伐，是要利用叶适的声望。但如叶适所料的一样，这次北伐条件不充分，也没有周密的准备，加上用人的不当，吴曦的叛降，虽然战争初期，获得一些胜利，但很快战争的形势发生变化，金兵南下，形势危急。叶适乞节制江北，在和州、滁州等地战斗中，他用劫砦等灵活的战术，给金人以重创。兵退，叶适进宝文阁待制，兼江淮制置使。
叶适在长江以北屯田，设置堡坞，一面屯垦，一面积极备战。这些做法很有成效。开禧北伐失败，史弥远及杨后谋杀韩侂胄，取其首级，以向金人求和。叶适于战端未开之时，极力谏止，晓以利害。在战争中，特别是他节制江北的过程中，解和州之围，实施以江北守江的战略，收到了成效，这些方面是有功的，但中丞雷孝友却弹劾叶适，“罪名”是叶适曾“附（韩）侂胄用兵”。叶适因此被夺职，回永嘉水心村专心著述讲学16年。嘉定四年，转中奉大夫，提举江州太平兴国宫，获祠禄，奉祠凡13年，直至嘉定十六年（1223）辞世，终年74岁。
水心之学，卓然独立
在宋代学术史上，叶适有重要的地位，其主要著作经中华书局整理出版的有《叶适集》（《水心文集》与《别集》合编，1961年版）以及《习学记言序目》（上下册，1967年版）。叶适在学术上的贡献，全祖望评论说：水心较止斋又稍晚出，其学始同而终异。永嘉功利之学，至水心始一洗之。然水心天资高，放言砭古人多过情，其自曾子、子思而下皆不免，不仅如象山之诋伊川也。要亦有卓然不经人道者，未可以方隅之见弃之。乾、淳诸老既殁，学术之会，总为朱、陆二派，而水心龂龂其间，遂称鼎足。然水心工于文，故弟子多流于辞章这段话说明了水心之学的几个方面。一是水心之学在永嘉之学中的地位。宋代的永嘉学派重要人物是周行己、许景衡等所谓的永嘉九先生。永嘉学派中实际包括两个学系，一是二程的洛学，一是张载的关学。这就是全祖望说的：“世知永嘉诸子之传洛学，不知其兼传关学。”传洛学中尤以周行已为重要，“永嘉诸先生从伊川者，其学多无传，独先生尚有绪言”。南宋永嘉学人在传洛学方面，应当提到郑伯雄、伯英兄弟，以及薛季宣、陈傅良等。叶适与薛季宣、陈傅良的关系密切，特别是与陈傅良的关系。叶适14岁结识陈傅良并从学，此后交游40年。南宋的永嘉之学始是“教人就事上理会，步步着实，言之必使可行，足以开物成务”。
所以永嘉之学到了水心，才“一洗之”，这句话可以商榷，但也点出叶适在永嘉学派上的地位。叶适提倡功利，但把讲功利与讲义理结合起来，反对空谈性命，讲求学统，说：“读书不知接统绪，虽多无益也”（《水心文集·赠薛子长》）。叶适虽对理学家有所批判，但他并不是不重视学统，虽然他的道统与程朱的道统观又有差异。叶适完成了薛季宣、陈傅良对永嘉学的构建。叶适写《习学记言序目》时，已经是晚年，对历代儒家经籍和道统都有批判。
叶适的经制之学重典章、重经济、重致用，倡改革，又讲义理。永康的事功之学专言事功，主张“义理之学不必深穷”。水心同这些有差异。
二是水心之学的学风。“水心工于文，故弟子多流于辞章”，这是说叶适与永嘉诸子的不同之处。从另一角度来看，也反映了叶适在理论上的深度不足。《四库全书总目》对《习学记言》有一段评论，说这本书斥汉人言《洪范》五行灾异之非，确能有所见，“足与其雄辩之才相副”；但指出叶适在论太极生两仪的论述，是“文浅义陋”。《四库全书总目》引陈振孙的话，说《习学记言》“其文刻峭精工，而义理未得为纯明正大”。
至于说叶适的门人多流于辞章，那是学风的影响所及。但《宋元学案》又说水心门人也有差别：“水心之门，有为性命之学者，有为经制之学者，有为文字之学者。”还有王大受（拙斋）这样“欲以事功见其门庭”的学者。
三是水心之学的影响。南宋乾道、淳熙之际，宋代文化又出现了一个高潮。最初有朱熹的朱学、吕祖谦的吕学以及陆九渊的陆学。所谓的朱学、吕学、陆学，鼎足而三。或谓是朱学与吕学和张栻的湖湘之学，是南宋的三大学派。而张栻死于淳熙七年（1180），次年吕祖谦也逝世了。从此是朱陆两分天下，叶适的崛起，成为一大宗，遂与朱、陆鼎立而三。但水心之学无法与朱、陆相抗衡。南宋后期，朱学地位在提高，朱、陆合流、相互出入，成为一种文化潮流。朱熹指责陆学之弊是偏，而永康、永嘉之学是大不成学问。①这种学术上党同伐异，不足取。应该说，水心之学是卓然一家，根柢《六经》，折衷诸子，辩理学家说《易》及解《中庸》、《大学》之非，以为“舍孔子而宗孟轲，则于本统离矣”。诸多论断显现思想批判的光华，虽然仍是本《六经》之根本。
著有《水心先生文集》29卷,《别集》16卷,有《永嘉丛书》本、《四部丛刊》影嘉业堂藏明黎谅刊本。1961年中华书局将《文集》、《别集》合编并加校点，为新版《叶适集》。又有《习学记言》50卷，辑录经史百家，各为论述，有《四库全书》本，《习学记言序目》50卷，有敬乡楼丛书本。
绍熙五年（1194）六月，太上皇孝宗死。光宗称疾不执丧事，又引发出朝政危机。赵汝愚及叶适等人，通过韩侂胄请太皇太后吴氏垂帘，尊光宗为太上皇，立嘉王赵扩即帝位，是为宁宗。
宁宗即位后，朝中又展开新的斗争。赵汝愚为宰相，韩侂胄自恃立宁宗有功，为自己仅迁枢密院承旨，很不满意。韩、赵的斗争不断升级。韩侂胄及其周围一批人，排斥打击赵汝愚、朱熹、叶适等。赵汝愚被贬死于衡阳。叶适也受到牵连。韩侂胄与赵汝愚的斗争越演越烈，说朱熹提倡的学术是“伪学”。由“伪学”之禁，演变成反对“逆党”所谓的“庆元党禁”，“初，韩侂胄用事，患人不附，一时小人在言路，创为‘伪学’之名，举海内知名士贬窜殆尽”。
庆元元年（1195）叶适为御史胡绂所劾，降两官。庆元二年（1196），差知衢州。庆元三年，朝廷立“伪学”之籍，名单上共有59人，叶适在其中。
嘉泰元年（1201），叶适起为湖南转运判官，嘉泰二年，弛禁，迁知泉州，次年，赴任。同年九月，应召入对，叶适对宁宗说：“治国以和为体，处事以平为极。臣欲人臣忘已体国，息心既往，图报方来可也。”这番话为宁宗所称许。
韩侂胄发动开禧北伐，叶适说这件事至大至重，一定要考虑周密，“故必备成而后动，守定而后战”，要考虑战事给各方面带来的后果。开禧二年（1206）叶适除工部侍郎，韩侂胄进行北伐，是要利用叶适的声望。但如叶适所料的一样，这次北伐条件不充分，也没有周密的准备，加上用人的不当，吴曦的叛降，虽然战争初期，获得一些胜利，但很快战争的形势发生变化，金兵南下，形势危急。叶适乞节制江北，在和州、滁州等地战斗中，他用劫砦等灵活的战术，给金人以重创。兵退，叶适进宝文阁待制，兼江淮制置使。
叶适在长江以北屯田，设置堡坞，一面屯垦，一面积极备战。这些做法很有成效。开禧北伐失败，史弥远及杨后谋杀韩侂胄，取其首级，以向金人求和。叶适于战端未开之时，极力谏止，晓以利害。在战争中，特别是他节制江北的过程中，解和州之围，实施以江北守江的战略，收到了成效，这些方面是有功的，但中丞雷孝友却弹劾叶适，“罪名”是叶适曾“附（韩）侂胄用兵”。叶适因此被夺职，回永嘉水心村专心著述讲学16年。嘉定四年，转中奉大夫，提举江州太平兴国宫，获祠禄，奉祠凡13年，直至嘉定十六年（1223）辞世，终年74岁。
水心之学，卓然独立
在宋代学术史上，叶适有重要的地位，其主要著作经中华书局整理出版的有《叶适集》（《水心文集》与《别集》合编，1961年版）以及《习学记言序目》（上下册，1967年版）。叶适在学术上的贡献，全祖望评论说：水心较止斋又稍晚出，其学始同而终异。永嘉功利之学，至水心始一洗之。然水心天资高，放言砭古人多过情，其自曾子、子思而下皆不免，不仅如象山之诋伊川也。要亦有卓然不经人道者，未可以方隅之见弃之。乾、淳诸老既殁，学术之会，总为朱、陆二派，而水心龂龂其间，遂称鼎足。然水心工于文，故弟子多流于辞章这段话说明了水心之学的几个方面。一是水心之学在永嘉之学中的地位。宋代的永嘉学派重要人物是周行己、许景衡等所谓的永嘉九先生。永嘉学派中实际包括两个学系，一是二程的洛学，一是张载的关学。这就是全祖望说的：“世知永嘉诸子之传洛学，不知其兼传关学。”传洛学中尤以周行已为重要，“永嘉诸先生从伊川者，其学多无传，独先生尚有绪言”。南宋永嘉学人在传洛学方面，应当提到郑伯雄、伯英兄弟，以及薛季宣、陈傅良等。叶适与薛季宣、陈傅良的关系密切，特别是与陈傅良的关系。叶适14岁结识陈傅良并从学，此后交游40年。南宋的永嘉之学始是“教人就事上理会，步步着实，言之必使可行，足以开物成务”。
所以永嘉之学到了水心，才“一洗之”，这句话可以商榷，但也点出叶适在永嘉学派上的地位。叶适提倡功利，但把讲功利与讲义理结合起来，反对空谈性命，讲求学统，说：“读书不知接统绪，虽多无益也”（《水心文集·赠薛子长》）。叶适虽对理学家有所批判，但他并不是不重视学统，虽然他的道统与程朱的道统观又有差异。叶适完成了薛季宣、陈傅良对永嘉学的构建。叶适写《习学记言序目》时，已经是晚年，对历代儒家经籍和道统都有批判。
叶适的经制之学重典章、重经济、重致用，倡改革，又讲义理。永康的事功之学专言事功，主张“义理之学不必深穷”。水心同这些有差异。
二是水心之学的学风。“水心工于文，故弟子多流于辞章”，这是说叶适与永嘉诸子的不同之处。从另一角度来看，也反映了叶适在理论上的深度不足。《四库全书总目》对《习学记言》有一段评论，说这本书斥汉人言《洪范》五行灾异之非，确能有所见，“足与其雄辩之才相副”；但指出叶适在论太极生两仪的论述，是“文浅义陋”。《四库全书总目》引陈振孙的话，说《习学记言》“其文刻峭精工，而义理未得为纯明正大”。
至于说叶适的门人多流于辞章，那是学风的影响所及。但《宋元学案》又说水心门人也有差别：“水心之门，有为性命之学者，有为经制之学者，有为文字之学者。”还有王大受（拙斋）这样“欲以事功见其门庭”的学者。
三是水心之学的影响。南宋乾道、淳熙之际，宋代文化又出现了一个高潮。最初有朱熹的朱学、吕祖谦的吕学以及陆九渊的陆学。所谓的朱学、吕学、陆学，鼎足而三。或谓是朱学与吕学和张栻的湖湘之学，是南宋的三大学派。而张栻死于淳熙七年（1180），次年吕祖谦也逝世了。从此是朱陆两分天下，叶适的崛起，成为一大宗，遂与朱、陆鼎立而三。但水心之学无法与朱、陆相抗衡。南宋后期，朱学地位在提高，朱、陆合流、相互出入，成为一种文化潮流。朱熹指责陆学之弊是偏，而永康、永嘉之学是大不成学问。①这种学术上党同伐异，不足取。应该说，水心之学是卓然一家，根柢《六经》，折衷诸子，辩理学家说《易》及解《中庸》、《大学》之非，以为“舍孔子而宗孟轲，则于本统离矣”。诸多论断显现思想批判的光华，虽然仍是本《六经》之根本。
著有《水心先生文集》29卷,《别集》16卷,有《永嘉丛书》本、《四部丛刊》影嘉业堂藏明黎谅刊本。1961年中华书局将《文集》、《别集》合编并加校点，为新版《叶适集》。又有《习学记言》50卷，辑录经史百家，各为论述，有《四库全书》本，《习学记言序目》50卷，有敬乡楼丛书本。