后续
惩治政敌家属，秦王成为太子
政变发生时高祖正在宫内的海池上划船，世民让尉迟恭入宫担任警卫。尉迟恭身披铠甲，手握长矛，径直来到高祖所在的船上。高祖大惊，问道：“今日作乱的人是谁？爱卿到此做什么？”尉迟恭回答道：“秦王因为太子和齐王作乱，起兵诛杀了他们。秦王殿下担心惊动陛下，故派臣担任警卫。”高祖对裴寂等人说：“不料今天竟然会出现这种事情，你们认为应当怎么办呢？”萧瑀和陈叔达说：“建成与元吉本来就没有参与举义兵反抗隋朝的谋略，又没有为天下立下功劳。他们嫉妒秦王功劳大，威望高，便一起策划奸邪的阴谋。现在，秦王已经声讨并诛杀了他们，秦王功盖宇宙，天下归心，陛下如果能够决定立他为太子，将国家大事委托于他，就不会再生事端了。”高祖只能无奈表示：“这正是我素来的心愿啊！”当时，宿卫军和秦王府的兵马与东宫和齐王府的亲信交战还没有停止，尉迟恭请求高祖颁布亲笔敕令，命令各军一律接受秦王的处置，高祖听从了他的建议。天策府司马宇文士及从东上阁门出来宣布敕令，众人便这样安定下来了。高祖又让黄门侍郎裴矩前往东宫开导原建成麾下的诸将士，将士们便都弃职而散。于是，高祖召世民前来，抚慰他说：“近些日子以来，我几乎产生了投杼 的疑惑。”世民跪了下来，伏在高祖的胸前，号啕大哭良久。
建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等幼儿都被残忍杀害，还在宗室的名册上被删除名字。传说李世民恐惧兄弟的鬼魂前来索命，于是派尉迟恭与秦琼担任门前守卫，但后来因两人年老，无法长期担任，只好转绘制两人的画像挂在门口，成为后世门神的由来。
事变后，李建成的东宫被李世民入住、齐王府财产被查抄并赏赐给尉迟恭。对于原东宫和齐王府的女眷在政变后的境遇，史书中并没有详细的记载。从对个人的记载来看，李建成遗孀、太子妃郑观音墓志，提及“妃言依别馆”，最终郑观音在唐高宗时期死于唐长安城皇城内。李建成的次女李婉顺、五女和李元吉的四个女儿在日后都获得了县主的封号，并且大都嫁给了名门大族或功臣之后，李元吉的女儿文安县主甚至得以陪葬昭陵。李元吉王妃杨氏则与归仁县主的生母共同抚养了归仁县主，后来杨氏为李世民生下一子，没有记载她是否获得正式的妃嫔封号，而史书的记载中，她作为李元吉王妃的名分至死未变。杨氏十分受宠，李世民甚至有立她为皇后之意，却被魏征举辰嬴的例子谏止。这也是李世民为部分学者所诟病的原因，认为他霸占弟媳，有乖伦常。不过也有学者认为李唐皇室本就有北方少数民族血统，较中原汉族更为开放，兄纳弟媳很正常，他们的思想中乱伦的概念较为淡薄。
秦王府诸将领准备将建成和元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府，尉迟恭再三争辩说：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了！”于是诸将领停止了追杀。当天，高祖颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给建成和元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都应当依照原先颁布的诏令处理。国家的各项事务，都任凭秦王处置。
六月初七癸亥日（7月5日），高祖立秦王世民为皇太子，又颁布诏书：“从今天起，军队和国家的各项事务，无论大小，全部委托太子处理和决定，然后再报告给朕。”
尽弃前嫌用人，大赏秦府功臣
政变后的第一天，即武德九年六月初五辛酉日（626年7月3日），冯立和谢叔方都自动出来自首。薛万彻逃亡躲起来以后，世民多次让人明示他，他也出来自首了。世民说：“这些人都能够忠于自己的职务，是义士啊！”都赦免了他们。
六月十二戊辰日（7月10日），高祖任命政变功臣宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，尉迟恭为左卫率，程知节为右卫率，秦王府旧臣虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子洗马，论及政变的功劳，以长孙无忌和尉迟恭为第一，分别赐绢一万匹。高祖还将特别嘉奖尉迟恭，慰劳他说：“爱卿对于国家来说有安定社稷的功劳。”把齐王国司的金银布帛器物全部赏赐给尉迟恭。
当初，太子洗马魏徵经常劝说太子建成及早除去秦王。建成败亡后，六月十二戊辰日（7月10日），世民传召魏徵，问道：“你为什么挑拨我们兄弟的关系呢？”大家都为魏徵担惊受怕，魏徵却举止如常地回答道：“如果已故的太子早些听从我的进言，肯定不会有今天的祸事。”世民素来器重他的才能，便改变了原来的态度，对他以礼相待，引荐他担任詹事主薄。世民还将王珪和韦挺从巂州（治所在今四川西昌）召回，两人和魏徵一起都担任了谏议大夫。
同一天（7月10日），任命政变功臣屈突通为陕东道行台左仆射，镇守洛阳。
七月初三己丑日（7月31日），以秦王府护军秦琼为左卫大将军，又以程知节为右武卫大将军，尉迟恭为右武候大将军。
七月初六壬辰日（8月3日），以高士廉为侍中（相当于宰相），房玄龄为中书令（亦相当于宰相），萧瑀为左仆射（亦相当于宰相），长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书。
七月初七癸巳日（8月4日），以宇文士及为中书令，封德彝为右仆射（亦相当于宰相）；又以前天策府兵曹参军杜淹为御史大夫，前任中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率侯君集为左卫将军，左虞候段志玄为骁卫将军，副护军薛万彻为右领军将军，右内副率张公谨为右武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军。 至此，李世民集团成员和支持李世民的官员控制了国家的要害部门和职位，完全掌握了全国军政大权。
太子李建成和齐王李元吉的余党流散逃亡到民间，虽然朝廷连续颁布赦免令，他们仍然感到内心不安，图谋侥幸获利的人争相告发捕捉他们，以此邀功请赏。谏议大夫王珪将这种情况告诉了太子世民。七月初十丙申日（8月7日），世民颁布太子令：“六月四日玄武门之变以前与东宫和齐王府有牵连的人、六月十七日以前与李瑗谋反 有牵连的人，一概不允许相互告发，对违反规定的人以诬告罪论处。”
七月十一丁酉日（8月8日），朝廷派遣谏议大夫魏徵安抚崤山以东地区，允许他见机行事。魏徵来到磁州的时候，遇到州县枷送前任太子千牛李志安、齐王护军李思行前往京城。魏徵说：“我奉命出使的时候，对原来的东宫与齐王府的属官已经一概赦免，不予追究。现在又押送李思行等人，那么谁会不对赦令产生怀疑呢！虽然朝廷为此派遣了特使，又有谁会相信他呢！我不能够因顾虑自身遭受嫌疑，便不为国家考虑。何况我既然被视为国中才能出众的人士而受到礼遇，怎敢不以国中才能出众人士的本色来报答太子呢！”于是，他将李志安等人一律释放。太子世民得知此事后甚为高兴。
李世民即位后，于贞观十七年二月廿八戊申日（643年3月23日）下令将宫廷画师阎立本所画的辅佐他平定天下，安邦治国的二十四位功臣的画像悬挂于宫中凌烟阁之上， 世称这二十四位功臣为“凌烟阁二十四功臣”，其中大部分功臣都参与了“玄武门之变”的谋划，在政变前就属于世民一党或支持世民一党，也有如魏徵这样原太子建成一党、后来为太宗所用的能臣。
高祖内禅，太宗即位
六月十六壬申日（626年7月14日），高祖将亲笔诏书赐给裴寂等人说：“朕应当加上太上皇的尊号。”表达了自己要退位和内禅的想法。
六月廿九乙酉日（7月27日），撤销了太子世民兼任的天策上将府邸，为世民登基做准备。
八月初八癸亥日（9月3日），高祖颁布制书，将皇帝位传给太子世民，自为太上皇，仍居于大内皇宫正殿——太极殿。世民坚决推辞，高祖不许。
高祖颁布传位制书的第二天，即武德九年八月初九甲子日（626年9月4日），太子世民在东宫显德殿即皇帝位，是为唐太宗，并大赦天下， 从此开始了他辉煌的皇帝生涯，即位第二年正月初一乙酉日（627年1月23日）改元贞观。 太宗在位期间文治昭昭，武功赫赫，史称“贞观之治”。
追谥政敌，过继己子
太宗即位后，于武德九年 十月初一丙辰日（626年10月26日）下达诏书，追封已故太子皇兄李建成为息王，谥号为隐，是为息隐王；皇弟齐王李元吉为海陵郡王，谥号为剌，是为海陵剌王，以皇家丧礼重新安葬。安葬那一天，太宗在宜秋门大哭一场，显得十分哀痛。谏议大夫魏徵、王珪两人上表请求陪送灵车到安葬地，太宗答应了他们的请求，并命令原东宫和齐王府的幕僚属官都去送葬。从太宗给两位兄弟的封号和谥号来看，无疑是降低了他们的地位身份：建成原为太子，降为息王（亲王级别），谥号为隐，是中下等谥号（按谥法：“隐拂不成曰隐。不显尸国曰隐。见美坚长曰隐。”指本性难改，言过其实。又：“隐，哀也。”指柔弱短寿）；元吉原为齐王（亲王级别），降为海陵郡王（郡王级别），谥号为剌，是下等谥号（按谥法：“愎很遂过曰剌。不思忘爱曰剌。”指刚愎自用，忘恩负义）。
贞观十三年十二月初七乙亥日（640年1月5日），太宗封庶出皇子李福为赵王，过继给已故皇兄建成为嗣。
贞观十六年六月初六庚寅日（642年7月8日），太宗再次下诏恢复息隐王建成皇太子的封号，改封海陵剌王元吉为巢王（恢复为亲王级别），谥号不变，故后世称两人为“隐太子”、“巢剌王”。两人生前的身份地位恢复了，但恶谥依然伴随着他们。此外，李建成女李婉顺等也没有相应地按太子女规格进封为郡主。
太宗去世后，其子李治继位，是为唐高宗。高宗于显庆年间下达诏书，令太宗的小儿子、自己最小的弟弟曹王李明，过继给已故皇叔元吉为嗣。
争议性
关于玄武门事件本身的史料
贞观9年，李渊死后5个月，李世民第一次要求看《起居注》，未遂。
《贞观政要》记载说：贞观年间，褚遂良负责太宗《起居注》。李世民想取过来看，褚遂良以“不闻帝王躬自观史”为由拒绝了。唐太宗说：“我有不好的言行，你也一定要记下吗？”褚遂良说：“我的职责是记录历史，当然一定要记。即使我不记，天下人也记。”《旧唐书·褚遂良传》和《资治通鉴》（第一百九十六卷）也载有此事。
次年，太宗再度要求看《起居注》 ，房玄龄等人就把国史加以删减整理，撰写成高祖和太宗的《实录》各二十卷，当他看到“书六月四日事，语多微文”——史官对当年玄武门事变的内容含糊其辞，太宗告诉房玄龄：不必替他遮遮掩掩，反正玄武门事件本来就是像“周公诛管、蔡， 季友鸩叔牙”那样的义举，目的是为了“安社稷、利万民”，要求“削去浮词，直书其事”。《资治通鉴》第一百九十七卷亦有记载。
这一行为给史学考究带来极大困难，也遭到章太炎等学者的指责。
吐血数升
据《旧唐书·卷六十八·隐太子建成》记载“与元吉谋行鸩毒，引太宗入宫夜宴，既而太宗心中暴痛，吐血数升”，说李世民喝下李建成与李元吉二人的毒酒后“吐血数升”未死，事实上“数升”仅是约数，在历史上也有同样类似的记载，从《魏书》、《南齐书》和《晋书》的《孝传》中都能找到如阮籍、乐预、杨津、张升、仓跋等“吐血数升”未死的记载。
顺弟津，字罗汉，本名延祚，高祖赐名焉。少端谨，以器度见称。年十一，除侍御中散。于时高祖冲幼，文明太后临朝。津曾久侍左右，忽咳逆失声，遂吐血数升，藏衣袖。太后闻声，阅而不见，问其故，具以实言。
——魏·魏收，《魏书·卷五十八·杨津传》
张升，荥阳人。居父母丧，鬓发坠落，水浆不入口，吐血数升。诏表门闾。
——魏·魏收，《魏书·卷八十六·孝感·张升传》
仓跋，荥阳京县人也。丧母，水浆不入口五日，吐血数升，居忧毁瘠，见称州里。有司奏闻，出帝诏标门闾。
——魏·魏收，《魏书·卷八十六·孝感·仓跋传》
弟预亦孝，父临亡，执其手以托郢州行事王奂，预悲感闷绝，吐血数升，遂发病。
——梁·萧子显，《南齐书·卷五十五·孝义·乐颐传》
籍虽不拘礼教，然发言玄远，口不臧否人物。性至孝，母终，正与人围棋，对者求止，籍留与决赌。既而饮酒二斗，举声一号，吐血数升。及将葬，食一蒸肫，饮二斗酒，然后临诀，直言穷矣，举声一号，因又吐血数升，毁瘠骨立，殆致灭性。
——唐·房玄龄等，《晋书·卷四十九·阮籍传》
不过也有学者认为李世民“吐血数升未死”并非实有其事，只不过为李世民本人所“捏造”出来的事件
玄武门遗址
今陕西省西安市自强西路的宁西宾馆停车场，尚存太极宫玄武门遗址。遗址尚保存有巨大的夯土台基，有铁栅栏包围保护。