东林党狱
明熹宗时，政治极度腐败，东厂提督太监魏忠贤自称“九千九百岁”，独揽大权，但是因魏忠贤受到东林党人的排斥，只好结合了齐、楚、浙党等失意的士大夫，组成阉党，因为反对者甚夥，忠贤施行恐怖统治，他控制厂卫特务机构，爪牙遍及各地，实行血腥镇压。他又拆毁全国书院，许多东林人物被迫害，朝野忠良尽去，边防将帅或贬或死，如熊廷弼被下狱问斩，不只是因为辽东失守，也是由于魏忠贤的陷害，最后以“坐赃行贿”罪遇害。天启六年，魏忠贤又逼死了高攀龙、杀害了周宗建、黄尊素、李应升等东林七贤，东林书院被全部拆毁，讲学亦告中止。东林党在北京朝廷中显露了的势力几被消灭殆尽，时东林“累累相接，骈首就诛”，但东林党根基深厚，势力仍在，并且东林党南方的力量几乎未被触动，这也是日后崇祯登基后东林党反扑的力量来源。
明思宗继位后，对东林党的迫害才告停止，东林党在崇祯初年暂时抬头，但明思宗又说：“朕御极之初，撤还内镇，举天下大事悉以委大小臣工，比者多营私图，罔恤民艰，廉谨者又迂疏无通。”在斩杀袁崇焕后，东林党的声势又告衰落。皇帝最后只能信任宦官，阉党势力复起。
东林诸君子大都知直不知曲，对个人声名之看重甚于国家利益，争意气而不争是非，君臣之间尤喜意气用事，明神宗则因为立储一事与大臣反复较量，号称国本之争，最终虽屈服于众意，竟置宗庙社稷于不顾，深居后宫，不上朝理政达三十年之久。黄宗羲《明儒学案》说：“天下君子以清议归于东林，庙堂亦有畏忌。”“东林中亦多败类，及攻东林者，亦间有清操之人。”“方东林势盛，罗天下清流，士有落然自异者，诟谇随之矣。”凡不合东林人士法眼者，就被视为小人，齐、楚、浙党不一定心服阉党，但一时走投无路，大多投靠魏忠贤门下。魏忠贤的助手魏广微之父魏见泉生前和赵南星、顾宪成是好友。魏广微当了大学士后，以子侄辈的礼数三次登门拜访，但赵南星却因为魏广微与魏忠贤有交情，绝不与通，更逢人便说“见泉无子”，以羞辱魏广微。于是广微深恨不已，怂恿忠贤镇压东林党人。近人高阳批评赵南星“正气可敬，却微嫌刚愎，行事直道而行，不说后果，因而把一些游离分子都逼到阉党那面”。美国学者贺凯在《明末的东林运动》一文说：“明末东林运动的失败，代表传统儒家价值观念与现实恶劣政治势力斗争的一个典型，他们是一支重整道德的十字军，但不是一个政治改革的士大夫团体。”
南明时期
东林党与阉党之争，一直延续到南明；阉党的阮大铖打击东林党人向来不遗余力，本来阮大铖和东林诸君子关系不错，但受到赵南星的打压，最后干脆倒向阉党。当时东林党人因为与国本之争时，与福王朱由崧的先人朱常洵有过节，力主拥立潞王朱常淓，所以史可法写信给马士英说明福王朱由崧“七不可立”，马士英却抢先拥立福王。史可法在东林党与阉党之间两难。传奇《桃花扇》记载阮大铖刻意逢迎复社的吴应箕、沈昆铜、沈眉生等人，结果反被责打一顿，后来阮成为南明重臣，立刻展开报复行动。
永历朝又有所谓吴楚党争，是瞿式耜与广东军阀李成栋、广西军阀庆国公陈邦博之间的斗争，楚党的幕后人物为瞿式耜和李元胤、袁彭年、丁时魁、蒙正发。吴党有堵胤锡、陈邦傅、王化澄、朱天麟。堵胤锡等人主张联合原大顺军和大西军。何腾蛟、瞿式耜则排斥农民军。吴、楚党争使得南明与大顺军、大西军的战力始终无法整合，最后亡于清军之手。
南北党争
甚至是到了清初都还有明末党争的阴影，如顺治时期冯诠与陈名夏的北党与南党之争，冯诠原是依附魏忠贤的阉党，而陈名夏是东林党之后。清初大量引用明朝旧宦，明末党争的弊端在清初政局立即反映，顺治二年（1645年）七月，浙江御史吴达上疏弹劾阉党余孽冯铨及其党羽孙之獬等，给事中许作梅、庄宪祖等纷纷上疏支持吴达。多尔衮最初未表态，终于决定支持冯铨一派，公开申斥龚鼎孳，并将李森先革职。孙之獬也被革职，永不叙用。
康熙时，党争与满族权贵内部矛盾纠缠在一起，康熙时期的朋党主要有鳌拜党、明珠党、索额图党、皇子党等。康熙帝深知党争之害，但鉴于满汉之间的矛盾，却也不加以整顿，他与满人贵族谈话总称汉人官员为“蛮子”，甚至骂道：“蛮子那（哪）有一个好人！”“但谓明之亡、亡于太监、则朕殊不以为然。明末朋党纷争，在廷诸臣置封疆社稷于度外，惟以门户胜负为念，不待智者，知其必亡。”