18世纪初，清朝的统治已趋稳定，经济逐渐恢复，满汉之间的民族矛盾渐渐缓和，思想界、学术界也处在从清初务实经世而反对空谈的学术思想和学术作风，转为重视汉学及考据学。阎若璩可以说是清代汉学研究的先导。他的学术思想有如下特点：一、继承了明末清初以顾炎武、黄宗羲为代表的清初学者反理学的思想倾向，指责“道学寡陋”，认为“训诂之学至宋而亡，朱子尤其著者”。他推崇汉代经师马融、郑康成，认为他们“兼群经而纂释之，其网罗遗逸，博存众家，意义深远矣”，明确表示“主汉不主宋”。二、继承了清初思想家强调的博古通今的学风，离开了他们主张的经世致用的目的。阎若璩博极群书，精于考证，淹贯经史，“于汉唐诸儒注疏，类能贯穿钩穴，口诵如澜翻”。他的著述颇丰，但大都是对古文的诠释、整理、考证，离现实很远。三、主张对古书大胆怀疑，考证要力求确实。阎若璩以怀疑的精神对历史上流传下来的经籍、经注、经说问难，认为其中“不无错误处”。他希望探索经籍的本来面目，辨伪存真。以此目的出发，他读书注重解义，凡有“一意未折，反复穷思。饥不食，渴不饮，寒不衣，热不扇，必得其解后止”。每论一事，每立一说，都要详加考辨，力求精核，有时甚至“手一书，至检数十书相证”。“大抵事必求其根柢，言必求其依据，旁参互证，多所贯通”。
阎若璩一生治学，多有著述。其中，最重要的成就是《尚书古文疏证》一书的问世。《古文尚书》系用古文字书写，西汉时在孔子旧宅壁中发现，比当时流传的今文《尚书》多25篇。南朝、隋、唐、宋以来学者传诵的系东晋梅赜所献《古文尚书》和汉代孔安国的《尚书传》。但自南宋吴（木或）、朱熹开始怀疑此书是后人伪作，元吴澄著《书纂言》、明梅（上族下鸟）著《尚书考异》考辨其伪，但尚无定论。阎若璩年二十读《尚书》，即疑其伪，沉潜三十余年，乃尽得其症结所在，作《尚书古文疏证》八卷。《尚书古文疏证》在前人研究的基础上，从篇数、篇名、典章制度、历法、文字句读、地理沿革和古今行文异同等多方面考证，并引用《孟子》、《史记》、《说文》等书作为旁证，得出东晋梅赜所献《古文尚书》及孔安国《尚书传》是后世伪作的定论，解决了千百年来学术史上的一大疑案，受到学术界的普遍肯定和重视，阎若璩也因此奠定了他在清初学术史上的地位。他所运用的本证、旁证、实证、虚证、理证的考据方法，则为考据辨伪学创立了通例。《四库全书总目》因此称赞他“引经据古，一一陈其矛盾之故，古文之伪乃大明”、“反复厘别，以祛千古之大疑，考证之学则固未之或先矣”。此外，伪《古文尚书》一千多年来被人讽诵学习，视作神圣的经典，也是宋明理学的重要依据。阎若璩的《尚书古文疏证》确证了《古文尚书》是伪作，使理学家们进退失据，非常狼狈，沉重的打击了宋明理学，甚至在某种程度上触动了儒家经典的权威，其思想影响也是比较深远的。
阎若璩不仅精通经史，而且“于地理尤精审，凡山川、形势、州郡沿革，了若指掌”。他所著《四书释地》、《四书释地续》、《四书释地又续》、《四书释地余论》诸书，穷力于古，考辨精实，校正了前人对古地名附会的许多错误，同时涉及到四书中的人名、物类、训诂、典制等，被后人称为历史地理学中的佳作。除此而外，阎若璩还著有《潜丘札记》、《重校困学纪闻》、《朱子尚书古文疑》、《孟子生卒年月考》、《眷西堂古文百篇》等，反映了他在经学和史学上的成就。
在清初的学术史上，阎若璩上承顾炎武、黄宗羲，下启惠栋、戴震。作为清代汉学（或考据学）的直接先驱，阎若璩在清代学术史上的贡献是不可磨灭的。
阎若璩一生治学，多有著述。其中，最重要的成就是《尚书古文疏证》一书的问世。《古文尚书》系用古文字书写，西汉时在孔子旧宅壁中发现，比当时流传的今文《尚书》多25篇。南朝、隋、唐、宋以来学者传诵的系东晋梅赜所献《古文尚书》和汉代孔安国的《尚书传》。但自南宋吴（木或）、朱熹开始怀疑此书是后人伪作，元吴澄著《书纂言》、明梅（上族下鸟）著《尚书考异》考辨其伪，但尚无定论。阎若璩年二十读《尚书》，即疑其伪，沉潜三十余年，乃尽得其症结所在，作《尚书古文疏证》八卷。《尚书古文疏证》在前人研究的基础上，从篇数、篇名、典章制度、历法、文字句读、地理沿革和古今行文异同等多方面考证，并引用《孟子》、《史记》、《说文》等书作为旁证，得出东晋梅赜所献《古文尚书》及孔安国《尚书传》是后世伪作的定论，解决了千百年来学术史上的一大疑案，受到学术界的普遍肯定和重视，阎若璩也因此奠定了他在清初学术史上的地位。他所运用的本证、旁证、实证、虚证、理证的考据方法，则为考据辨伪学创立了通例。《四库全书总目》因此称赞他“引经据古，一一陈其矛盾之故，古文之伪乃大明”、“反复厘别，以祛千古之大疑，考证之学则固未之或先矣”。此外，伪《古文尚书》一千多年来被人讽诵学习，视作神圣的经典，也是宋明理学的重要依据。阎若璩的《尚书古文疏证》确证了《古文尚书》是伪作，使理学家们进退失据，非常狼狈，沉重的打击了宋明理学，甚至在某种程度上触动了儒家经典的权威，其思想影响也是比较深远的。
阎若璩不仅精通经史，而且“于地理尤精审，凡山川、形势、州郡沿革，了若指掌”。他所著《四书释地》、《四书释地续》、《四书释地又续》、《四书释地余论》诸书，穷力于古，考辨精实，校正了前人对古地名附会的许多错误，同时涉及到四书中的人名、物类、训诂、典制等，被后人称为历史地理学中的佳作。除此而外，阎若璩还著有《潜丘札记》、《重校困学纪闻》、《朱子尚书古文疑》、《孟子生卒年月考》、《眷西堂古文百篇》等，反映了他在经学和史学上的成就。
在清初的学术史上，阎若璩上承顾炎武、黄宗羲，下启惠栋、戴震。作为清代汉学（或考据学）的直接先驱，阎若璩在清代学术史上的贡献是不可磨灭的。