国会议员
自1830年代初起，林肯便是坚定的辉格党人，他在1861年对友人说自己是“老派辉格党人，亨利·克莱的使徒”。辉格党以及林肯支持银行业现代化和保护性关税，以推动内部提升，如铁路建设，同时也支持城市化。
1846年，林肯当选美国众议院议员，并任一届（两年）。他是伊利诺伊州唯一的辉格党议员，对辉格党十分忠诚，参加几乎所有投票，演说也遵从辉格党的路线。林肯和废奴主义议员约书亚·R·吉丁斯一同起草法案，废除哥伦比亚特区内的蓄奴制，补偿奴隶主，加强捕捉逃奴的力度，并推动公民投票。这一法案无法吸引足够的辉格党支持者，因此他后来放弃了法案。
在外交政策和军事政策上，林肯反对美墨战争，称它是波尔克总统所追求的“军事荣誉——从血雨中升起的诱人彩虹”。他同时还支持《威尔莫特附件》，这一条款如果成立，将在美国从墨西哥夺取的领土内禁止奴隶制。
林肯坚定反对波尔克，起草并提出他的《点决议》。战争由墨西哥在争议土地上屠杀美军士兵开始，波尔克坚称墨西哥“入侵了我们的国家，在我们的土地上洒下我们人民的血。”林肯要求波尔克向国会说明究竟血被洒在哪一个点上，以及证明这个点是否位于美国的土地上。
国会从来没有通过这一决议，甚至没有讨论，国家报纸也完全无视它，这导致林肯在本选区失去政治支持。一份伊利诺伊州的报纸嘲弄地称他为“（污）点林肯”。林肯后来对于自己的一些言论感到后悔，尤其是他对总统开战权力的攻击。
林肯在1846年承诺只会在众议院任一届。他意识到克莱很难当选总统，于是决定在1848年美国总统选举的辉格党提名中支持扎卡里·泰勒将军。泰勒最终获胜，林肯希望能够成为地政事务办公室专员，但这一职位最终被交给了他来自伊利诺伊州的对手贾斯汀·巴特菲尔德。在政府的眼中巴特菲尔德是一名十分老练的律师，但在林肯的眼中他只是一块“老化石”。作为慰藉，政府希望他担任俄勒冈地区的区长。这一地区较为偏远，是民主党的要塞，且接受这一职位将意味着他在伊利诺伊州的法律和政治生涯的终结，因此林肯拒绝这一提名，继续从事法律事业。
总统任期
1860年11月6日，林肯击败民主党候选人史蒂芬·A·道格拉斯、南方民主党候选人约翰·C·布雷肯里奇和宪法联邦党候选人约翰·贝尔，当选第16任美国总统。他是来自共和党的第一位总统。他的胜利主要来自于北部和西部的支持；15个南方蓄奴州的10个没有给他任何选票，而在所有南部州的996个县中他只赢得2个。
林肯总共获得1，866，452票，道格拉斯1，376，957票，布雷肯里奇849，781票，贝尔588，789票，投票率达到82。2％。林肯赢得北方自由州、加利福尼亚以及俄勒冈；道格拉斯赢得密苏里，并与林肯分享新泽西州选票；贝尔赢得弗吉尼亚州、田纳西州和肯塔基州；而布雷肯里奇则赢得剩余的南方州。
林肯虽然在民选中只获得简单多数，但在选举人团中却获得决定性的胜利：他拿下180票，而他的对手总共只拿下123票。林肯的对手在纽约、新泽西和罗德岛采取合并选票的策略，但假如他们在所有州都采取这一策略，林肯仍然将在选举人团中以多数胜出。
随着林肯当选已成定局，分离主义者明确表示他们将在林肯次年3月就职之前脱离联邦。1860年12月20日，南卡罗来纳州首先宣布脱离；到1861年2月1日，佛罗里达、密西西比、亚拉巴马、佐治亚、路易斯安那和得克萨斯都紧随其后。其中的六个州采纳新宪法，宣布成立新的主权国家美利坚联盟国（邦联）。南部偏北和边缘州（特拉华、马里兰、弗吉尼亚、北卡罗来纳、田纳西、肯塔基、密苏里和阿肯色）虽然听取，但最终拒绝了脱离联邦的请愿。总统布坎南和当选总统林肯拒绝承认邦联，宣布脱离为非法。邦联于1861年2月9日选举杰佛逊·戴维斯为临时总统。
开始双方还试图妥协。《克里特登妥协》将1820年《密苏里妥协》规定的界线扩展，将领土直接划分为自由州和蓄奴州，而不是共和党的自由领土政策。林肯不同意这一妥协，他说：“我死也不会同意，看起来像是要收买本就属于我们的政府的任何妥协或让步。”
然而林肯却心照不宣地支持宪法的《科温修正案》；这一修正案在林肯入职前已经在国会通过，正等待各州签署，它将保护蓄奴州的蓄奴权利，并保证国会不会在南方不同意的情况下干涉奴隶制。在战争开始前几周，林肯向每个州长寄去信函，告知他们国会已经通过宪法的修正案。对于召开宪法会议以商讨进一步的宪法修正，林肯持开放态度。
在乘火车前往就职的路途上，林肯对北部的民众和议会发表演说。他在巴尔的摩躲过了暗杀的企图－他的安全首长阿兰·平克顿粉碎了这一阴谋。1861年2月23日，他便衣来到了华盛顿，然后受到军队的严密保卫。林肯在他的就职演说中将矛头指向了南方，再次宣称他没有意图，也没有废除南方奴隶制的意向：
南部诸州的人民看起来存在着疑虑：共和党执政意味着他们的财产、和平和人身安全将会出现危险。这种疑虑绝无明智的理由。真的，事实是最有力的证据，供大家去检视。你们可以从他几乎所有的演讲中发现这一点——就是现在在你们面前演讲的这人。我只能从这些演讲中挑选一篇，当时我发表宣言——我并不企图，直接地或间接地去干涉蓄奴州的惯例。我相信我没有这样做的合法权力，我也不倾向这样去做。
——第一次就职演说，1861年3月4日
他最后以向南方人民的呼告结束演说：“我们不是敌人，而是朋友。我们必须不成为敌人，回忆的神秘之弦，从每一片战场和爱国者之墓伸展开琴弦，在这宽广的国土上与每一颗搏动的心房、温暖的壁炉联结起来，当我们本性中的更为美好的天使——只要他们真的乐意——去再次触抚琴弦，我们仍将陶醉于联邦大合唱之中。”1861年和会的失败意味着妥协已经不再可能。到1861年3月，南方的领袖已经不再提议将以任何条件重返联邦。与此同时，林肯和共和党领袖一致同意，拆分联邦的行为是不可容忍的。在战争近结束时，林肯说到：双方都声称反对战争，但有一方宁愿发动战争也不愿让国家存留，而另一方则宁愿接受战争也不愿让国家灭亡，于是战争来临。