解放奴隶宣言
林肯明白联邦政府废止奴隶制的权力是受到宪法限制的——在1865年前，这一问题被交由州自己处理。他在当选之前和之后都提到，禁止奴隶制扩张到美国新领土将会导致奴隶制的最终灭亡。在战争初期，他尝试说服各州接受“有偿解放”以使他们终结奴隶制。他认为通过这些方式来限制奴隶制会在经济上消灭之，就如国父们所设想的那样。林肯分别在1861年8月和1862年5月拒绝由约翰·C·弗雷蒙特和少将大卫·亨特提出的有地域限制的解放方案，理由是他们没有这样的权力，并且这样做将会激怒忠于联邦的边缘州。
1862年6月19日，在林肯的支持下，国会通过法案禁止在联邦土地上实施奴隶制。1862年7月，《第二充公法案》获得通过，这一法案将解放支持叛乱者所拥有的奴隶。林肯认为国会并没有权力在那些州中解放奴隶，但仍然服从国会签署法案。他认为这样的行动只有总司令在宪法授予的战争权力下才能采取，并且他自己也打算这么做。同月，林肯同内阁成员讨论一份《解放奴隶宣言》的草稿。在草稿中他写到：“根据事宜且必须的军事手段，1863年元月1日起，所有在联盟国为人占有而做奴隶的人们都应在那时及以后永远获得自由。”
林肯私下决定在此时邦联的奴隶制基础必须被摧毁。然而铜头蛇抗辩道解放奴隶的行为将对和平和统一产生阻碍。颇有声望的《纽约论坛报》的共和党编辑霍勒斯·格里利便为之所影响，林肯便在1862年8月22日直接写信驳斥，称他作为总统采取这项措施的主要目的是要维护联邦：
我在这场斗争中的首要任务是维护联邦，而不是保存或摧毁奴隶制。如果我能够维护联邦而不需要解放任何奴隶，我会这么做，而如果我能够通过解放所有奴隶而维护联邦，我会这么做；而如果我能通过解放一些奴隶，不管其他奴隶而维护联邦，我也会这么做。我为奴隶制和有色人种所做的，是因为我认为这么做能够维护联邦；我不做的，是因为我不认为做了将会维护联邦。我已经根据我对公务的理解阐明我的目的；我也不准备对我时常提到的个人愿望，即所有地方的所有人都应自由，做出任何更改。
1862年9月22日，《解放奴隶宣言》正式实施，并于1863年1月1日生效，宣布在不为联邦所控制的10个州解放所有奴隶，但规定在两个联邦已经控制的州之下的例外。在接下来的100天里，林肯使军队和国家为解放做好准备；而民主党则在1862年的小年选举中警告选民解放奴隶对北方的白人可能存在威胁。
在反叛州废奴成为一项军事目标，联邦军队南下，一路解放奴隶，直至邦联领土内的所有300万奴隶都被解放。林肯对《宣言》的评论是：“在一生中，我确信，我未做过比签署此宣言更加正确的决定。”在一段时间内，林肯延续早先为解放奴隶建立殖民地的计划。他在《宣言》内对殖民计划积极的评论，但是这一举措最终失败［188］。在《宣言》公布几日之后，十三个共和党州长在战时州长会议上会晤；他们支持《宣言》，但希望将乔治·B·麦克莱伦将军从联邦军总指挥位置上撤下。
在《解放奴隶宣言》出台之后，将前奴隶召入军队成为一项官方政策。至1863年春，林肯已经准备好大量招募黑人士兵。在写给田纳西州战时州长安德鲁·约翰逊的信中，林肯鼓励他领头招募黑人军人，并写到：“50，000名武装且受训的黑人士兵出现在密西西比河岸上，将能够立刻终结叛乱。”至1863年年末，在林肯的指示下，洛伦佐·托马斯将军已经从密西西比河谷招募20个团的黑人士兵。弗雷德里克·道格拉斯如此评论林肯：“在他身边，我从来没有想起我的卑微出身，或是我那不受欢迎的肤色。”
林肯遇刺案
约翰·威尔克斯·布斯是来自马里兰州的著名演员和邦联间谍；他从未加入邦联军，但与邦联的特务机关有来往。1864年，布斯计划（与托马斯·N·康拉德在邦联授权下的计划类似）绑架林肯以换取释放邦联战俘。
1865年4月11日，在参加一次林肯旨在为黑人争取投票权的演说之后，愤怒的布斯改变计划，决定刺杀总统。听说总统、总统夫人、统帅格兰特将会来到福特剧院后，布斯与人一同谋划刺杀副总统安德鲁·约翰逊、国务卿威廉·H·苏厄德和格兰特将军。4月14日，林肯没有带上首席保镖沃德·希尔·拉蒙便前往观看《我们的美国兄弟》一剧。格兰特和夫人此前临时决定前往费城，没有一同观赏戏剧。
林肯这时的保镖约翰·帕克在幕间休息时离开剧院，同林肯的马车夫在隔壁的沙龙一起饮酒，林肯毫无保卫的坐在总统包厢内。趁此时机，布斯约于晚10时13分潜至林肯背后，瞄准脑后近距离开枪，林肯重伤。亨利·拉斯本少校同布斯缠斗，被布斯刺伤。然后布斯逃走。
在逃亡十日之后，布斯被发现躲在弗吉尼亚州一处位于华盛顿南70英里（110千米）的农场里。4月26日，在同联邦军交火后，布斯被波士顿·科贝特中士击毙。
在刺杀发生时，军医查尔斯·李尔也在剧院内，立刻急救。他发现林肯没有任何反应、呼吸几乎停滞且无法察觉脉搏。在确定林肯是被射中头部而非原先设想的刺中肩部之后，他试图清理头部血块，之后林肯开始能够相对自然地呼吸。他被送过街安置到彼得森住所。在昏迷九小时之后，林肯于4月15日早间7时22分离世。在场的长老会牧师菲尼亚斯·丹斯摩尔·格利为他祷告，战争部长斯坦顿向他致敬，并说道：“现在，他属于千秋万世。”
此后，林肯为国旗所包裹的遗体在雨中为脱帽的联邦军官护送至白宫，全城教堂钟声响起。在林肯逝世不到三小时之后，早上10时，约翰逊宣誓就职。林肯的遗体于4月19日至4月21日先是置于东厅，然后陈列在大厅。他和儿子威利的棺材被装在“合众国”车厢内；接下来三周，以黑色旗帜装饰的“林肯特别号”列车运载着林肯的遗体缓慢迂回地由华盛顿驶向斯普林菲尔德，在北方许多城市停留，成千上万人参加追悼，而许多人则在铁轨边奏乐、点篝火以及唱圣歌，或沉默而充满敬畏地脱帽目送火车驶过。