主题
作者以贵族家庭的兴衰为主轴。为避免文字触及时事，躲避清政府文字狱，于是虚构朝代，隐去真事，并以描写闺阁女子来避讳。不过此书最为人所熟知的是贾宝玉和林黛玉的爱情及二人与薛宝钗之间的关系。
《红楼梦》主要描写一个美好世界的兴起、发展，和最后无可避免的悲剧性幻灭。小说创造了两个对比鲜明的世界，一为大观园以外的现实世界，一为大观园的理想世界，即第5回贾宝玉所梦见“太虚幻境”的人间投影。两个世界是肮脏堕落，和干净纯洁的强烈对比。大观园是贾宝玉和诸姊妹的干净土，把女儿们与外界隔绝，希望女儿们在里面过无忧无虑的逍遥日子，永远保持青春，不要出嫁，以免染上男人的龌龊气味。大观园所住男人只有贾宝玉一个，但他在园中跟一些女子有染。作者创造了大观园这个理想世界，希望它长驻人间；另一方面他又无情地写出，现实世界的力量不断摧残理想世界，直至它完全毁灭。从71回开始，作者已开始布置大观园理想世界的幻灭，73回绣春囊的出现，正象征大观园的开始堕落。曹雪芹原着的结局，是大观园清净世界的破灭，人物身份地位的颠倒。例如原有洁癖的妙玉，在原着结局中却沦落风尘，最为不堪。最爱干净的人物走到最龌龊的角落去，强烈的对照衬托了结局的悲惨。
“索隐”说
由于清朝出现过许多文字狱，并且此书成书于清廷文字狱最为严酷的乾隆当朝时期，《红楼梦》为避免受到政治干扰，使用许多暗喻曲笔，真事隐(甄士隐)去，假语存(贾雨村)焉。于是后来许多读者怀疑其中影射时事，因而产生了各种解读。这种捕风捉影的解读及解读方法于红学研究中称为索隐派。纵使作者在首回前批自述，以此书寄托他对年轻时认识的女性的怀念。但也很可能只是假借要写女性，其实是要写当时知名人物的推托之词。
有些清人笔记（如陈康祺《燕下乡脞录》、张维屏《松轩随笔》），记有乾隆皇帝认为《红楼梦》是影射康熙时的权相明珠与其子纳兰容若的家事的。
蔡元培曾主张：红楼梦隐含反清复明思想，提出了如下一些观点：
明朝国姓朱，代表红色。清朝男性需穿着满人衣冠，只有女性才能穿汉人服饰；故而书中女子多指汉人，男子多指满人。其书赞扬女性与推崇红色，“宝玉”影射玉玺，宝玉有爱红之癖，说明满人爱汉族文化；“好吃（女）人口上胭脂”，代表满洲人吃汉人吐出来的东西。书中阴盛阳衰，女人大多出色，男人大多猥琐；而宝玉总在大观群芳面前自惭形秽，也正说明满人面对汉族文化何等自卑。女子不嫁人时万般高洁可爱，一旦嫁人就比男人还可恶；女子嫁了人，暗喻汉人投降满人做了汉奸，也暗示女人（汉人）都被男人（满人）糟蹋了。
另有不知名的索隐派认为，开篇甄家失火代表明朝覆亡，贾雨村(假语存)代表侥幸(娇杏)获致富贵的汉族降臣，甄士隐(真士隐)代表不屈的明朝遗民，“葫芦”影射胡虏，“葫芦僧乱判葫芦案”影射伪朝新贵迫害旧朝恩主以图进身的冤狱（清初江南这样的冤狱比比皆是）。
另有不知名的索隐派认为，曹雪芹以明朝为正统，清室为伪统。甄宝玉在南京，而南京（古名金陵）是明朝旧都，贾宝玉在北京（文中描述贾府，有“炕”，“花枝胡同”等，暗示北京；林黛玉从金陵“坐船很久才到”，则暗示经京杭大运河，由金陵而来）。贾母及黛玉皆源自南京，例如：宝玉挨打的时候贾母说要“回南京”。贾府新大宅门前大街映射长城，“街东宁国府”影射清发源地盛京，清代也叫东府；“街西荣国府”影射北京，清代称西府。书中原文“二宅相连竟将大半条街占了”，言外之意是后金政权和入关之后的清朝将关内关外大半个明朝江山占领了。大观园影射后庭居住区和西苑三海。贾府影射清朝廷，宁国府祭祖九门洞开即是影射“伪朝”。
另有不知名的索隐派认为，林黛玉爱听的明朝《牡丹亭》和《西厢记》，写下的《葬花吟》（“花落水流红”、“原来是姹紫嫣红开遍，似这般都付与断井颓垣”），行酒时吟出的酒令，说到“梦”，想到“还魂”，感叹“花落(落红)”与“奈何”，甚至提到《西厢》中的“红娘”，似都寄托了反清复明的理想。“悼红轩”，“千红一窟、万艳同杯”，“怡红院（遗红怨）”和小说名字“红楼梦”以及“满纸荒唐言，一把辛酸泪”，也都是哀悼明朝朱家的意思。
台湾作家高阳则推测与雍正乾隆即位的宫廷斗争有关，并写有一系列小说与论文。
故事情节
红楼梦》故事主线为贾宝玉、林黛玉及薛宝钗三人的爱情与婚姻悲剧，以及贾宝玉亲戚贾府、史家、薛家、王家等四大家族的兴衰。
《红楼梦》现存版本，有八十回本和一百二十回本两类。因此以下故事情节分“前八十回”与“后四十回”分别介绍。
前八十回
女娲炼石补天，用了三万六千五百颗石头，剩一块石未用，是为顽石，顽石经过修炼已经有了灵性。一僧一道携它变幻为美玉带入尘世，变成“通灵宝玉”。适逢神瑛侍者对一株绛珠仙草有浇灌之恩，又动了凡心下凡游历人间。绛珠仙草后修炼成女体，闻讯亦随之下凡，打算把一生所有的眼泪还他。僧道二人欲了结这段公案，并将“通灵宝玉”夹带其中。元宵时节，霍启不慎丢失了英莲。葫芦庙失火祸及甄家，落魄的甄士隐被一僧一道点化，解出《好了歌注》出家。穷困的贾雨村反而由贫入官。贾府是金陵四大家族之一，受有功勋，分为宁荣二府，族中最长者为贾母，最疼生来口中就含有一块通灵宝玉（补天顽石）的孙儿贾宝玉（神瑛侍者）。贾宝玉生来不喜读圣贤书，却爱与青春女性玩耍，为此与其父贾政关系紧张。林黛玉（绛珠仙草）此时入居贾府。刘姥姥为了生计，也一进荣府。学堂内发生一场大混战，贾府男子众人，丑态尽出。
宁府长孙媳秦可卿去世，托梦叮嘱王熙凤盛筵必散。王熙凤协理秦氏丧事，场面辉煌，展示理家才能。荣府贾元春获选为妃并省亲，荣府为元春省亲修建别墅大观园，极尽奢华。
宝玉在池边读《会真记》，黛玉第一次葬花。赵姨娘与其子贾环，最恨贾宝玉。贾环欲烫瞎宝玉其眼，幸而未伤到眼睛，王夫人不骂贾环，把赵姨娘一顿臭骂。赵姨娘遂又命马道婆扎纸人作法害凤姐和宝玉。凤姐有事求黛玉，被打断，拿宝玉和黛玉的婚事取笑。宝凤二人忽随即因道婆作法而发狂，一僧一道前来相救。宝黛在春季结束时第二次葬花，林黛玉作成葬花词一首。
忽闻与贾府素无往来的忠顺王府来人，要找宝玉问琪官下落，说出交换汗巾之事，贾政大怒。贾政本要拿贾环出气，贾环却趁机说出金钏跳井之事，谎称金钏是因宝玉意图强奸而自尽。贾政怒不可遏，亲自下重手打了数十板，方被王夫人哭止，贾母闻讯训斥贾政，贾政亦自后悔。宝玉想听《牡丹亭》，却被龄官冷落，待见得贾蔷与龄官的景况，方知情缘皆有分定。
探春写帖邀众人结诗社，众姐妹和宝玉以海棠为题作诗。宝玉想起湘云，邀来入社，湘云之作众人皆赞。刘姥姥二进荣国府，贾母设宴招待刘姥姥，刘姥姥闹出不少笑话；众人行酒令，所说词句颇有寓意，黛玉不经意说了几句《西厢记》中的句子，引起宝钗的注意，刘姥姥的令词又引发哄堂大笑。众人途经拢翠庵，妙玉请宝钗、黛玉到里间喝体己茶，宝玉也跟去。刘姥姥用了妙玉的一个成窑杯，妙玉嫌脏准备扔掉，宝玉做顺水人情送给了刘姥姥。刘姥姥出恭之后误打误撞到了怡红院，在宝玉的床上睡着，好在被袭人发现并掩饰过去。宝钗审问黛玉在行酒令时背出《西厢记》词句之事，以正言相劝，二人从此和好。黛玉于风雨夜作《秋窗风雨夕》词。
贾赦欲纳鸳鸯为妾，鸳鸯发誓不嫁贾赦。贾赦闻讯，明言鸳鸯看上了宝玉，实则暗指鸳鸯与贾琏有“私情”。贾母闻讯大怒，认为贾赦有意要把她身边的人支开。香菱向黛玉学作诗，以月为题，苦吟多首之后终得佳作。邢岫烟进京，路遇李纹、李绮，加上宝琴一起住进大观园，湘云也被贾母留下，园中热闹许多，交织成大观园中最美丽的景色。众人争联即景诗。宝琴作了十首怀古诗。元宵当晚，贾母在荣国府设宴。贾母把陈腐旧套批驳一番。
凤姐操劳成疾，李纨、探春、宝钗代为主持内务，更为严谨。蕊官托春燕给芳官带去蔷薇硝擦脸。贾环也想要，芳官把茉莉粉给了贾环。赵姨娘借此进园大闹，夏婆子从中加油添醋。
柳家的想叫女儿去宝玉房中当差，托芳官给宝玉说，芳官要玫瑰露给柳五儿吃，并答应让五儿在宝玉房里当差。赵姨娘内侄却欲娶柳五儿，柳家父母同意，五儿不愿，父母未敢应允，钱槐气愧，偏与柳家相与。柳家欲回，其哥嫂送给柳五儿茯苓霜。迎春的丫头莲花儿为司棋到厨房要炖鸡蛋羹，柳家的不给，迎春的大丫头司棋便领人大闹厨房。柳五儿将茯苓霜分些赠芳官，回来被林之孝家的发现，王熙凤叫把柳家的打四十板，永不许进二门，把五儿打四十板，交给庄子，或卖或配人。宝玉替彩云瞒赃，平儿向偷太太玫瑰露给环儿的彩云说明情况，凤姐还要追究，经过平儿相劝，凤姐方罢。贾敬归天，尤氏理丧，尤老娘母女三人到宁府着家，贾蓉戏二姨。
刚烈的尤三姐因柳湘莲的拒绝娶配而引剑自尽；温柔的尤二姐因王熙凤的迫害吞金自杀。黛玉做“桃花诗”。众人改海棠社为桃花社，推黛玉为社主。湘云填柳絮词，黛玉邀众填词。宝钗诗中有“任他随聚随分”之句。众人后放风筝。鸳鸯望候凤姐，说凤姐患的是“血山崩”。贾琏请求鸳鸯暂把老太太的金银家伙偷着运出一箱子，暂押千数两银子支腾过去。
大观园内捡到绣春囊，王夫人命王熙凤带众仆抄检大观园，王熙凤消极配合。睿智聪颖的三妹贾探春愤而说出：“百足之虫，死而不僵！必须先要从家里自杀自灭起来，才能一败涂地！”宁府夜宴，祖先灵位前竟听见了诡谲的叹息声，似乎是在指责贾府的不肖子孙，即将毁掉百年的簪缨望族。史湘云和林黛玉中秋夜联诗，句句似乎预言了贾府的命运，极为凄凉感伤：“寒塘渡鹤影，冷月葬花魂”。之后宝玉的贴身丫鬟晴雯因谗言被王夫人逐，病亡之后宝玉作《芙蓉女儿诔》。而薛宝钗愚蠢纵玩的哥哥薛蟠，娶了泼辣闹家的妻子；贾宝玉懦弱温和的二姊（堂姐）贾迎春，嫁给了残暴淫秽的丈夫。
后四十回
迎春出嫁，宝玉心中伤感。贾政逼宝玉去上课。袭人来潇湘馆打探口风，一婆子说了些造次之话，黛玉甚觉刺心，惊噩梦染上重病，探春湘云等来探视。
宫内报元妃身体欠安，贾母、贾政等人前往宫内探视。贾母向贾政提起宝玉亲事，贾政言宝玉尚需教化，亲自去试其文字。贾母为黛玉过生日，席间薛家人赶来通知薛蟠在外闹事打死了人。薛家人花银子、托关系买官赎罪，官府判薛蟠是误伤。
宝玉去潇湘馆，黛玉向宝玉介绍古琴知识。宝钗寄来书信，黛玉看后不胜感伤。宝玉、妙玉走近潇湘馆，听得黛玉抚琴悲秋之音，忽然琴弦崩断，宝玉疑惑。妙玉走火入魔。
宝玉见晴雯补过的雀金裘，心中悲伤并祭奠她。黛玉听到宝玉定亲的消息，千愁万感，把身子一天天糟蹋起来，杯弓蛇影，一日竟至绝粒。侍书与雪雁说宝玉亲事未定，老太太要亲上作亲，黛玉听了病情转好。贾母知黛玉心事，主张娶钗嫁黛，王夫人、凤姐附和。
夏金桂暗恋薛虬，借送酒调戏之。贾政、王夫人商量娶宝钗的事，宝玉来到潇湘馆，黛玉与其参禅。贾政过问水月庵风月案，贾琏替贾芹瞒丑。
怡红院海棠冬天开放，不知是祸是福，贾母叫办酒席赏花。宝玉丢玉，全家忙乱，请来妙玉扶乩。元妃薨逝，贾家悬赏寻玉。宝玉变得疯傻，老太太要给宝玉冲喜，凤姐献掉包计。
黛玉从傻大姐那里得知宝玉娶亲消息后迷失本性，黛玉咳血病重，焚烧诗稿，宝玉成亲。宝玉欲死，宝钗说黛玉已死，宝玉昏死噩梦。贾府人去潇湘馆哭黛玉。
贾政下属李十儿劝他做贪官，他不肯但信任李十儿。金桂调戏薛虬被香菱撞见。探春远嫁，宝玉叹繁华易散，袭人、宝钗规劝。凤姐去秋爽斋路上遇秦氏，遇鬼而信神。凤姐求签，得王熙凤衣锦还乡之句。探春辞别，尤氏在园中见鬼，贾珍等相继病倒。大观园不敢住人，为禽兽所栖，贾赦请法师驱邪逐妖。金桂想药死香菱反药死自己。
宁府被抄，贾赦贾珍被捆走，两府大乱。贾母祷天宽宥儿孙。主上宣旨革去贾赦、贾珍的世职，发配边疆，贾政袭贾赦的世职。雨村落井下石，包勇醉骂雨村。王夫人将家事交凤姐办理。贾母拿出银两给宝钗过生日，宝玉中途退席经潇湘馆闻鬼哭。宝玉欲梦黛玉而不得，错把五儿当做晴雯。贾母病重。迎春被中山狼折磨病死，史湘云丈夫得了暴病。贾母寿寝，凤姐办理丧事，可办事力诎，失去人心。鸳鸯自尽殉主。何三引贼盗来贾府，妙玉为贼所抢不知所终。赵姨娘中邪被折磨死。
刘姥姥哭贾母，凤姐欲将巧姐托付给她。宝玉找紫鹃表白心思。凤姐死，王仁混闹给凤姐大办丧事，平儿帮贾琏筹钱。甄应嘉复职进京拜会贾政。地藏庵姑子来贾府受到宝钗冷遇，激惜春出家。贾宝玉与甄宝玉貌似而神异，宝玉斥之为“禄蠹”。宝玉病重，和尚送来通灵宝玉，宝玉死而复生。宝玉二历幻境，看淡儿女情长。贾琏看望贾赦，将女儿托于王夫人。惜春出家修行，紫鹃陪伴。宝钗劝勉宝玉，与之辩论赤子之心。
宝玉别王夫人宝钗等人离去。邢夫人等人要卖巧姐，平儿和巧姐同去刘姥姥庄上避难。宝玉考试中途失踪。探春回家。宝玉、贾兰中举。贾府复官。贾政去金陵安葬贾母，闻喜讯回京，宝玉随僧道而去。香菱难产死，袭人嫁玉菡。雨村遇士隐，归结红楼梦。