南明兴衰
明朝南方的大臣们，意图拥护皇族北伐。经过多次讨论后由凤阳总督马士英与江北四镇高杰、黄得功、刘泽清与刘良佐等将领拥护明思宗的堂兄弟福王朱由崧称帝，即弘光帝，南明成立。然而弘光朝因为党争与宦官之乱而混乱分裂。1645年清朝派多铎率大军南下南京，江北四镇各自为营，最后陆续瓦解。清军攻破史可法死守的扬州，弘光帝逃至芜湖被逮，送到北京处死。
弘光帝死后，鲁王朱以海于浙江绍兴监国；而唐王朱聿键在武装海商集团首领郑芝龙等人的拥立下，于福建福州称帝，即隆武帝。然而这两个南明主要势力互不承认彼此地位而互相攻打。1651年在舟山沦陷后，鲁王朱以海在张名振、张煌言陪同下，赴厦门依靠芝龙之子郑成功，不久病死在金门。隆武帝屡议出师北伐，然而得不到郑芝龙的支持而终无所成。1646年，清军分别占领浙江与福建，鲁王朱以海逃亡海上，隆武帝于汀州逃往江西时被俘而死。郑芝龙向清军投降，由于其子郑成功起兵反清而被清廷囚禁。朱聿键死后，其弟朱聿??在广州受侍郎苏观生及广东藩司顾元镜拥立称帝，即绍武帝，于同年年底被清将李成栋攻灭。同时间桂王朱由榔于广东肇庆称帝，即永历帝。
1646年永历帝获得瞿式耜、张献忠余部李定国、孙可望等势力以及福建郑成功势力的支援之下展开反攻。同时各地降清的原明军将领先后反正，例如1648年江西金声桓、广东李成栋、广西耿献忠与杨有光率部反正，一时之间南明收服华南各省。然而于同年，清将尚可喜率军再度入侵，先后占领湖南、广东等地。两年后，李定国、孙可望与郑成功发动第二次反攻，其中郑成功一度包围南京。然而，各路明军因为距离互相难以照应，内部又发生孙可望等人的叛变，第二次反攻以节节败退告终。1661年，清军三路攻入云南，永历帝流亡缅甸首都曼德勒，被缅甸王莽达收留。后吴三桂攻入缅甸，莽达之弟莽白乘机发动政变，杀死其兄。8月12日，莽白发动咒水之难，杀尽永历帝侍从近卫，永历帝最后被缴给吴三桂，三桂将其以弓弦绞死，南明亡。
此时反清势力只剩夔东十三家军与在金厦的郑成功（史称明郑）。李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地区继续抗清，称为夔东十三家军。1662年清军开始攻打之，到1664年首领李来亨被杀而亡。
明朝余绪
三藩之乱
清初，由于满洲力量不足，因此“以汉制汉”，以汉人降将管理华南：
吴三桂封平西王（1644年），镇守云南，兼辖贵州、部分四川、湖南
尚可喜封平南王（1649年），镇守广东、部分广西，子尚之信夺位
耿仲明封靖南王（1649年），镇守福建，大本营于福州，耿仲明死后，子耿继茂（1651年）、孙耿精忠（1671年）袭封。
1673年，康熙帝打算撤销三藩，吴三桂率先举兵反叛，以反清复明为号召，自称“总统天下水陆大元帅、兴明讨虏大将军”，分兵攻陷湖南、四川。耿精忠（耿继茂之子）、平南王尚可喜之子尚之信（起兵罢黜其父而即位），先后响应于福建和广东，广西孙延龄、陕西王辅臣亦反，台湾奉明朔的延平郡王郑经也率大军十五万登陆福建；吴三桂急派其得力大将左都督王屏藩出兵汉中前往支援；郑蛟麟与王辅臣部在陕西平阳关围歼清将莫洛所率十万余人，莫洛阵亡。清廷的西线战场形势趋于严峻。
康熙十五年（1676年）起，战场形势开始有利于清军，陕西的王辅臣与清廷对峙三年之后，终于接受康熙的招抚，耿精忠势穷乞降，尚之信也继而降清。吴三桂占领湖南后，未趁王辅臣之响应，溯江北上，坐失战机，而清军则贯注全力，收复湖南大片土地。康熙十七年（1678年）吴三桂病死，其孙吴世璠继位，康熙十八年（1679年），清兵连克常德、衡州等地。吴军退据武岗、辰龙关。八月，岳乐、喇布等攻破武岗。大将军安亲王岳乐克长沙，大将军简亲王喇布收复衡州，傅宏烈等部收桂林，陕甘清军收复汉中、重庆、成都。康熙十九年（1680年），辰龙关破，吴世璠退回昆明。至此湘、蜀、黔、桂等省被清军次第收复。康熙二十年（1681年），云贵总督蔡毓荣、平寇大将军彰泰、赖塔等从蜀、黔、桂三路围昆明，十月赵良栋绿营破昆明，世璠自杀。
明郑政权
郑成功在南京之战失败后退回金门、厦门，于1661年率军攻入荷兰东印度公司占据的台湾岛，定都东宁（今台湾台南），史称明郑王朝，不久，郑成功病死。其弟郑世袭与其子郑经发生内哄，爆发了嗣位之争，郑经胜出。即位后，郑经曾参与三藩之乱，率军反攻大陆失利。1681年郑经逝世，权臣冯锡范与宗室郑哲顺发动东宁之变，杀监国郑克臧，改立郑克塽嗣位，明郑国势大衰。1683年，清朝康熙帝命施琅为水师提督进攻台湾。克塽降，明郑亡。
后记
明末，鼠疫与旱灾在中国盛行，直隶“一望极目，田地荒凉”，河南“满目榛荒，人丁稀少”。四川经战争兵火更是“榛榛莽莽，如天地初辟”。顺治二年，御史刘明瑛称：“比年以来，烽烟不靖赤地千里，由畿南以及山东，比比皆然。”顺治八年和硕端重亲王形容山西：“田地榛芜，生齿雕耗，……其侥幸如故者十不一二”。湖北“横亩皆焦，……村尽逃亡之屋”。顺治八年，江西巡抚夏一鹗称：“膏腴上亩，土结水枯，极目秋原，草深数尺”。
明末清初之际经鼠疫的大爆发和长年旱灾和饥荒，再加上随后的长期战争，包括明末大规模民变和清军入关，至清初整个中国南北皆成废墟。长年的战争直到顺治末、康熙初年才基本平定下来。康熙帝亲政后，革除弊政，并开始采取一系列与民休息的政策，社会经济逐渐恢复，为后来的康雍乾盛世打下了基础。
明清易代时所爆发的入关战争，满清以12万的兵力入关，袭卷整个华北和华南。清人赵烈文曾表示：“国初创业太易，诛戮太重，所以有天下者太巧。天道难知，善恶不相掩，后君之德泽，未足恃也。”。