清初蒙古
蒙古各部在清朝入关之前便归附了后金（后来为清朝）。皇太极在位期间，曾数次远征漠南蒙古的察哈尔部，最终在1634年击败了他，林丹汗献传国玉玺投降。随后，漠南蒙古各部归附后金，皇太极被他们推戴为蒙古大汗，改国号为大清。
在清朝初年，蒙古分为漠南蒙古（札萨克蒙古）和漠北蒙古（喀尔喀蒙古）两部分。喀尔喀蒙古又分为札萨克图汗部、土谢图汗部、车臣汗部三大部落，被称为“外喀尔喀”，即外蒙古。此外还有天山以北的准噶尔部和青海的霍尔三十九族部落，也是蒙古人部落。
三征准噶尔
17世纪中期，准噶尔汗国噶尔丹称汗后，势力渐强，占据了天山南北，康熙二十七年（1688年）五月，首领噶尔丹领兵出科布多，东征喀尔喀三部。喀尔喀蒙古军民纷纷溃逃。沙喇之弟策旺扎布率札萨克图汗部、已故车臣汗之弟纳木扎尔率车臣汗部举族南迁，逃入清朝边界。八月，察珲多尔济与噶尔丹激战于土拉河，察珲多尔济大败，也率部逃往内蒙古苏尼特地界。准噶尔不断侵扰喀尔喀蒙古和漠南蒙古，对清朝的统治构成威胁。
1690年六月，噶尔丹进至内蒙古克什克腾旗，逼近京师。七月，康熙帝御驾亲征，八月一日，清兵与准噶尔军在乌兰布通之战大败噶尔丹。1695年五月，噶尔丹再次出征漠北，抵达克鲁伦河流域。1696年初，清兵三路北上，出击噶尔丹。五月，康熙帝进抵克鲁伦河，两军在昭莫多大战，准兵大败，噶尔丹仅率数骑逃走。1697年三月，康熙帝驻跸宁夏，清兵进抵狼居胥山，擒获噶尔丹之子。噶尔丹势穷服毒自尽。康熙帝三征噶尔丹，不仅完全控制了外蒙古，而且也暂时解决了来自准噶尔汗国的威胁。
平定噶尔丹策零之战
1727年，准噶尔汗国策妄阿拉布坦病死，其子噶尔丹策零即位。1730年，噶尔丹策零偷袭清朝阿尔泰山大营。1731年六月，噶尔丹策零在和通泊之战中大败傅尔丹所部清军。1732年，噶尔丹策零、小策零敦多布东征喀尔喀，进兵至克鲁伦河。六月，清额驸策凌在光显寺之战中大败准噶尔军。噶尔丹策零、小策零敦多布率残部突围遁去。1734年，噶尔丹策零遣使与朝廷议和，双方大致以阿尔泰山为界划定边界。
新疆一带的战事
在清朝初期，今日的新疆一带不属于中央政权管辖之下。当时新疆一带分为南北两部分，天山以北为蒙古人的准噶尔汗国，被清廷称为“准部”；天山以南为伊斯兰教的叶尔羌汗国，被清廷称为“回部”。叶尔羌汗国后来被准噶尔吞并。强大的准噶尔汗国曾经长期与清朝交战，后来不敌清朝。1758年，准噶尔被清朝征服。1759年，清廷平定回部的大小和卓之乱，回疆归于清廷统治之下，设置总理回疆事务参赞大臣以管辖之。
平定伊犁地区
1745年，噶尔丹策零病死，准噶尔汗国陷入内乱。1752年，大策零敦多布之孙达瓦齐在阿睦尔撒纳的支持下继承汗位。不久达瓦齐与阿睦尔撒纳反目相攻。准噶尔内乱，使原本附属于准噶尔的各部落纷纷归附清朝。1754年，阿睦尔撒纳率部降清，被乾隆帝封为亲王。同时，清军招抚唐努乌梁海和阿尔泰乌梁海。
阿睦尔撒纳入朝后，将准噶尔部的实情奏报中央。乾隆帝于1755年春发兵出征准噶尔。五月，清军进占伊犁。达瓦齐众叛亲离，率残部退至昭苏之格登山。准噶尔降臣阿玉锡带领清军二十五人夜袭达瓦齐大营，数千人不战自降。达瓦齐仅带少数人仓皇南逃。六月，乌什伯克霍集斯将达瓦齐诱擒后缚送清军，准噶尔汗国灭亡。达瓦齐被送往热河朝觐乾隆帝，被封为“绰罗斯和硕亲王”，居于京师。
清军攻取伊犁后，西征的清军主力撤回内地，西部防卫空虚，阿睦尔撒纳野心逐渐显露。到乾隆二十四年（1759年），清军灭其残部，天山北路底定。
平定大小和卓之乱
1757年，居住在天山南路的回部贵族大小和卓发动反清叛乱。1762年，乾隆帝在新疆地区设立伊犁将军，统辖包括巴尔喀什湖在内的整个新疆。自1762年起，清朝中央陆续派遣大量的军队进驻新疆。永驻新疆的军民携带家眷，主要是来自河北、东北地区的满族、达斡尔等民族。
青藏地区的战事[编辑]
青藏地区在清朝初年不属清朝政权管辖，由格鲁派的达赖喇嘛和蒙古族的和硕特汗国管辖，康区的部分地区由藏族土司管辖。1720年，清朝将准噶尔势力自青藏高原逐出。1724年平定罗卜藏丹津之乱以后，正式将其纳入版图之内。