平定西藏
康熙五十五年（1716年），策妄阿拉布坦派大策零敦多布领兵六千，秘密潜入西藏。1717年十一月，大策零敦多布偷袭拉萨，杀死和硕特汗国末代首领拉藏汗，控制了藏内局势。康熙五十七年（1718年）十月，康熙帝发兵入藏，但被准噶尔大败，全军覆没。1720年，清军再次出兵，在拉藏汗的叔叔罗卜藏丹津的支持下，将准噶尔势力逐出西藏，大策零敦多布逃回伊犁。清朝从此在西藏驻军。罗卜藏丹津以立功为名，要求清廷册立自己为和硕特的可汗，遭到拒绝。清廷封康济鼐、阿尔布巴为贝子，隆布鼐为辅国公，颇罗鼐为一等台吉，让他们共管西藏事务。对此罗卜藏丹津极为不满，在1723年联合青海的霍尔三十九族部落，一起反对清廷。雍正帝派大将军年羹尧、岳锺琪将其击败，霍尔三十九族再度归附清廷。雍正帝采纳年羹尧“分而治之”的建议，于1724年将藏区拆分为青海、西藏两个部分，青海的藏人地区由朝廷派驻的西宁办事大臣管理；康区部分地区分别划归云南、四川管辖；卫藏则有藏传佛教格鲁派祖古达赖喇嘛和班禅喇嘛一起管理。此事件即为藏区分治。1727年，清廷设立驻藏大臣以监督西藏政治。
大小金川之役
乾隆十二年（1747年）大金川安抚司莎罗奔私自进攻明正土司，中央调兵征讨。乾隆十四年（1749年）莎罗奔投降。乾隆三十六年（1771年），大金川土司索诺木朋楚克袭杀革布什咱土司色楞敦多布，又帮助小金川土司之子僧格桑侵凌鄂克什、明正等土司。四川官员令其退还土地，大小金川拒不退兵。清廷再次发兵进剿。1772年底，清兵攻克小金川官寨美诺。乾隆四十一年（1776年），索诺木朋楚克出降。清朝肃清了西南四川地区的反清力量。
历史定位及评价
历史上，深受华夷之辨思想影响的朝鲜、日本、越南以及台湾明郑等政权在初期不认可清朝的“中国”地位。他们认为在清朝不存在继承“中华”的正统性，其统治下的中国已经变为“蛮夷”。他们都认为中原的中华文明随着明朝一起灭亡了，并认为自己的国家才是正统中华文明的继承者，是为小中华思想。
清朝末年，以推翻清朝为目的革命党曾鼓动“排满”。他们主张满清取代明朝政权是外族灭亡“中国”，号召采用激进地方式排斥满人。此观点在中华民国成立之后逐渐式微。例如孙中山后来就放弃“驱除鞑虏，恢复中华”的思想，改为主张“五族共和”。孙中山在《民族主义第四讲》中亦指出：“中国本部形式上向来本分作十八省，另外加入东三省及新疆，一共是二十二省；此外还有热河、绥远、青海许多特别区域，及蒙古、西藏各属地。这些地方，在清朝二百六十多年之中，都是统属于清朝政府之下。……中国最强盛的时代，领土是很大的。北至黑龙江以北，南至喜马拉雅以南，东至东海以东，西至葱岭以西，都是中国的领土”。
历经顺治、康熙、雍正、乾隆几代清朝帝王的统治完成了帝国的统一，使其归于中央统治之下，清朝在明朝疆域的基础之上进一步得到扩展，对中国东北地区、蒙古、新疆、西藏等少数民族地区采取军事及政治措施巩固统治，并且通过抵御沙皇俄国侵略军入侵等方式，奠定了近现代中国的疆土。
“中国”一词在清代亦首次拥有了现代主权国家的含义以及成为一个主权国家的名称。