明定国是
1898年6月10日，光绪令翁同龢起草《明定国是诏》，送呈慈禧审查，得到批准，于6月11日（农历四月二十三日）颁布《明定国是诏》，表明变革决心，百日维新由此开始。
然而，变法后第6日，亦即6月16日，光绪才首次召见康有为。据传康有为入殿前，碰到刚刚接到直隶总督任命的荣禄，荣禄问：“以子之大才，亦将有补救时局之术否？”康有为答：“非变法不能救中国也。”荣禄问：“固知法当变也。但一二百年之成法，一旦能遽变乎？”康有为答：“杀几个一品大员，法即变矣！”康有为觐见光绪帝时，开宗明义说：“大清快要灭亡了。”光绪答这是保守官员所累，康有为指靠那些官员推动改革，等如缘木求鱼，康有为用了大量的时间，力陈变革之必要。这是光绪与康有为首次会面、亦是唯一一次，数日后，光绪调任他为总理事务衙门章京行走，但是官位仅至六品，而康有为早于3年前已经是六品官。
随后，光绪又召见梁启超，并且仅委派其出任六品的办理译书局事务。梁启超获得任命后，离开北京，没有再次参与新政。在整场百日维新中，仅康有为见过光绪一次，梁启超等人没有见过光绪。
慈禧默许
后世史家评价戊戌变法时，常形容光绪正式掌权亲政，但是此种说法历来受到争议。6月15日，也就是戊戌变法进入到第5日，慈禧要求光绪连下三道上谕：一、下令免去帝师翁同龢的协办大学士及军机大臣等职务，逐回原籍；二，凡授任新职的二品以上大臣，须到皇太后面前谢恩；三，任命慈禧亲信荣禄出任直隶总督，掌握大权[6]。从6月16日到24日，慈禧又要求光绪任命崇礼为步军统领，怀塔布掌管圆明园八旗、包衣三旗及鸟枪营，刚毅掌管健锐营，光绪并无军事大权。
从戊戌年农历四月一日至七月二十八日，在117日内，光绪皇帝与太后同住69天、请安68次、侍早膳32次、侍晚膳22次及侍看戏15次。百日维新期间，光绪12次前往颐和园请安。其时光绪下诏书时，亦多写有“朕钦奉慈禧……皇太后懿旨”。6月11日至9月20日，军机处一共向慈禧太后上呈了折、片、呈及书等共计462件，最多的一天上呈了29件。[7]
康有为向光绪皇帝赠送自己的著作《日本变政考》、《俄罗斯大彼得变政记》、李提摩太翻译的《泰西新史揽要》及其他有关各国改革等书，这些书在光绪帝到颐和园向慈禧请安时，都曾向慈禧报备，慈禧也曾慈览过这些书籍，并询问光绪帝的意见。光绪帝对于康有为的变法十分赞同，而慈禧在经历甲午战争败给日本的惨痛教训后，默许了康有为的改革。
当时的军机大臣礼亲王世铎、刚毅、钱应溥、廖寿恒和王文韶，除了廖寿恒暗中支持改革外，其他大臣要不就顽固抵制或者明哲保身。军机大臣刚毅就因改革遭到光绪帝革除，让刚毅相当不满。甚至到颐和园向慈禧太后哭诉，请求太后重新训政。不过当时军机大臣的任免，还是需由慈禧太后批准，因此有部分的军机大臣在变法中遭到革除，多少也是慈禧太后的默许。
6月16日，慈禧太后命咸丰帝老臣刑部尚书崇礼代理步军统领。6月25日，慈禧太后再命怀塔布管理圆明园官兵，刚毅管理健锐营。怀塔布跟刚毅重回军机大臣的原因，在于光绪帝变革过于急燥，官员革除不少，慈禧担心影响国家官员任免问题，因此慈禧太后对光绪帝批准的免职官员，有部分是不同意。
发生磨擦
9月1日，礼部主事王照疏请光绪帝游历日本等国，以考察各国情况。怀塔布、许应骙不肯代送。王照弹劾他并到堂亲递，怀塔布不得已允许其代奏。许应骙则上奏弹劾王照“咆哮署堂，借端挟制。”
9月4日，光绪下令将怀塔布、许应骙、堃岫、徐会沣、溥颋、曾广汉等阻碍变法的礼部六堂官革职。王照赏给三品顶戴，以四品京堂候补，用昭激励。怀塔布的妻子与慈禧太后有亲戚关系，遂向慈禧哭诉。
9月5日，光绪召见谭嗣同，并命谭与刘光第、杨锐、林旭以四品卿衔在军机章京上行走。
9月11日，光绪帝召直隶按察使袁世凯来京陛见。湖南举人曾廉上书请杀康有为。
9月13日，光绪帝拟开懋勤殿，设顾问官，慈禧太后不允。光绪帝手谕杨锐以变法之难，命康有为等详细筹议。
9月14日，直隶按察使袁世凯抵北京。前日本首相伊藤博文经天津抵京。
9月16日（八月初一），光绪在颐和园召见统率新建陆军的直隶按察使袁世凯，面谈后昇任他为侍郎候补。另一方面，直隶总督荣禄以英俄开战，催袁急回天津。毕永年与谭嗣同议软禁太后事。
9月17日（八月初二），光绪帝再召见袁世凯，命与直隶总督荣禄各办各事。光绪命康有为即离京赴上海督办官报局，传通过杨锐带给康有为密诏。
9月18日（八月初三），御史杨崇伊上书慈禧，称大同学会蛊惑士心，紊乱朝政，引用东人，深恐贻祸宗社，吁恳皇太后即日训政以遏乱萌。据袁世凯的日记，之后谭嗣同于9月18日去法华寺夜访袁世凯，透露慈禧联同荣禄，要废除光绪；并说皇上希望袁世凯可以起兵勤王，诛杀荣禄及包围慈禧住的颐和园。两日后（9月20日），袁世凯回到天津，将谭嗣同的计划向荣禄报告。也有一种说法是，袁世凯离京前密告给军机大臣礼亲王世铎。