戊戌政变
9月19日（八月初四），傍晚慈禧突然离开颐和园，返回大内。光绪帝自是日起迁居瀛台。康有为访英国传教士李提摩太，请英国公使相助，不成；又访伊藤博文，请游说慈禧太后。当晚黄绍箕劝康有为迅速离京。深夜，梁启超、康广仁等恳求康尽快出走。
9月20日（八月初五），凌晨康有为携仆人李唐离京。光绪皇帝第三次召见袁世凯，之后袁回天津。慈禧太后、光绪皇帝接见日本前首相伊藤博文，光绪帝与日本前首相伊藤博文亲密交谈，慈禧极为不满，当天深夜又接到荣禄密报，说光绪帝欲软禁慈禧。康有为离开北京。
9月21日（八月初六），凌晨慈禧太后临朝，宣布戒严，火车停驶，率卫队软禁光绪帝于中南海涵元殿，废除新政，搜捕维新党人，然后下诏慈禧训政。当天步军统领率兵围南海会馆宅，搜捕康有为未获，但在此拿获康广仁和康的弟子程大璋、钱维骥。之后又查抄了粤籍官僚张荫桓寓所，没有发现康有为，将张逮捕。
9月24日（八月初九），刚毅奉慈禧谕令开始搜捕四军机章京等变法份子。杨锐、林旭当日被捕。刘光第投案自首。杨深秀因诘问慈禧太后为何罢黜光绪帝，在闻喜会馆住处被捕。
9月25日（八月初十），谭嗣同在浏阳会馆被捕。
结束了只有一百零三天的维新。维新党人中，康有为早离开北京，梁启超逃入日本使馆。其他数十人被捕，包括称为“戊戌六君子”的谭嗣同、杨锐、林旭、刘光第、杨深秀、康有溥，六人于9月28日被斩首于菜市口。刚毅亲自监斩。徐致靖处以终身监禁（庚子之乱后得赦免）；张荫桓则流放新疆。所有新政，除京师大学堂外，一律都被废止。
对日后政局的影响
雷家圣主张，慈禧太后发动戊戌政变，阻止了变法派官员“合邦”的计划，使中国免于被日本、英国瓜分的危机。
戊戌政变后，光绪皇帝被慈禧太后幽禁在三面环水的南海瀛台。康有为逃至香港，后转至加拿大，在光绪二十五年六月十三日（1899年7月20日）组织保皇会，又名中国维新会，颂扬光绪皇帝，鼓吹君主立宪，而梁启超则逃至日本，创刊《清议报》，丑诋慈禧太后。
在康梁两人出逃的时候，宫内传来康有为毒杀光绪皇帝的消息，后来又传光绪皇帝久病，由慈禧太后训政。民间议论纷纷，中外盛传光绪皇帝已不在人世。两江总督刘坤一警告道：“人情危惧，强邻环视，难免借起兵端。”时刘坤一挟两湖张之洞同电，而张之洞临时要求去掉名字。刘坤一遂独自具章，慈禧览毕无语。时任英国驻华公使窦纳乐亦称假若光绪皇帝去世，将为各国所不谅。结果大内允许法国使馆医生入宫中诊治光绪皇帝，云无大碍。
守旧派大臣恐光绪皇帝怨于将来，纷纷怂恿慈禧太后废掉光绪皇帝，但议论未决。各国公使听闻消息后，于元旦入觐诘问理由。慈禧太后恐引起列强干涉，为测试列强态度，遂依荣禄建议，于1900年1月24日，以光绪皇帝名义颁诏，称其不能诞育子嗣，乃立端郡王载漪之子，15岁的溥儁为大阿哥，史称己亥建储。
不过该诏书一出，随即令天下哗然，1900年1月27日，上海电报局总办经元善领衔通电要求光绪皇帝“力疾临御，勿存退位之思”。签名者有叶瀚、马裕藻、章炳麟、汪贻年、丁惠康、沈荩，唐才常、经亨颐、蔡元培、黄炎培等1231人。同时发表《布告各省公启》，要求各省共同力争，“如朝廷不理，则请我诸工商通行罢市集议”。各国公使认为立储事件影响中国形势稳定，随之提出警告，拒绝入贺。
因为戊戌政变后，列强协助康有为和梁启超逃往国外，使慈禧太后与守旧派大臣对列强产生怨恨。也因此对义和团采放任态度，终酿成八国联军入侵的大祸（见刘坤一等人发起的东南联保运动）。
戊戌政变后维新党人成为了被官府缉捕的罪犯，他们与革命党人在日本相会，当时宫崎滔天、犬养毅、以及其他热心“支那问题”的日本浪人，皆努力撮合同在日本的“兴中会”（孙中山）与“维新派”（康有为），希望两党能携手一同造反。戊戌政变直接导致1900年夏维新派与革命党尝试合作，趁义和团事件及八国联军时发动自立军起义。此维新起义失败后，代之而起的是主张推翻满清，激烈变革，推翻原有制度和政府的革命者，最后清朝亦画上句号。