据戴尔隆的回忆录称，拿破仑那封潦草的用铅笔写的手令是拉贝多瓦埃传达给他的。据说这份手令要求戴尔隆军进到林尼西北二英里处的华格尼里(Wagnelee)，并从该处迂回普军右翼。拉贝多瓦埃可能把地名读成了汪格尼斯(Wangenies)，这是华格尼里以南三英里的一个小村庄，在旺达姆军的后方。这份手令现已遗失，拉贝多瓦埃两个月后也被枪决，因此戴尔隆的反常行动始终是一个历史的不解之谜 [ 注：拉贝多瓦埃上校(1786-1815)在拿破仑于格勒诺布尔登陆时，任驻该地第七步兵团团长。他是由王室投向拿破仑的首批军官之一，后被擢升为将军，任拿破仑副官。滑铁卢战役后被捕，被军事法庭以叛国罪于1815年8月19日枪决。他一直没有机会就传令戴尔隆一事进行解释。 ] 。
此时内伊又收到一份苏尔特下午三时三十分从弗劳拉斯发出的进一步指示：
一个小时以前我曾通知你皇帝将于下午二时三十分攻击位于圣阿曼德和布尔埃之间的敌军阵地，现在战斗正在激烈展开。陛下指示我令你立即行动，迂回敌军右翼，并竭尽全力袭击敌人后方。只要你动作迅猛，敌必败北。法兰西的命运在你手中。为此，要坚决执行皇帝的命令，向布尔埃和圣阿曼德之间的高地前进，决战决胜，不得有任何迟疑。在敌试图与英军会师时，我们已将其截住。
读到这份命令时，内伊完全丧失了自制力，他立刻派一名军官去召戴尔隆回到弗拉斯尼斯。戴尔隆接到内伊的命令已是下午后半晌了。当时他正抵近林尼战场。的确，由于远处戴尔隆军的出现，在旺达姆的部队中引起一阵惊慌，他们误以为是普军。于是，戴尔隆又顺原路折回卡特尔布拉斯。整个下午，他率领二万人和四十六门大炮在两个战场之间往返奔波。如将这支兵力投入任何一个战场本来是可以产生决定性战果的。显然，拿破仑指导战争的能力已经衰竭了。
黑夜将临时，戴尔隆才回到内伊的指挥控制之下，但已太晚了，无法继续作战。威灵顿的增援部队源源而来，内伊损失四千余人，被迫退往弗拉斯尼斯。威灵顿的伤亡略高于内伊。
6月17日上午，拿破仑没有急于拼搏进取之意。事实上，他的情况十分不妙。夜间格鲁希曾派遣派加尔的骑兵军向东与退却中的普军保持接触，凌晨四时，他回报说，敌军正向那慕尔全面溃退，他已截住敌军后卫，缴获八门大炮。其实，他弄错了，落入他手里的只是一个炮兵连，他们在寻找弹药场时迷了路。除少数掉队者外，整个普军实际上向北穿过耿布劳斯开往瓦弗。
派加尔的报告于上午七时送到拿破仑手里，当时他正在弗劳拉斯附近的派克斯别墅进早餐。这份报告更坚定了他这一看法：布吕歇尔正通过那慕尔和列日向马斯特里赫特溃退，而威灵顿的部队现在可以听其摆布了。他同时还收到内伊为自己未能占领卡特尔布拉斯而辩解的一份报告：“戴尔隆伯爵的失误夺去了我获得一次辉煌胜利的机会。”对此，拿破仑回答说：
问题在于你零敲碎打，逐次用兵。假如戴尔隆军和雷耶军一直在一起行动，你当面的英军就不会有一人漏网；假如戴尔隆伯爵执行了朕向圣阿曼德机动的命令，普军可能已被彻底摧垮，我们也许已抓获三万俘虏……朕意你必须向卡特尔布拉斯运动。
上午九时，拿破仑骑马巡视了林尼战场，慰问了绷扎所的伤员，检阅了部分部队。天色已晚，又给格鲁希下达了一份作战命令：
率派加尔将军的骑兵军、第四轻骑兵军、埃克曼将军的骑兵军、从第六军抽调的特斯特将军师以及第三、第四军继续向耿布劳斯前进。你应向那慕尔和马斯特里赫特派出侦察力量，追踪敌军，查明敌军退却方向，报告敌人行踪，这样我就可以判断敌人意图。我的大本营即将移至卡特尔布拉斯，今晨该地仍有英军据守。
这里，拿破仑犯了整个一生中最大的灾难性的战略错误，这一错误最终导致他的垮台。虽然他认识到布吕歇尔的军队已被击败并正向莱茵河撤退，但他仍然单纯为了侦察敌情而派出了三万三千人和九十六门火炮，几乎占其可动用兵力的三分之一，尽避他是十分勉强地派出这支兵力的。其实，一个骑兵军再配属一个步兵师是完全可以完成这项任务的。拿破仑随即动身前往卡特尔布拉斯，从此，他再也没有见到过不幸的格鲁希。
拿破仑的意图是以其左翼追击并摧垮威灵顿的军队。由于内伊在6月17日整个上午消极怠战，这一意图大大落空。尽避戴尔隆军已与拿破仑会合，尽避拿破仑已下令向卡特尔布拉斯强行推进，但直到下午二时，拿破仑已抵近卡特尔布拉斯，而内伊的部队依然停在弗拉斯尼斯附近的宿营地。过了一阵子，内伊和戴尔隆才赶到。内伊辩解说他之所以未能占领卡特尔布拉斯是“因为威灵顿全军占领了该地”。事实上，当威灵顿最后获悉布吕歇尔在林尼遇挫时，曾于上午十时，令其步兵撤入滑铁卢以南二英里处，他预先选好的防御阵地。而卡特尔布拉斯的阵地现仅由尤布里奇勋爵的六个骑兵旅组成的后卫据守，每个旅均配属有一个皇家乘骑炮连。
眼看到手的猎物从身边溜走，拿破仑不禁大发雷霆，他一扫上午的沉闷空气，亲自出马进行追击。他身先士卒，催动那头灰色的阿拉伯快马，率领米豪德的两个骑兵师，直奔卡特尔布拉斯。离他最近的一个英军炮兵连(皇家乘骑炮兵G连)以一连串的炮火迎接他。随后，尤布里奇即命令其骑兵旅退往滑铁卢。此时，一场罕见的大雷暴雨突然大作，骤雨倾盆而泻，地面顿成泽国，骑兵只能在修筑的公路上行进。往前走三英里，是热纳普，布鲁塞尔公路在这里穿过一条名为迪勒的小河。英军骑兵开展后卫战阻滞尾追的法军，但阻滞时间不长，法军仍继续追击六英里多路，直至最后撞到圣让山脊威灵顿的炮兵阵地的炮口上才停了下来。
当晚拿破仑在距威灵顿的前沿约两英里的勒凯卢农庄过夜。部队犹如落汤鸡，吃的也没有了，靠在热纳普背后的公路两旁露宿，苏尔特未就宿营问题作出任何安排。18日凌晨二时，一名军官携带格鲁希的一份报告来到拿破仑的大本营，这份报告是四小时以前从耿布劳斯送出的：
三万敌军继续退却……普军似分为两个纵队：一支很可能已取道华汉走上瓦弗公路；另一支似已直驱佩尔维兹。由此可以推测，其中一部分兵力可能与威灵顿会合，中路的布吕歇尔部队则有可能退往列日。弗劳拉斯战斗以后，有一支普军已取道耶慕尔公路。
榜鲁希指挥两个骑兵军经过整整一天的侦察所作出的这份报告并不是十分清楚的。但它还是暗示了至少有部分布吕歇尔的部队试图与威灵顿会合的可能性。尽避当时对这位传令官表示请立即给以答复，并让他把新的指示带回去，但是拿破仑一直毫无动静，直到八个小时后苏尔特才奉命给格鲁希下达了下述指示：
皇帝已收到你从耿布劳斯送来的第一份报告。你仅仅向陛下报告有二支普军纵队穿过索维尼埃和华汉，但我们获悉还有第三支颇为强大的纵队在瓦弗方向穿过热里和让廷。皇帝指示我通知你他现打算进攻在苏瓦纳森林附近的滑铁卢布阵的英军。因此，陛下希望你指挥部队向瓦弗运动，以便向我部进一步靠拢，保持作战联系，沟通我方交通线，驱逐你前面已侵入该方向并可能已在瓦弗附近停步的普军，你应尽快地到达该地。
你应派若干轻骑分队，跟踪你右侧的敌军，以便观察敌人动向，捕获其掉队的士兵。
很清楚，拿破仑并未要求格鲁希提供任何增援，他确信普军正在溃逃中，而格鲁希的任务是赶到瓦弗，插入普军与滑铁卢之间。
6月18日上午，雨霁天晴，拂晓前拿破仑与苏尔特外出视察战场。他指示前线各军的集结地点为贝尔同盟旅社附近的缓坡前面，与威灵顿的阵地平行，与之相距约一千四百码——炮火轻易可抵的射程之内。他下令部队上午九时吃过早饭后完成进攻准备。这项命令用意虽好，但各部队早已无米下锅了，因为运输队还远远掉在后面。
上午八时，拿破仑与参谋人员一起在勒凯卢共进早餐，情绪颇为乐观，使他特别高兴的是终于迫使威灵顿交战。他对身边的参谋人员声称：“我们获胜的机会至少是百分之九十，而失败的可能性不到百分之十。”苏尔特、雷耶和戴尔隆都曾在西班牙半岛与威灵顿交过手，所以并不像他们的领袖那样乐观。由于许多部队尚未展开，加之德鲁奥也报告地面泥泞，火炮无法进入阵地，为此进攻发起时间被迫推迟。
拿破仑在战场上共集中了七万二千人，同时还有二百七十门火炮的支援。这样，与威灵顿的六万八千人和一百五十四门火炮相比，他就占有明显的优势，特别是在炮兵方面。由于威灵顿一直但心拿破仑可能试图迂回其右翼，并切断其通往奥斯坦德的交通线，为保险起见，公爵曾特地派出一支一万七千人和二十门火炮的部队据守蒙斯-布鲁塞尔公路上的阿尔以南的一个预备阵地，该阵地位于滑铁卢以西八英里处。公认的战略权威富勒将军曾谴责这次分兵是威灵顿所犯下的“头等大错”。然而，面对拿破仑这样不同凡响的指挥官，威灵顿公爵采取上述防范措施，也许是明智的。假使拿破仑把格鲁希的三万三千人和九十六门火炮用于左翼，而不是闲置右翼，则滑铁卢之战的后果也许就大不一样了。
上午十一时，拿破仑给各军军长发布了最后的作战命令：
一俟全军下午一时左右按战斗序列部署就绪，皇帝即令内伊元帅发动攻击，夺取交叉路口的圣让山的村庄。为支援这一行动，第二和第六军的十二磅重炮连应与第一军的十二磅重炮连集中使用。上述二十四门火炮向据守圣让山的敌军开火。戴尔隆伯爵应率领其左翼师率先进攻，必要时，由第一军的其余各师予以支援。
第二军应与戴尔隆伯爵并进。第一军的工兵连队应准备立即在圣让山上设防。
在这项计划里并没有多少富有灵感的招数。它只不过是中世纪式的僵化刻板的战术动作，它试图以密集方阵突破敌军中央。如以此对付马穆鲁克人，也许尚能得手，但用来对付坚固严整而且得到训练有素的炮兵支援的步兵方阵那就注定要失败了。由于拿破仑过于自负，一向轻视英军及其指挥官，因此他深信只需用它宠爱之至的十二磅炮先进行炮火准备，随后以一支楔形纵队向布鲁塞尔公路疾进，即可突破威灵顿的中心，一举摧垮他的军队。拿破仑也就可以在近卫军的拥簇下悠哉游哉地前行十二英里，进驻布鲁塞尔。老近卫军的背包里早已装好了届时举行阅兵式的礼服。
威灵顿的阵地是经过精心选择的。它沿着一条低缓的山脊延伸，长约四千码，夏尔鲁瓦-布鲁塞尔公路从其中部穿过。在其右前方六百码处，有一座霍古蒙特(今称古蒙特)农庄和别墅，四周为一座长方形果园和灌木林围墙所环绕。距阵地中央正前方三百码是拉海圣庄园，这些建筑物都已匆匆设防，作为前哨阵地。
由几个国家部队拼凑起来的联军沿着整个前线审慎地与英军混杂在一起。关系重大的右翼即霍古蒙特北面交给了库克的第一师，其兵力由英国近卫军四个步兵营组成。各骑兵旅作为中央预备队，部署在前线与圣让山之间，另有两个英国骑兵旅构成左翼顶端，那里地势比较平坦。二十四个乘骑炮和野炮连中的大部分占领了夏尔鲁瓦公路以西山顶一线的阵地。从这里可以扫射前面的斜坡。炮兵根据威灵顿的指示，置敌方炮兵于不顾，而集中炮火对敌之步兵和骑兵实施近程射击。
拿破仑将部队在贝尔同盟岭的前坡上展开，面对着威灵顿的阵地。戴尔隆的第一军从夏尔鲁瓦公路向东延伸约二千码，而公路左侧雷耶的第二军也占领了一个类似的正面，其左翼在霍古蒙特以南。米豪德的第四骑兵军在戴尔隆之后，克勒曼的第三骑兵军则奉命支援雷耶。洛鲍的第六军、两个骑兵师及近卫军在拉贝尔同盟之后担任中央预备队。拿破仑的三十六个炮兵连大部分部署在山顶一线，经过拉贝尔同盟的东部和西部。他的三个十二磅炮连在威力上和射程上超过了威灵顿的九磅炮和六磅炮。
上午十一时三十分，战幕拉开，法军以八十门大炮而不只是以原计划的二十四门十二磅炮进行炮火准备。但其威力并不像拿破仑所期待的那样令敌胆寒。威灵顿仍按他的老办法让步兵伏藏在山顶后面。法军的一连串炮弹大部分钻进前坡雨水浸渍的泥土里，没有造成伤害，如果它落在坚硬的地上则很可能会导致破坏性的跳弹杀伤。
从拉贝尔同盟后方一千四百码的罗索姆农庄，拿破仑可以放眼观察战场动向。说也奇怪，他竟把整个进攻的指挥权交给了内伊——这真是一个致命性的错误。虽然内伊作战勇敢，这一点无与匹敌，但他刚愎自用，反复无常，很少战术意识。由于他在战场上的失误，曾给耶拿、包岑和邓尼维茨会战屡次造成不幸的后果。就在前一天，在卡特尔布拉斯他又丧失一个极好的战机。在这一阶段，内伊并未参预，不清楚拿破仑为什么不亲自指挥作战。在瓦格拉姆战役中，拿破仑曾亲自控制比滑铁卢大五倍的战场，亲自掌握数量上两倍于目前的部队和大炮。在盲目的勇敢精神的支配下，内伊一再率领英勇的法国纵队冲向缓坡，迎着枪林弹雨攻击英军步兵方阵，结果损失惨重，唯有后撤而已。早在五年前在布萨科与威灵顿交战，内伊就曾有过一次类似经历。但那一次是听命于马塞纳，而这一次则是拿破仑下令进行正面攻击。
拿破仑还有一个不智之举，就是让他最小的弟弟热罗姆指挥雷耶军的第六师。热罗姆是一个容貌迷人的三十岁青年。他曾先后当过海军军官、威斯特伐里亚国王，并在征俄战役中任过军长，但都弄得一败涂地。他所率师现构成雷耶军的左翼，当全军前进时，他却全力以赴地率领部队对霍古蒙特的敌军前哨阵地发动毫无必要的攻击，对这一目标本来是应该进行迂回作战的。雷耶感到有义务支援热罗姆，于是将一个又一个旅徒劳无益地投入攻夺该地的战斗。尽避损失巨大，但始终未能攻克。