宪宗时期
英宗复辟八年而死，儿子朱见深即位，是为明宪宗。初年为于谦冤平反，恢复代宗帝号。又能谅解民情，励精图治，俨然为一代明君。琉球、哈密、暹罗、土鲁番、撒马儿罕等国纷纷入贡。但好景不长，宪宗好方术，终日沉溺于后宫，与比他大17岁的万贵妃享乐，并宠信阉人汪直、梁芳等人，他们肆意浪费国库，导致国政大乱。而朝廷中佞臣当道，政局暗淡。宪宗还设置皇庄，开明代土地吞并之先河。别的，宪宗还开始了帝王直接颁诏令封官的制度，是为传奉官。结果传奉官泛滥，舞弊成风。直到孝宗时期这些官员才全被裁撤。阉人汪直受到宪宗的宠信，张狂跋扈，设置特务组织西厂大举冤杀平凡公众与官员。民愤四起，但汪直依然握有大权。成化十八年（1482年），汪直才因言官弹劾而被贬。总之，成化朝的政治依然溃烂。
弘治中兴
宪宗死后，明孝宗朱祐樘即位。由于孝宗自幼生于微寒，所以孝宗在位期间“更新庶政，言路大开”，使英宗朝以来奸佞当道的场面得以改观，被誉为“中兴之令主”孝宗的励精图治，被称为弘治中兴。虽末年宠信阉人李广，可是立即悔改自新，历代史学家对他评价极高。 孝宗在位期间，先是将宪宗期间留下的一批奸佞冗官尽数罢去，逮捕定罪。并选贤举能，将能臣委以重任。孝宗勤于政事，每天两次视朝。孝宗对阉人严加节制，特务部门也只能审慎行事，用刑宽松。孝宗力行节俭，不大兴土木，减免税赋。并饯行一夫一妻制，平生除了张皇后外没有任何妃嫔。在他的治理下，弘治一朝成为明朝中期以来的最好形势，期间政治清明，黎民富足。《明史》也称孝宗“恭俭有制，勤政爱民”。
武宗乱政
弘治十八年五月，孝宗病死。十五岁的太子朱厚照即位，是为武宗，改元正德。武宗天性贪图享乐，整天与内臣沉湎于声色犬马之中。刘瑾、马永成、谷大用、魏彬、张永、丘聚、高凤、罗祥等八位过去的东宫阉人彼此勾搭，是为“八虎”。八虎想尽措施奉迎阿上，导引帝王逸乐，残害忠良，导致朝政再次溃烂。八虎之中的刘瑾独揽大权，将自己的党羽延揽入阁，还想方想法满意武宗的玩乐需求，建造豹房供其淫乱。可是刘瑾的专权也激发了朝中大臣一别的“七虎”的不满。最终刘瑾被判凌迟3357刀处死。可是，武宗依然不思朝政，又开始信用佞臣江彬。
武宗的荒游逸乐导致正德年间土地吞并猛烈，阶层矛盾和统治集团内部矛盾加深，因此变乱频生，先后发生宁夏安化王朱寘鐇谋反、直隶刘六、刘七起义、江西宁王朱宸濠谋反等重大事件。正德十五年，武宗在征讨朱宸濠班师回京途中，于南直隶清江浦（江苏淮安）泛舟取乐时落水抱病。正德十六年（1521年）三月武宗归天。
嘉靖隆庆二朝
武宗无子嗣无兄弟。死后由孝宗弟兴献王长子朱厚熜即位，是为明世宗。世宗一即位，罢黜各地镇守太监，整顿税收，节俭财政，好像要有所作为。可是大礼议事件严重损害了朝政：世宗要求尊父为兴献帝王，母为兴献皇后。但内阁首辅杨延和、礼部尚书毛澄等坚持觉得不可。可是也有一些大臣纷纷迎合帝意。世宗在这些人的助长下蔑视礼法，不但尊其爹妈为帝王和皇太后，又为父亲在太庙旁专立一庙祭奠，成为献帝王庙。又称父亲为睿宗，在武宗之上，还为父亲修帝王实录。大礼节引起轩然大波，朝臣中反对者均受打击，或被罢官，或被入狱。受杖者一百八十余人，杖死者十七人。同时，世宗奉玄门，信用方士，滥用公帑，浪费无度，并在宫中日夜祷告。先是将道士邵元节入京，封为真人及礼部尚书。邵死后又大宠方士陶仲文。自嘉靖二十一年（1542年）“壬寅宫变”后世宗即不视朝。此时宠臣严嵩专政20余年，朝政溃烂漆黑到极点。
世宗归天后，独一存活的皇子朱载垕即位，是为明穆宗，改元隆庆。穆宗本人无能，但他任用能臣如高拱、徐阶、张居正等，内政形势总体较佳。也为万历初年的中兴奠定底子。
嘉靖一朝，国家外患不停。北面鞑靼部趁明朝衰弱而占据河套。嘉靖1550年，鞑靼首领俺答汗进犯，在北都城郊大举抢掠之后西去，明军在追击中大败，此为庚戌之变。穆宗时，明朝与蒙古通好，俺答被封为顺义王。在南部海域，倭寇横行，人民生活出产受到严重毁坏。可是后为戚继光、胡宗宪、俞大猷清剿。
张居正变法
隆庆六年，明穆宗忽然中风驾崩，子朱翊钧继位，是为神宗，改元万历。由于神宗年幼，于是由太后摄政。重臣高拱由于与太后信任的阉人冯保匹敌而被罢官，相反张居正获得冯保的大力支持。
张居正辅政十年，推行革新，在内政方面，提出了“尊主权，课吏职，行奖惩，一号令”，推行考成法，裁撤当局机构中的冗官冗员，整顿邮传和铨政。经济上，清丈全领土地，抑制豪强地主，革新赋役制度，推行一条鞭法，减轻农夫承担。洪武年间，天下耕耕田地有八百五十万零七千六百卅二顷。到了弘治十五年（1502年）降低到四百二十二万八千零五十八顷。而万历九年路过张居正的治理后达到七百零一万三千九百七十六顷。军事上，增强武备整顿，平定西南骚乱，重用抗倭名将戚继光总理蓟、昌、保三镇练兵，使边境安然。张居正还启用潘季驯治理黄河，变水患为水利。同时张居正严惩贪官污吏，裁汰冗员。
张居正变法后，万历初年出现出太平盛世的情形。 张居正去逝之后，中兴之象消失。方才有点转机明王朝从此走上了衰败之路。
万历
张居正死后初期，神宗尚能保持对朝政的乐趣，但不久就开始怠政。万历十四年后，神宗就开始持续不上朝。万历十七年元旦后，神宗以日食为由免除元旦朝贺。今后每年的元旦神宗再也不视朝。自万历十六年后，常朝也常常看不到神宗。神宗整天在深宫中不理政事，沉浸在灯红酒绿之中。每年还进行选美。神宗还好营建，常常大兴土木。在他廿一岁时就开始筹建陵园。万历十七年，大理寺左评事雒于仁上疏，称神宗沉湎于酒、色、财、气。结果被贬为民。神宗还派矿监和税监搜刮民间财富，导致多处民变发生。由于神宗不理朝政，缺官现象很是严重。万历三十年（1602年），南北两京共缺尚书三名，侍郎十名；各地缺巡抚三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。神宗委顿于上，百官党争于下，当局完全陷入空转之中。官僚部队中党派林立，互相倾轧，如东林党、宣党、昆党、齐党、浙党等名目众多，但其所议议题却不是怎样改进朝政，只是人事结构罢了。因此明史言：“论者谓：明之亡，实亡于神宗。”
神宗在位期间别的两项严重败坏朝纲的事件是东林党争和国本之争。东林党源于顾宪成组办的东林书院。东林党一词则发源于万历三十八年的一次人事变更事件。原由是内阁缺人，顾宪成极力主张颇有政绩的淮扬巡抚李三才入阁，结果被反对李三才入阁的势力摸黑漫骂，东林党因此而起。东林党兴起后，朝中别的各党便集中火力抨击东林党。阉党专权后，东林党更受到严重打击。直到崇祯初年东林党才从新被启用。
别的一项政争是国本之争。主要是环绕着皇长子朱常洛与郑贵妃所生的福王朱常洵。神宗迟迟不立太子，令群臣忧心如焚。朝中上下也因此分成两个流派。直到万历二十九年，朱常洛才被封为太子，朱常洵被封为福王。可是福王迟迟不离京就任藩王。直到梃击案发生，舆论对郑贵妃不利后，福王才离京就藩。
不过万历朝的亮点则是囊括援助朝鲜王朝抵御日本侵犯的壬辰倭乱、平定宁夏啺葜之乱、平定贵州杨应龙之乱的的万历三大征都取得了胜利。万历四十六年（1618年），后金努尔哈赤以“七大恨”告天，誓讨明朝。次年在萨尔浒之战中大败明军，明朝对女真从此转为战略防御。
明末三大案
“明末三大案”指明朝末期宫廷中发生的梃击案、红丸案、移宫案的总称，均与光宗有关。这三起事件本身并不是很重要，可是却标记着明末纷乱和衰亡的开始，故有“三大案”之称。