最后的余波-明郑时期（1662-1683）
永历帝被害后，天下大规模的抗清活动就只有夔东十三家抗清与郑成功在台澎金厦抗清了。李自成余部在湖南抗清失败后，转移到川、鄂山区进行活动，在夔州府以东地域继续抗清，史称夔东十三家。1662年清军开始对其进行绞杀，1664年，夔东十三家军抗满失败，首领李来亨全家自焚。1662年6月郑成功病逝后，郑经从厦门来到台湾接管钻营，并仍然沿用永历年号。1663年清朝与荷兰联手进攻金门与厦门，金厦两岛陷，郑经便退却台湾，在陈永华的辅政下，抚土民、通商贩、兴学校、进人才、定制度，境内大治。1673年三藩之乱发作，郑经接受靖南王耿精忠请援，率军东渡福建。郑经先派遣兵万人、船百余艘先行，至厦门，耿军派人往接，军容未如早年壮盛，甚轻蔑之，耿精忠甚悔。郑经收回厦门后，并收漳州、泉州与潮州三府，进而攻陷广东惠州。郑经亲自率兵西征，并请耿精忠如约拨船及地方安插兵士。耿精忠不答，双方开始交恶。后来，广东平南王尚可喜、福建靖南王耿精忠相继为清军所平定，云南平西王吴三桂亦败亡，郑经势力败退仅能守住厦门，1680年满清将万正色遣人游说郑军海军副总督朱天贵（原为耿精忠部将）率舰300艘，将士2万余人降清，郑经放弃厦门并班师回台，之后着迷于酒色。1681年郑经病殁，遗命郑克臧嗣位，冯锡范迫害郑克臧，拥立其婿郑克塽，独揽大权。清康熙帝趁郑氏政权内部发作内耗，以降清明将施琅为海军提督着手征讨台湾。1683年（永历三十七年），施琅大败刘国轩攻克澎湖，给台湾造成极大的军事压力，结果郑克塽剃发降清，明朝最后一股抗清势力覆灭。
政治制度
由于朱元璋雄猜好杀，洪武十三年，以宰相胡惟庸谋反伏法，于是废去宰相一职，并规定子孙不得复立。秦、汉以降实行一千六百余年的丞相制度自此破除，相权与君权合而为一，明朝早期帝王大权在握，在世界政治史上只有路易十四时期的“朕即国家”可以类比。但由于国家事务繁多，帝王无法处置，洪武十五年九月罢四辅官，仿宋殿阁制设内阁。其后的满清王朝也大多继承了明朝的政治制度。内阁只为帝王的参谋，相当于今日总统府秘书长的职务，奏章的批答为帝王的专责。内阁大学士一职多以硕德宿儒或朝中大臣担当，只照帝王的意旨写出，称“传旨当笔”。权威及职位尚不如过去的宰相。宣宗时期，由于杨溥、杨士奇、杨荣等三杨入阁，宣宗核准内阁在奏章上以条旨陈述己见，称为“票拟”制度，又授予阉人机构司礼监“批朱”。票拟之法补救可君主不肯面见阁臣之弊，但内阁大臣与帝王沟通，全赖司礼监（阉人）。由是开启明朝阉人专政之大门。为了增强对天下臣民的监督，明太祖还设立特务机构锦衣卫，明成祖又设立东厂，明宪宗再设西厂，合称“厂卫”，由阉人统领，终明朝一代,阉人和内阁的斗争都未停止。
明朝是真正完全控制朝政帝王的只有洪武永乐和崇祯三代，可是只管如此，有明一朝却能有276年的国祚，与秦、隋两朝二世而亡，不可同日而语。其要害点就在于内阁优良的缓冲机制，正统今后的明朝，出现出君主专制则衰落，内阁掌权则复兴的特点。
主要机构六部
明朝在中央设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代比拟，明朝最初在每部增加尚书侍郎各一。胡惟庸案之后，朱元璋废丞相之职，打消中书省。六部因此职位获得了提高。每部只设一个尚书，两个侍郎，原有的各科尚书降为郎中。各部尚书和侍郎的官阶也上升。其中以吏部（主管文官升迁）最为重要，户部职员最多。礼部（主管祭奠大典）与工部（主管公共建设）职位较低。
监察机构
在洪武十三年前，明朝还沿袭元的监察制度，设立御史台，有左右御史医生各一名。洪武十三年后，朱元璋废御史台。两年之后，朱元璋设立新的监察机构—都察院。都察院下面设立监察御史多少人，分巡天下各省，称为十二道监察御史。每道有监察御史三至五人，范围大体为一省。但监察御史都驻在京师，有事带印出巡，事毕回京缴印。到明末，监察御史分为十三道，共有一百一十人。
六科
明朝开始只设了给事中。到洪武廿四年，设都给事中六人，分吏、户、礼、工、刑、兵六科，每科一人。该制度根本是继承了唐朝的门下省制度。六科官职品级虽低，然权柄很高。他们可以不赞成帝王的意旨。而该制度也发挥了一定的改善朝政作用。
五寺
五寺囊括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺。大理寺与刑部和都察院合为三法司，其权柄与今日之最高法院相似。大理寺的首长称为大理寺卿，也是九卿之一。其余四个寺的卿权柄较低。太常寺负责祭奠；太仆寺管理马匹；光禄寺负责寿宴；鸿胪寺负责招待外宾。
内阁
在破除丞相制度后，朱元璋亲理政务，一度深感疲劳，于是设立四辅制度来辅佐政事。但这项制度效能不彰。洪武十七年后被废。之后朱元璋请来几位翰林学士帮忙辅佐，这些翰林学士的官职被命为“XX大学士”。这也就是所谓的内阁机构。
特务机构
明朝实行严密的特务政治。主要的特务机构囊括锦衣卫、东厂和西厂，武宗时期还一度设有老手厂。 锦衣卫设立于洪武十五年，直接听命于皇上，可以逮捕任何人，并进行不公开的审讯。在东厂设立后，锦衣卫权威受到减弱。东厂成立于永乐十八年，是明成祖为了镇压政治上的反对气力而成立。地址位于京师东安门北。东厂的主要职责就是监督当局官员、社会名人、学者等各种政治气力，并有权将监督结果直接向帝王报告。根据监督获得的谍报，对于那些职位较低的政治反对派，东厂可以直接逮捕、审讯；而对于担当当局高级官员或者有皇室贵族身份的反对派，东厂在获得帝王的授权后也能够对其执行逮捕、审讯。东厂在设立之初，就由阉人担当提督，后来平日以司礼监秉笔太监中位居第二、第三者担当。西厂设立于宪宗时期，首领为汪直。1482年后被废。其后又被武宗短暂恢复。 内厂设置于武宗时期，首领为阉人刘谨，刘谨伏法后，内厂与西厂同时被废，仅留东厂。
别的机构三公
囊括太师、太傅、太保。这些官职都是虚弦。他们名为教导太子，但实际上教导太子的机构是詹事府。詹事府下设两坊、一局、一厅。此外另有太医院。太医院从属有生药库和惠民药局。而翰林院远较太医院重要。翰林院首长则是翰林学士。
诸司
指不属于各部院的司。主要指通政司和行人司。通政司负责传递公函，通告周知。行人司负责到地方上颁诏谕及赴外国作使臣。
外三监
囊括国子监、钦天监、上林苑监。钦天监负责观察星象。国子监是教育机构，有祭酒一人，司业一人，监丞一人，博士五人，助教十五人，学正十人，学录七人，典簿一人，文籍一人，典馔两人。上林苑监负责掌管帝王的御花圃，畜牧场与菜圃。
内十二监
为阉人衙门。事实上只有在这些衙门工作的阉人才是太监。囊括司礼监、内宫监、御用监、司设监、御马监、神宫监、尚膳监、尚宝监、印绶监、直殿监、尚衣监、都知监。以司礼监最为重要，监内的提督太监主管宫内一切阉人礼节刑名。而秉笔太监在阉人极端专权时竟取代帝王批公函。此外还设有四个司（惜薪、钟鼓、宝钞、混堂），八个局（兵仗、银作、浣衣、巾帽、针工、内织染、酒醋面，司苑），合为内官廿四衙门。宫女也有六个局（尚宫、尚仪、尚食、尚寝、尚功等），每个局下设四个司。