祖龙之死
凶兆出现
据《史记》记载，公元前211年（秦始皇36年）的一年之内，连续发生三件怪事。
首先是当年出现“荧惑守心”的天文现象，古人把“火星”称作“荧惑”，二十八宿中的“心宿”简称为“心”，“心宿”就是现代天文学的“天蝎座”，而荧惑守心的出现则被称为大凶之兆，轻者天子要失位，严重的情况就是皇帝驾崩。
同年有一块陨石在东郡地区（今河南省濮阳市）坠落，其间有人在陨石上刻上“始皇帝死而地分”七字，传入秦始皇耳中。秦始皇大怒，下令御史前去挨家查问，但没有人认罪，于是把居住在那块石头周围的人全部抓来杀了，并焚毁了那块陨石。这次事件让秦始皇 心情不快，故此他让博士作了一首《仙真人诗》，等到巡行天下时，走到一处就传令乐师弹奏唱歌。
同年秋天，有一位使者从关东走夜路经过华阴平舒道，其间有人手持玉璧拦住使者，要求使者将王璧送至滈池君，并称“今年祖龙死”。使者问他缘由，那人随即失去踪影，并留下玉璧，使者惟有捧回玉璧，向秦始皇叙述自己的奇遇。秦始皇沉默了好一会，称山鬼 最多只能预知一年的事，并轻描淡写地指现时已是秋季，这话未必能应验。他在遣退使者后，又称“祖龙”的意思是“人的祖先”，（意指“祖龙死”与他无关）。
其后，秦始皇让御府察看那块玉璧，竟发现该玉璧是始皇二十八年出外巡视渡江时，沉入水中祭拜水神的那块，故为此占卜，占卜的结果是迁徙才吉利（史记记载的卜辞称“游徙吉”），因而下令迁移三万户人家到北河、榆中地区，每户授给二十等爵一级，而秦始 皇则在公元前210年（秦始皇37年）进行第五次巡游，亦是他有生之年最后一次巡游。
最后的巡游
公元前210年年尾（秦始皇三十七年十月），秦始皇踏上第四次全国巡游之旅，随行的包括他的幼子胡亥，左丞相李斯及执掌中车府令的赵高，右丞相冯去疾则负责留守京师，其具体巡行路线如下：
咸阳 → 云梦（今湖北省云梦县） → 海渚（今安徽省桐城市）
→ 丹阳（今江苏省南京市） → 钱塘（今浙江省杭州市）
→ 会稽（今浙江省绍兴市） → 吴（今江苏省苏州市） → 琅琊
→ 荣成山（今山东省荣成市） → 之罘（今山东省烟台市芝罘区）
→ 平原津（今山东省德州市平原县）
→ 沙丘（今河北省邢台市广宗县）
--《史记·秦始皇本纪》
秦始皇一行在该年十一月到达云梦，在九疑山遥祭虞舜，然后乘船沿长江而下，观览籍柯，渡过海渚，经丹阳到达钱塘。到浙江边上的时候，水波凶险，就向西走了一百二十里，从江面狭窄的地方渡过，最后登上会稽山祭祀大禹，遥望南海，在那里刻石立碑。碑文 除了颂扬秦朝的功德外，还有整顿吴越之地风俗的用意。据明末清初学者顾炎武的著作《日知录》载，春秋时越王勾践为反击吴国，鼓励生育以增加人口，因此养成吴越地区百姓不重贞节的风气，故命人在碑文刻下“饰省宣义，有子而嫁，倍死不贞。防隔内外，禁止淫 泆，男女絜诚。夫为寄豭，杀之无罪，男秉义程。妻为逃嫁，子不得母，咸化廉清”一段。碑文全篇如下：
皇帝休烈，平一宇内，德惠修长。三十有七年，亲巡天下，周览远方。遂登会稽，宣省习俗，黔首斋庄。
群臣诵功，本原事迹，追首高明。秦圣临国，始定刑名，显陈旧章。初平法式，审别职任，以立恒常。
六王专倍，贪戾傲猛，率众自强。暴虐恣行，负力而骄，数动甲兵。阴通闲使，以事合从，行为辟方。
内饰诈谋，外来侵边，遂起祸殃。义威诛之，殄熄暴悖，乱贼灭亡。圣德广密，六合之中，被泽无疆。
皇帝并宇，兼听万事，远近毕清。运理群物，考验事实，各载其名。贵贱并通，善否陈前，靡有隐情。
饰省宣义，有子而嫁，倍死不贞。防隔内外，禁止淫泆，男女絜诚。夫为寄豭，杀之无罪，男秉义程。
妻为逃嫁，子不得母，咸化廉清。大治濯俗，天下承风，蒙被休经。皆遵度轨，和安敦勉，莫不顺令。
黔首修絜，人乐同则，嘉保太平。后敬奉法，常治无极，舆舟不倾。从臣诵烈，请刻此石，光垂休铭。
--《史记·秦始皇本纪》
秦始皇之后从会稽山折回，途经吴地，声势浩大，避居当地的项梁、项籍（即项羽）叔侄也看到，项籍更称“吾可取而代之”。尽管项梁担心项籍祸从口出，惹来族诛之祸，立即叫项籍噤声，但自此项梁对项籍开始另眼相看。
横渡长江后，秦始皇沿海岸北上到达琅琊台。这是秦始皇第三次到达琅琊台，并在当地召见方士徐巿，距离他初会徐巿的时间，已经有九年的时光。
根据《史记·秦始皇本纪》的描述，徐巿当时仍未渡海向东求取仙药，故推断与秦始皇会面后，徐巿随即东渡大海。由于徐巿在寻找仙丹的过程中花费大量钱财，害怕面对秦始皇的雷霆之怒，故托辞称蓬莱仙药虽可能取得，却总被大鲛鱼阻挡，因此无法抵达仙人岛 ，要求增派神箭手及装备连弩对付鲛鱼。不久秦始皇在晚上梦见与海神交战，海神的形状好像人，大惑不解下邀请某博士解梦，博士指海神一向以大鱼蛟龙作斥侯，一般人是不会梦见海神的，不过秦始皇在祭祀方面对神灵恭敬周到，却出现这种恶神，应当除掉它，然后 真正的善神才会迎来。
因此秦始皇应允徐巿的要求，派遣射手捕杀鲛鱼。从琅琊向北直到荣成山（今山东省荣成市），都不曾遇见鲛鱼，直到到达之罘（今山东省烟台市芝罘区）的时候，才射杀了一头大鱼，接着又沿海向西进发。
沿着山东半岛沿岸绕行，秦始皇在抵逹黄河下游的平原津（今山东省德州市平原县）时，突发重病倒下。群臣知道秦始皇忌讳“死”一字，因此不敢将死字挂在嘴边，但秦始皇的病情仍没有好转。
秦始皇知道自己时日无多，故命人写了一封盖上御印的信，给当时正在上郡（今陕西榆林附近）监视蒙恬部队的长子扶苏，命扶苏回咸阳参与丧事，但是这封遗书却存放在中车府令兼掌印玺事务赵高的办公处，没有送达扶苏手上。公元前210年（秦始皇三十七年七 月），秦始皇在沙丘平台（今河北省邢台市广宗县）逝世，巧合的是，秦始皇的出生地点与逝世地点，仅相距一百多公里。
《史记·秦本纪》载：“始皇帝立十一年而崩。”但因后来版本传抄将“立”错写“五”，造成后世以为秦始皇活到五十一岁，清代史学家钱大昕指出错误，但没有找到相关证据，直到南京师范大学团队在日本高山寺所藏抄本中找到版本依据，再加上旁证材料，才 将错误改过。
身后
沙丘之变
秦始皇统一六国后，先后进行5次大规模的巡游，在名山胜地刻石记功，炫耀声威。始皇三十七年（前210年），秦始皇最后一次巡游返至平原津得病。秋七月，行至沙丘平台，秦始皇驾崩，《史记·秦始皇本纪》：“三十七年十月癸丑，始皇出游。”、“七月丙寅 ，始皇崩于沙丘平台。”，秦历是以夏历十月作为一年的开始，此年七月丙子朔，无丙寅日。
丞相李斯恐天下有变，乃秘不发丧，棺载辒凉车中。所至，百官奏事如故，宦者辄从车中可其奏事，独胡亥、赵高及宦者五六人知。诈为丞相李斯受始皇遗诏于沙丘，立子胡亥为太子。更为书赐公子扶苏、蒙恬，赐死。是为沙丘之变。此年七月丙子朔，无丙寅日， 八月丙午朔，有丙寅日。八月丙寅（前210年9月10日）从直道至咸阳，发丧。太子胡亥袭位，为二世皇帝，天下始知秦始皇驾崩。
世人只知（八月）丙寅日为发丧日，却不知秦始皇死之具体日期。由于秦末战火，秦代史料多亡佚，司马迁多方寻访，得知秦始皇死于秋七月丙寅。秦始皇三十七年七月丙子朔，无丙寅日，八月丙午朔，有丙寅日。司马迁不做考证，将其写入《史记》，是《史记》 一大败笔。[可疑 –讨论]
秦始皇本作书命在上郡（今陕西榆林附近）监军的扶苏送葬，并继嗣帝位。但赵高勾结始皇少子胡亥及丞相李斯，在秦始皇死后，伪造了遗诏立胡亥为皇帝，是为秦二世，并赐死扶苏。
秦朝灭亡
秦二世即位后不久，前209年七月， 庶民陈胜 、吴广率领戍卒在大泽乡起事反秦并迅速壮大。 随后，天下大乱。尽管陈胜、吴广攻打关中失利，被秦军反扑击败，但原东方六国相继复国，秦朝走向崩溃。 前207年，秦始皇驾崩后三年， 楚将项燕之孙项羽在巨鹿 之战中歼灭秦将章邯统帅的秦军主力。同年九月，赵高杀秦二世，欲自立为帝，但遭到大臣反对，遂立子婴为秦王。即位当日，子婴即设计诛杀赵高，但对秦朝灭亡于事无补。十月，秦王子婴在灞上向楚将刘邦投降，秦朝灭亡。随后项羽与刘邦争夺天下，爆发了持续五 年的楚汉战争，以刘邦胜利建立汉朝而告终。
赵佗独立
陈胜、吴广起义后不久，南海尉任嚣病重，临终前把时任龙川令的恒山郡真定县（今河北省正定县）人赵佗召来，向赵佗指南海郡虽位处偏僻，远离中原，但占地数千里，傍山靠海，有险可据，可以凭此成为一州之主，并提到自己有切断通往中原道路的打算，以抵 抗中原流寇的侵犯。由于信任赵佗的能力，除了赵佗外，任嚣并没有将他的打算告诉他人，其后更将任命文书交给赵佗，让他代行南海郡郡尉的职务。
任嚣不久病亡，继任为南海尉的赵佗向岭南的横浦关（今广东省南雄市北）、阳山关（今广东省阳山县北）、湟溪关（今广东省英德县境内连江入北江处）等各关口的军队传达了据险防守的指令，防止中原的起义军进犯，并借机杀了秦朝安置在南海郡的官吏们，换 上自己的亲信。
公元前206年，秦朝灭亡，此时桂林和象两郡的越人也趁机纷纷独立，古蜀王族后裔蜀泮在象郡击败其它骆越族的部落首领，以螺城（今越南河内市东英县内）为都城建立了瓯骆国，自称“安阳王”。随后赵佗出兵攻打安阳王并将其赶走，接着还兼并了桂林郡和象 郡。赵佗考虑到象郡越人部落势力过大，将象郡分拆为交趾、九真两郡，仅派两使者管理重大事务，日常事务仍由各部落首领自己管理。约公元前203年（汉高祖三年），赵佗以番禺为都城在岭南地区建立南越国，自称“南越武王”。
轶事
秦始皇的身高
据《史记·刺客列传》记载，燕国使者荆轲企图行刺嬴政时，嬴政由于不能及时拔出其佩剑，结果弄到要绕柱奔逃，十分狼狈。
在一般的认知中，嬴政佩带的应属青铜剑，而青铜剑容易折断，故此一般青铜剑都是短剑，最负盛名的青铜剑——越王勾践剑全长仅55.6厘米，这种长度的剑随手就可以拔出。对于司马迁这段记载，历史学家一直都显得很困惑。
公元1974年，考古学家发现一把接近1米的青铜长剑，现收藏在秦始皇兵马俑博物馆，这次考古发现推翻了以往“青铜剑不能铸得太长”的认知。可以推断，当年嬴政就是佩带这种加长版的青铜剑，所以在被行刺时因剑身过长，而不能及时拔出佩剑，也是可以理解 的。
此外，历史学家发现拔剑困难还有另一个原因，盖因战国时期，帝王及官员都习惯将佩剑“负”在身后。他们做过实验：身高在1.90米以上的人才能自行拔出背在身后达1米的青铜剑。根据这个实验，秦始皇的身高应该低于1.90米，因此秦始皇才无法及时拔出身后 的佩剑。
秦始皇的佩剑
据《复活的军团：秦军秘史》一书所述，随身佩剑是亲政的重要标志，因此有说法指秦始皇在亲政后曾经让人打造两柄青铜剑，并在剑上刻了两个字“定秦”。一柄随身携带，一柄埋在观台下。秦始皇死后，随身佩剑很有可能与主人一同入葬。
秦始皇讨论禅让
此外，西汉刘向所着的《说苑·至公》亦记载，秦始皇曾经与博士们讨论“禅让”的问题：
事缘六国破灭之后，秦始皇在某日召开廷议，以三王（即夏禹、商汤、周武王）行世袭制，而五帝行禅让制，询问群臣何者为优，然后择而从之。由于这涉及皇位继承的敏感议题，博士们都对此保持缄默，只有博士鲍白令之称五帝让贤，是视天下为官天下；三王世 袭，是视天下为家天下。
秦始皇认为自己德行继承自五帝，故欲“官天下”，将天下留给贤德之人，并反问鲍白令之，何人能承继自己的事业。鲍白令之当堂向秦始皇浇了冷水，指秦始皇行“桀纣之道”，在任期间推行多项工程，滥用民力过甚，与五帝的德行相比差得远。面对鲍白令之的 一番话，秦始皇沉默了好一会，面露惭色，最终打消了“禅让”的念头。
事实上，由于战国时早有燕王哙“禅让”王位给子之的前科，而且秦始皇又自认为“功过三皇，德兼五帝”，有“禅让”的念头也不足为奇。只不过《史记》是研究秦始皇生平的最权威资料，《史记》没有记载该事，意味着“秦始皇谈禅让”一事只能作为轶事参考 。
民间传说
为了寻求长生不老之药，秦始皇派遣方士徐福率童男女6,000人渡东海求神仙。《楚义六帖》记载，徐福和童男女们在到达目的地瀛洲（即今日本）之后一去不返，日本秦氏为其后代，但是有后代学者对此提出了怀疑。
评价
秦始皇是中国历史上一位极富传奇色彩的雄才大略的划时代人物。他是中国历史上第一位皇帝，是皇帝尊号的创立者，是中国皇帝制度创立者，也是使中国进入了中央集权帝制时代的第一人。他一生并天下、称皇帝、废分封、置郡县、征百越、逐匈奴、修长城、通 沟渠、销兵器、迁富豪、车同轨、书同文、钱同币、币同形、度同尺、权同衡、行同伦、一法度、以法治国、焚书坑儒，对于中国之大一统、对于中国政制之创建、对于中国版图之确立、对于中国民族之传承，都起到了不可磨灭的关键作用，对后世的中国和世界产生了 不可估量的深远影响。但自古以来，秦始皇一直是一个备受争议的人物，誉之者称其为首创统一局面的“千古一帝”，毁之者则称其为专制独裁的“一代暴君”。