三、榷税之政。
当时国家不开矿、不槯税，似乎已经无力维持财政运转（万历25年到万历34年间，每年上缴矿税收获就平均有白银50万两、黄金13000两）。而且这种工商业税收自然有其正当性（以前对商人几乎无正税）。
但是这种绝对主义统治者对于资本主义萌芽利益的分享要求，严重妨碍了资本主义萌芽的原始积累（虽然当时无人认识到这一点），自然引发大商人阶层（就中国实际情况而言，同时也往往兼是大地主）和代表他们利益的许多官僚的激烈反弹。加上监税太监又扰民甚厉。此事已变成一个严重的社会和政治问题。
东林的重要资助者有通州商人（李三才的背后）和苏南工场主，于是借“天人感应”之说强烈反对榷税和矿税。
而浙党虽然也有反对的动机，但出于自身是执政党，需要稳定国家财政的考量，实际上是采取一种希望改革与妥协的态度。
方从哲当时对这三个问题都有所应对。
以第一个问题为例子，他拟订了三个解决办法。
（1）发帑：
为解决地方因灾荒所造成的财政问题，从哲建议神宗速发帑以赈灾。从哲亦知神宗爱财，故言“发帑出自特恩……其分数多寡，应候圣裁。”然而，神宗始终不允发帑。
（2）开仓：
由于水旱灾以及蝗虫肆虐，影响粮食生产，故方从哲奏言：至于应征各项钱粮，当蠲者蠲，当缓者缓，当折者折，及发临德仓粮。分给被灾州县，听其便宜粜买，俱行户部酌议外，惟是急发通仓米数万石，以分赈邻近处所，则朝奉旨而饥民可夕受其惠，此救焚拯溺之第一。希望妥善运用仓粮，就近配发赈灾，以解受灾地方燃眉之急。
这一点往往因为地方官员的贪墨而收效不佳。
（3）免税停征：
对于灾民的沉重负担，方从哲建议以“免税停征”来解决。从哲曰：令抚按诸臣，亟行赈济，其罢免六府包税，如抚按所请，停征改折，当年钱粮，如本省诸臣所奏，亦乞勑下户部，速为议覆。庶明旨一宣，人心胥悦，群情定，而贼党自携。
期望能够“停征改折”，以兹赈济灾民，以一时之权宜，来安抚地方的动荡不安，进而弭平地方严重的盗情，然而神宗未置可否。
然而在万历四十三年的山东大饥荒（参见亓诗教）中，开仓与免税还是大量救济了灾民，也让方内阁的威望达到高潮。
（4）补地方官吏：
地方灾荒，首先必须面对的是地方大僚，而神宗末年缺官严重，故地方赈灾无人，将酿大祸。故从哲劝言：因思湖广、河南、及江西、福建四省巡抚，一时俱缺，弹压无人，万一饥民啸呼，倭虏响应，中原腹心之地，大有可虞。希望早补大僚，以绝乱象，而神宗对此亦不予理会。
地方的灾荒与动乱，已使中央与地方廷臣焦头滥额，而神宗仍泰然自若，方从哲亦无可奈何。直到万历末期，情况才好转。
其他如补官、罢监、立储等事，也大多如此。神宗面对批评，大率“虚心接受，坚决不改”。从哲只能多次乞休、装病，但由于万历皇帝的坚持以及家居京师，无法逃遁，所以最终只能妥协。
方从哲在危难的局势中，凭借本不充分的才干和经验，勉强维持着这个帝国的运转。
当时国家不开矿、不槯税，似乎已经无力维持财政运转（万历25年到万历34年间，每年上缴矿税收获就平均有白银50万两、黄金13000两）。而且这种工商业税收自然有其正当性（以前对商人几乎无正税）。
但是这种绝对主义统治者对于资本主义萌芽利益的分享要求，严重妨碍了资本主义萌芽的原始积累（虽然当时无人认识到这一点），自然引发大商人阶层（就中国实际情况而言，同时也往往兼是大地主）和代表他们利益的许多官僚的激烈反弹。加上监税太监又扰民甚厉。此事已变成一个严重的社会和政治问题。
东林的重要资助者有通州商人（李三才的背后）和苏南工场主，于是借“天人感应”之说强烈反对榷税和矿税。
而浙党虽然也有反对的动机，但出于自身是执政党，需要稳定国家财政的考量，实际上是采取一种希望改革与妥协的态度。
方从哲当时对这三个问题都有所应对。
以第一个问题为例子，他拟订了三个解决办法。
（1）发帑：
为解决地方因灾荒所造成的财政问题，从哲建议神宗速发帑以赈灾。从哲亦知神宗爱财，故言“发帑出自特恩……其分数多寡，应候圣裁。”然而，神宗始终不允发帑。
（2）开仓：
由于水旱灾以及蝗虫肆虐，影响粮食生产，故方从哲奏言：至于应征各项钱粮，当蠲者蠲，当缓者缓，当折者折，及发临德仓粮。分给被灾州县，听其便宜粜买，俱行户部酌议外，惟是急发通仓米数万石，以分赈邻近处所，则朝奉旨而饥民可夕受其惠，此救焚拯溺之第一。希望妥善运用仓粮，就近配发赈灾，以解受灾地方燃眉之急。
这一点往往因为地方官员的贪墨而收效不佳。
（3）免税停征：
对于灾民的沉重负担，方从哲建议以“免税停征”来解决。从哲曰：令抚按诸臣，亟行赈济，其罢免六府包税，如抚按所请，停征改折，当年钱粮，如本省诸臣所奏，亦乞勑下户部，速为议覆。庶明旨一宣，人心胥悦，群情定，而贼党自携。
期望能够“停征改折”，以兹赈济灾民，以一时之权宜，来安抚地方的动荡不安，进而弭平地方严重的盗情，然而神宗未置可否。
然而在万历四十三年的山东大饥荒（参见亓诗教）中，开仓与免税还是大量救济了灾民，也让方内阁的威望达到高潮。
（4）补地方官吏：
地方灾荒，首先必须面对的是地方大僚，而神宗末年缺官严重，故地方赈灾无人，将酿大祸。故从哲劝言：因思湖广、河南、及江西、福建四省巡抚，一时俱缺，弹压无人，万一饥民啸呼，倭虏响应，中原腹心之地，大有可虞。希望早补大僚，以绝乱象，而神宗对此亦不予理会。
地方的灾荒与动乱，已使中央与地方廷臣焦头滥额，而神宗仍泰然自若，方从哲亦无可奈何。直到万历末期，情况才好转。
其他如补官、罢监、立储等事，也大多如此。神宗面对批评，大率“虚心接受，坚决不改”。从哲只能多次乞休、装病，但由于万历皇帝的坚持以及家居京师，无法逃遁，所以最终只能妥协。
方从哲在危难的局势中，凭借本不充分的才干和经验，勉强维持着这个帝国的运转。