虽然东林在“妖书案”中被浙党出身的首辅沈一贯成功反客为主，予以痛击。但是他们吸取了经验教训，准备卷土重来。
1、挺击案
早在万历四十三年，新生代东林党人就企图一举同时扳倒三党和他们所仇恨的内宫郑贵妃派系。因此发动了“梃击案”。
挺击案原本很简单，农民张差装若疯癫，手持木棒企图打入东宫。此案在当时特定的政治环境中当然很容易让人联想到政治阴谋（但是为什么不持利器，仅操木棒？难以相信郑氏集团愚蠢若斯）。第一次审理认为张差系“疯癫之人”以后，内阁也比较谨慎，当时方从哲与吴道南都在阁中，于是联合上奏：
本月初五日蒙发下皇太子一本，有不知姓名人撞入慈庆宫门，将守门内官打伤，臣等不胜惊骇。但细详本犯，言语半吞半吐，含糊不明，遽难凭信，其果否有病，及有无别项情节，在刑部自当研审，明确不至枉纵。
之后，王之寀等人却突然奏报张差翻供，称是郑贵妃身边太监唆使。然后东林言官纷纷蜂起，攻击郑家悖逆不法，同时又攻击内阁维护太子不力。然后执政三党的言官也纷纷反击。内阁此时对于朝局丧失控制力。
此时不论是神宗或阁臣，皆意识到“梃击案”经王之寀一揭发，已在政坛引起极大的震撼。如不及时打住，必将牵连甚广。
于是神宗也不得不出面调和各方。万历四十三年五月二十八日巳刻，久不上朝的神宗突然召集众臣。他在朝会上表示自己亲爱太子，而福王已经就藩，以此安抚众人，给东林台阶下。而东林方面，此时也已主动偃旗息鼓。只有非东林的御史刘光复出来大骂皇帝骗挺杖，以示仍有意见保留者。
此次事件中东林温和派的转向对于争议的解决十分关键。如后来东林温和派大老、帝师、民族英雄孙承宗就向内阁建言案情不可深究。钱谦益（1582 -1644）在孙承宗（1563-1638）的行状中曾述：
东宫有“梃击”之变，御史刘廷元以风癫蔽其狱，阁臣吴道南密以谘公（承宗）。公曰：“事关东宫，不可不问；事关皇宫，不可深问。庞保、刘成而下，不可不问也；庞保、刘成而上，不可深问也。独皇上能了此，须中堂（阁臣）密揭启之耳。”道南谢曰：“谨受教。”经承宗之建言，阁臣亦从其言，而梃击之狱遂定之。
这是真正政治家的见识。
然而党争并未由此消弭。三党见识到了东林势力未消，于是意图将其一网打尽。而东林也意识到翻盘时机并未成熟，才暂时收敛。
方从哲在这次事件中如履薄冰，与吴道南一道为防止扩大化作了些努力。但是他懦弱不决、过分希望平衡各方（他此后还多次冒着触怒神宗的风险上书营救牺牲品刘光复。事见《明神宗实录》）的毛病已经显露出来，政治手腕明显不如沈一贯有力（废话，东林就是因为这个才把他推上来作为妥协人物的）。这一缺点被东林看破，并成为东林后来两案中所应用。
他希望各方妥协的态度，后来也被东林歪曲为“结交郑氏”（明明最后的解决计划是孙承宗提出的）……
2、红丸案
神宗疾大渐，召方从哲等人入弘德殿，顾命辅佐新君，“勉以用心办事”，并谕内阁：“皇太子青宫有年，实赖卿与司礼监，协心辅佐，遵守祖制，保固皇图，卿功在社稷，万世不泯。”神宗驾崩后，光宗即位。光宗先报答了对自己鼎立支持自己即位的各党臣工；然后各党参用，增补官僚，力图团结一切，有所作为。
但是他不久就因病去世，其间本来是众人共见，并无什么疑点，但是东林却有意制造出红丸案，企图一举扳倒方内阁。
东林新生代杨涟和佥都御史左光斗等人攻击方从哲1、引荐、赏赐李可灼。2、未加以预防。3、与郑家勾结。其实都是莫须有之辞。但是由于挺方势力已经崩坏，方内阁的威性开始迅速瓦解。
3、移宫案
光宗方死，东林就逼迫宠妃李选侍移宫，以达到控制新君的目的，其间几度作秀。
方从哲终于不甘再庸碌无为，向东林步步退让，于是他决心奉光宗顾命，保一下李选侍，不料又招来东林攻击而无法抵御。最后不得不和东林妥协。
但是东林又抓住机会反攻，指责方：1、收受贿赂。2、态度迟疑。3、干预移宫。直指他是郑党，企图谋大逆，并把此事与“红丸案”联系起来。孙慎行、惠世扬等东林党人猛烈攻击从哲，欲致之死地。
但方从哲的势力虽然无法与东林抗衡下去，但毕竟还未完全崩溃。于是借着六月中重新调查三案的契机，东林温和派和从哲完成了政治交易，用一个“众臣皆有罪”的较公正结论换取方辞职。实际上是给方一个台阶下。
自知已经失去平衡器功能，于朝局无补的方从哲，于是辞职，换来身家平安。
东林凭借“三案”党争，一举打倒其他势力，得以独揽乾坤。
退休生活
在韩爌等人调解说和下度过最大难关后，方从哲即顺驴下坡，投桃报李，主动提出要求下野。泰昌元年十一月三、二十日，他连续两次上书乞休。明熹宗按例慰留之。不过此时从哲去职已经是各派共识。因此至十二月二十八日，皇帝终于批准。
熹宗传谕曰：“（方从哲）竭诚调护，劳者三朝（神宗、光宗、熹宗），从来未有。朕眷任耆旧，倚赖方殷，卿乃连朝乞身，情词迫切，勉从所请，成卿雅志”。并着命，“新任职衔，进中极殿大学士，就第赐银一百两，彩叚四表里，大红纻丝坐蟒衣一袭，仍准补六年考满。”方从哲虽在“三案”后，饱受廷臣批评和东林攻击，然而皇帝仍然礼遇从哲，让他由行人护送归籍。
之后，言路对方从哲的攻击，也因方从哲乞休获准，而暂时停止。
他下台后，东林党任用私人袁应泰、王化贞（后转投阉党）取代熊廷弼。主掌辽东，先后酿成辽沈和广宁两次大败，辽东明军全部覆灭。
阉党当权，反扑东林，编成《三朝要典》，其中对方从哲多有维护。原本攻击方从哲，企图置他于死地的东林党新贵也报应来到，纷纷被杀被罢。之后，已经投靠阉党的同年徐大化请他东山再起，企图依靠他来重整三党，对抗魏客集团，从而达到自己的目的。但老练的方从哲看出这是一滩混水，万万踩不得，并且他和东林温和派还保持着默契，因此徐大化的建议被他严词拒绝。不久魏忠贤察觉了徐的企图，将其革职。
崇祯元年卒。赠太傅（一说太师），谥文端。
1、挺击案
早在万历四十三年，新生代东林党人就企图一举同时扳倒三党和他们所仇恨的内宫郑贵妃派系。因此发动了“梃击案”。
挺击案原本很简单，农民张差装若疯癫，手持木棒企图打入东宫。此案在当时特定的政治环境中当然很容易让人联想到政治阴谋（但是为什么不持利器，仅操木棒？难以相信郑氏集团愚蠢若斯）。第一次审理认为张差系“疯癫之人”以后，内阁也比较谨慎，当时方从哲与吴道南都在阁中，于是联合上奏：
本月初五日蒙发下皇太子一本，有不知姓名人撞入慈庆宫门，将守门内官打伤，臣等不胜惊骇。但细详本犯，言语半吞半吐，含糊不明，遽难凭信，其果否有病，及有无别项情节，在刑部自当研审，明确不至枉纵。
之后，王之寀等人却突然奏报张差翻供，称是郑贵妃身边太监唆使。然后东林言官纷纷蜂起，攻击郑家悖逆不法，同时又攻击内阁维护太子不力。然后执政三党的言官也纷纷反击。内阁此时对于朝局丧失控制力。
此时不论是神宗或阁臣，皆意识到“梃击案”经王之寀一揭发，已在政坛引起极大的震撼。如不及时打住，必将牵连甚广。
于是神宗也不得不出面调和各方。万历四十三年五月二十八日巳刻，久不上朝的神宗突然召集众臣。他在朝会上表示自己亲爱太子，而福王已经就藩，以此安抚众人，给东林台阶下。而东林方面，此时也已主动偃旗息鼓。只有非东林的御史刘光复出来大骂皇帝骗挺杖，以示仍有意见保留者。
此次事件中东林温和派的转向对于争议的解决十分关键。如后来东林温和派大老、帝师、民族英雄孙承宗就向内阁建言案情不可深究。钱谦益（1582 -1644）在孙承宗（1563-1638）的行状中曾述：
东宫有“梃击”之变，御史刘廷元以风癫蔽其狱，阁臣吴道南密以谘公（承宗）。公曰：“事关东宫，不可不问；事关皇宫，不可深问。庞保、刘成而下，不可不问也；庞保、刘成而上，不可深问也。独皇上能了此，须中堂（阁臣）密揭启之耳。”道南谢曰：“谨受教。”经承宗之建言，阁臣亦从其言，而梃击之狱遂定之。
这是真正政治家的见识。
然而党争并未由此消弭。三党见识到了东林势力未消，于是意图将其一网打尽。而东林也意识到翻盘时机并未成熟，才暂时收敛。
方从哲在这次事件中如履薄冰，与吴道南一道为防止扩大化作了些努力。但是他懦弱不决、过分希望平衡各方（他此后还多次冒着触怒神宗的风险上书营救牺牲品刘光复。事见《明神宗实录》）的毛病已经显露出来，政治手腕明显不如沈一贯有力（废话，东林就是因为这个才把他推上来作为妥协人物的）。这一缺点被东林看破，并成为东林后来两案中所应用。
他希望各方妥协的态度，后来也被东林歪曲为“结交郑氏”（明明最后的解决计划是孙承宗提出的）……
2、红丸案
神宗疾大渐，召方从哲等人入弘德殿，顾命辅佐新君，“勉以用心办事”，并谕内阁：“皇太子青宫有年，实赖卿与司礼监，协心辅佐，遵守祖制，保固皇图，卿功在社稷，万世不泯。”神宗驾崩后，光宗即位。光宗先报答了对自己鼎立支持自己即位的各党臣工；然后各党参用，增补官僚，力图团结一切，有所作为。
但是他不久就因病去世，其间本来是众人共见，并无什么疑点，但是东林却有意制造出红丸案，企图一举扳倒方内阁。
东林新生代杨涟和佥都御史左光斗等人攻击方从哲1、引荐、赏赐李可灼。2、未加以预防。3、与郑家勾结。其实都是莫须有之辞。但是由于挺方势力已经崩坏，方内阁的威性开始迅速瓦解。
3、移宫案
光宗方死，东林就逼迫宠妃李选侍移宫，以达到控制新君的目的，其间几度作秀。
方从哲终于不甘再庸碌无为，向东林步步退让，于是他决心奉光宗顾命，保一下李选侍，不料又招来东林攻击而无法抵御。最后不得不和东林妥协。
但是东林又抓住机会反攻，指责方：1、收受贿赂。2、态度迟疑。3、干预移宫。直指他是郑党，企图谋大逆，并把此事与“红丸案”联系起来。孙慎行、惠世扬等东林党人猛烈攻击从哲，欲致之死地。
但方从哲的势力虽然无法与东林抗衡下去，但毕竟还未完全崩溃。于是借着六月中重新调查三案的契机，东林温和派和从哲完成了政治交易，用一个“众臣皆有罪”的较公正结论换取方辞职。实际上是给方一个台阶下。
自知已经失去平衡器功能，于朝局无补的方从哲，于是辞职，换来身家平安。
东林凭借“三案”党争，一举打倒其他势力，得以独揽乾坤。
退休生活
在韩爌等人调解说和下度过最大难关后，方从哲即顺驴下坡，投桃报李，主动提出要求下野。泰昌元年十一月三、二十日，他连续两次上书乞休。明熹宗按例慰留之。不过此时从哲去职已经是各派共识。因此至十二月二十八日，皇帝终于批准。
熹宗传谕曰：“（方从哲）竭诚调护，劳者三朝（神宗、光宗、熹宗），从来未有。朕眷任耆旧，倚赖方殷，卿乃连朝乞身，情词迫切，勉从所请，成卿雅志”。并着命，“新任职衔，进中极殿大学士，就第赐银一百两，彩叚四表里，大红纻丝坐蟒衣一袭，仍准补六年考满。”方从哲虽在“三案”后，饱受廷臣批评和东林攻击，然而皇帝仍然礼遇从哲，让他由行人护送归籍。
之后，言路对方从哲的攻击，也因方从哲乞休获准，而暂时停止。
他下台后，东林党任用私人袁应泰、王化贞（后转投阉党）取代熊廷弼。主掌辽东，先后酿成辽沈和广宁两次大败，辽东明军全部覆灭。
阉党当权，反扑东林，编成《三朝要典》，其中对方从哲多有维护。原本攻击方从哲，企图置他于死地的东林党新贵也报应来到，纷纷被杀被罢。之后，已经投靠阉党的同年徐大化请他东山再起，企图依靠他来重整三党，对抗魏客集团，从而达到自己的目的。但老练的方从哲看出这是一滩混水，万万踩不得，并且他和东林温和派还保持着默契，因此徐大化的建议被他严词拒绝。不久魏忠贤察觉了徐的企图，将其革职。
崇祯元年卒。赠太傅（一说太师），谥文端。