辽东边事
方从哲大拜以来，辽东缺饷，一如各镇。李成梁、李如松父子去任后，边防逐步败坏。建州女真在万历三十年开始，逐渐兴起，骚扰地方。
李成梁再次镇辽后，于万历三十四年放弃早年自己修建的宽奠（今辽宁省宽甸）等堡，并开马市等，一度缓和了边事，但却为将来埋下了更大的后患。方从哲上任后，继续前任政策，信用李家将，听任辽军私兵化，以为守边之策。
然而万历四十三年，九十三岁的李成梁去世。此时辽军已经变成将领的封建私兵，“成梁诸战功率藉健儿。其后健儿李平胡、李宁、李兴、秦得倚、孙守廉辈皆富贵，拥专城，暮气难振。”军饷不足，加上将领吃空饷，军户们纷纷破产逃亡。辽军已经不堪一战。
一年后即万历四十四年，“奴儿哈赤（即努尔哈赤，下同）号后金国汗，建元天命。”奴儿哈赤的称帝，使明朝意识到辽东防卫的重要性，因此廷臣纷纷提出建言，并屡奏辽东急缺军饷。
方从哲亦疏请曰：“今缺饷至于数月，诸军饥不得食，寒不得衣。……宜速发内帑数十万，先尽该镇，次及九边，用以抒燃眉之忧。”并几次杜门以示态度坚决。
由于边镇的缺饷，群臣要求神宗发内帑的呼声越高，直至万历四十四年十月，神宗方对此作出回应，允诺发出太后积储银三十万两，其余军饷则交由户部会同兵部议借。
然而辽东局势瞬息万变，至万历四十六年四月十三日，奴儿哈赤以“七大恨”告天，遂正式与明朝决裂。
万历四十六年四月十五日凌晨，奴儿哈赤突袭抚顺，四月二十一日，奴儿哈赤佯退所部之军队，引诱明军深入后夹攻之。结果造成副总兵颇廷相（？~1618）、游击梁汝贵（？~1618）相继战死。七月二十二日，奴儿哈赤围攻清河，虽有游击邹储贤力战，最后清河仍失陷。
三个月之间，辽东边墙第一线的重要堡垒接连丢失，辽东的局势对明朝而言，将更为严峻。
此时，正为神宗“虚心接受，坚决不改”态度而头痛的方从哲，亦倍感边事日重，故曾经奏言：“军国重事，断非病夫绵力所能承担，兹者边报纷纭，日繁圣听，如臣寡昧，何能运一筹、决一策，以纾九重霄旰之忧。”希望能够去位让贤，并以补阁臣、补大僚、补言官、发帑金四事以请，然而奏疏均为神宗留中。
不过面对为难局势，神宗还是有所振作。毕竟此时形势已无法让他无为而治下去。
万历四十六年五月二十七日，由兵部召开的九卿科道会议后，杨镐成为辽东经略，其余大员也陆续诏用。包括“诏总督侍郎汪可受先出关，代李维翰驻辽阳，保定抚臣驻易州，御史陈王庭代杨一桂巡按辽东，以废将李如柏总辽镇兵，及征废将杜松屯山海关，刘綎、柴国柱等赴京听用。”25
不过主要佐理杨镐弭平奴儿哈赤的将领，分别为李如柏、杜松、马林、刘綎等四员。
兵力方面，虽然已接连损兵折将，但“主客兵丁，各四万有奇”，不久川陕强兵相继援辽，总兵力达到10多万（一说13万）。建州叛军方面，总兵力10万有余，战兵大约4万人。明军似乎占有一定优势。
虽然如此，但明军将领离心，上下解体；军饷欠发，兵多虚报；器械不修，情报外泻，可谓隐患重重。
举例而言：当时杨镐的计划，交众人先商议然后定，以至于邸报上竟白纸黑字写出“XX将率大兵XX万，从XX出师，往XX地方”，虽然在己方实力上或有所夸大，但是总体计划暴露无疑。以至于当时并不参与机密的徐光启（正遭讦，称病去职，屯耕于天津）也能看到，还写信给朋友称敌人必然将四路大军各个击破，“当之者必杜将军也”（4）。其他可知！叛军不用像有的书上记载那样由杨镐或李如柏小妾告知，就可以轻松得到情报，制定相应方略。
结果自不待言，万历四十七年二月九万大军兵出边墙，围攻赫图阿拉。之后双方爆发萨尔浒战役 ，明军被各个击破，88550余名出阵官兵损失46000余人。随征的朝鲜军全军覆灭。
至此，全国震动，方从哲的上书称“自有辽东警报以来，大小臣工无不骇愕，而民间尤甚。加以山海关，又有虏报，人心愈益恐怖，讹言四起，各思奔窜。官吏士民以及商贾，向寓京师者率多，携家避难而去，且迩来四方饥民就食来京者，不知几千万”。350万两白银的军费，也随着战斗的失败打了水漂。
其后，经过方从哲等人会推，楚党人士，东林在言路的死敌之一，曾任辽东巡按的熊廷弼出任辽东经略，局势逐步稳定。
方从哲大拜以来，辽东缺饷，一如各镇。李成梁、李如松父子去任后，边防逐步败坏。建州女真在万历三十年开始，逐渐兴起，骚扰地方。
李成梁再次镇辽后，于万历三十四年放弃早年自己修建的宽奠（今辽宁省宽甸）等堡，并开马市等，一度缓和了边事，但却为将来埋下了更大的后患。方从哲上任后，继续前任政策，信用李家将，听任辽军私兵化，以为守边之策。
然而万历四十三年，九十三岁的李成梁去世。此时辽军已经变成将领的封建私兵，“成梁诸战功率藉健儿。其后健儿李平胡、李宁、李兴、秦得倚、孙守廉辈皆富贵，拥专城，暮气难振。”军饷不足，加上将领吃空饷，军户们纷纷破产逃亡。辽军已经不堪一战。
一年后即万历四十四年，“奴儿哈赤（即努尔哈赤，下同）号后金国汗，建元天命。”奴儿哈赤的称帝，使明朝意识到辽东防卫的重要性，因此廷臣纷纷提出建言，并屡奏辽东急缺军饷。
方从哲亦疏请曰：“今缺饷至于数月，诸军饥不得食，寒不得衣。……宜速发内帑数十万，先尽该镇，次及九边，用以抒燃眉之忧。”并几次杜门以示态度坚决。
由于边镇的缺饷，群臣要求神宗发内帑的呼声越高，直至万历四十四年十月，神宗方对此作出回应，允诺发出太后积储银三十万两，其余军饷则交由户部会同兵部议借。
然而辽东局势瞬息万变，至万历四十六年四月十三日，奴儿哈赤以“七大恨”告天，遂正式与明朝决裂。
万历四十六年四月十五日凌晨，奴儿哈赤突袭抚顺，四月二十一日，奴儿哈赤佯退所部之军队，引诱明军深入后夹攻之。结果造成副总兵颇廷相（？~1618）、游击梁汝贵（？~1618）相继战死。七月二十二日，奴儿哈赤围攻清河，虽有游击邹储贤力战，最后清河仍失陷。
三个月之间，辽东边墙第一线的重要堡垒接连丢失，辽东的局势对明朝而言，将更为严峻。
此时，正为神宗“虚心接受，坚决不改”态度而头痛的方从哲，亦倍感边事日重，故曾经奏言：“军国重事，断非病夫绵力所能承担，兹者边报纷纭，日繁圣听，如臣寡昧，何能运一筹、决一策，以纾九重霄旰之忧。”希望能够去位让贤，并以补阁臣、补大僚、补言官、发帑金四事以请，然而奏疏均为神宗留中。
不过面对为难局势，神宗还是有所振作。毕竟此时形势已无法让他无为而治下去。
万历四十六年五月二十七日，由兵部召开的九卿科道会议后，杨镐成为辽东经略，其余大员也陆续诏用。包括“诏总督侍郎汪可受先出关，代李维翰驻辽阳，保定抚臣驻易州，御史陈王庭代杨一桂巡按辽东，以废将李如柏总辽镇兵，及征废将杜松屯山海关，刘綎、柴国柱等赴京听用。”25
不过主要佐理杨镐弭平奴儿哈赤的将领，分别为李如柏、杜松、马林、刘綎等四员。
兵力方面，虽然已接连损兵折将，但“主客兵丁，各四万有奇”，不久川陕强兵相继援辽，总兵力达到10多万（一说13万）。建州叛军方面，总兵力10万有余，战兵大约4万人。明军似乎占有一定优势。
虽然如此，但明军将领离心，上下解体；军饷欠发，兵多虚报；器械不修，情报外泻，可谓隐患重重。
举例而言：当时杨镐的计划，交众人先商议然后定，以至于邸报上竟白纸黑字写出“XX将率大兵XX万，从XX出师，往XX地方”，虽然在己方实力上或有所夸大，但是总体计划暴露无疑。以至于当时并不参与机密的徐光启（正遭讦，称病去职，屯耕于天津）也能看到，还写信给朋友称敌人必然将四路大军各个击破，“当之者必杜将军也”（4）。其他可知！叛军不用像有的书上记载那样由杨镐或李如柏小妾告知，就可以轻松得到情报，制定相应方略。
结果自不待言，万历四十七年二月九万大军兵出边墙，围攻赫图阿拉。之后双方爆发萨尔浒战役 ，明军被各个击破，88550余名出阵官兵损失46000余人。随征的朝鲜军全军覆灭。
至此，全国震动，方从哲的上书称“自有辽东警报以来，大小臣工无不骇愕，而民间尤甚。加以山海关，又有虏报，人心愈益恐怖，讹言四起，各思奔窜。官吏士民以及商贾，向寓京师者率多，携家避难而去，且迩来四方饥民就食来京者，不知几千万”。350万两白银的军费，也随着战斗的失败打了水漂。
其后，经过方从哲等人会推，楚党人士，东林在言路的死敌之一，曾任辽东巡按的熊廷弼出任辽东经略，局势逐步稳定。