方从哲在此次会战过程中，本来称病在家。他对于这次作战的影响，主要有二：
1、请发军饷。
万历四十六年四月方从哲奏请“速下章奏、发帑金。”至于应军饷的具体数量，万历四十六年五月，廷臣会议辽事时，“先议粮饷一百万两，太仓、太仆、工部合得五十万两，此外五十万两，不能不仰望于内帑。”为此，首辅方从哲曾奏请神宗：发内帑银五十万，共成百万，以充援兵之费。此但为一时防御计，未尝议及大举也。”故当时筹措军饷，以达银百万两为目标，尚勉强能充援兵之费。然而当时国库缺饷，黄克缵在〈与阁下方相公〉，信中曾云：“南都积贮无几，而户、兵二部借至三十五万，几于倒藏而出矣，南户部此时仅银二十三万余两，借出二十万，则旦夕之间，无银给军。”
而当时神宗暂发帑金十万应急，从哲认为神宗所发帑金十万之举，虽人心感激，然杯水车薪，希望再拨内库盈余，以应军需。然神宗随即传谕内阁以内库不足，予以拒绝。其后方从哲虽屡疏奏请发帑，甚至亲赴宫门求见神宗，仍然不得见。
2、催促进兵。
当时一线将领多认为准备不够充分。但是朝议时唯恐用兵过久，影响国家财政，希冀速战速决。而赵兴邦等人，又不知用兵之法，因此发红旗促战，且方从哲写信催促杨镐，于是双方大战提前展开。
这一点历来为人诟病，加上此后从哲力保兵科给事中赵兴邦，引发东林众人攻击。但是考虑到当时财政的困难（见上文1、请发军饷），这一点也是无可奈何的行为。
然而无论如何，辽东的失败方从哲作为当局宰相，不可能不负责，因此他一度引咎，但再次未获批准。此举遭到了更大规模的攻击。方从哲的声望，开始大大下降。
后院起火
万历四十六年，就是抚顺失守的那一年，也就是党争大乱斗高潮前一年，方从哲意外后院起火。他的长子，大明尚宝局丞（荫官）方世鸿被牵涉入一宗杀人命案。
方世鸿是方从哲长子，他因父得一闲官，不学无术，沦为一京城浪子。在狎伎时牵涉入伎女坠马身亡事件。因此被巡城御史弹劾而撤职。当时人们传言伎女是被他打死的，因而议论纷纷。
方从哲“以子世鸿，被西城御史薛贞，以地方人命事参论。”欲引咎辞职。
神宗谕之曰：卿子以诖误被参，既经相验的系马惊跌伤，供证甚明，非因殴毙。着法司从公理问，方今国事殷繁，阁务重大，倚毗方切，岂得以子情，引咎求去。夫朕眷倚至意，卿宜仰体朕衷，速出入阁辅理，以成君臣泰交之义，不必再有托陈。
故从哲继续留任。但此事使得他的形象受损，威信大大下降。
此事与辽事作为一个标志，象征着在万历四十三年救济山东大饥荒时达到鼎盛的方内阁威望，与本年开始走下坡路。
党争风波
方从哲本来是一个下野老夫子，似乎不应该牵扯进党争。但明末党争酷烈，他也不能幸免。
当时沈一贯在位时期组织的“浙党”集团仍然存在，并在攻倒李三才的斗争中获得胜利。从而使得东林方面的形势恶化起来，令叶向高不安其位，才会急于辞职。但是交换条件却是推出双方都可以接受的在野老夫子方从哲出来主事。
但是尽管方从哲勉强想保持中立，但形势的变化让他很快就发现，自己不得不陷入党争的旋涡。当时言官行径跋扈，对于方从哲的批评十分严厉，尤其票拟一事，不论是捍卫票拟权的态度，或是票拟的内容，均遭言官予以论劾。在这种情况下，方虽然力求公允，但是也不得不依靠自己的“党人”来维持基本的统治权。实际上深陷党争的泥潭，无法自拔。
方从哲虽然起初属于无党派人士，但他曾任国子监司业、祭酒，门生众多，因此自然极容易运用师生间的人脉关系，来建立起政治网络。实际上，在他出山以前，其门人，担任给事中的亓诗教就已经组织了齐党。由于亓资历较浅，为了能够达成扩张势力，就力推从哲出山。
叶向高《蘧编》曾记曰：“赵公（赵世卿）既（因为“楚宗案”中死保浙党沈一贯而）去，齐人多咎余（叶向高）。而亓君文，中涵方公（方从哲）之门生，姚给事中永济私语余，亓君意无他，但欲启其座师耳，座师用，则自解矣。余向极力推毂方公，不得请。其后方公起家吏侍，副余主考至大拜，而亓犹攻余不止，盖必欲方公居首揆耳。当亓、吴疏上，余引咎求去。”这时是万历四十年，亓诗教希望重启里居山林已久的方从哲，藉由他们之间座主与门生的关系，在政治上可互为奥援。而诗教在从哲任阁臣后，依然批评叶向高如故，主要是想让座师方从哲，取代叶向高，进而担任首辅一职。
历来人们都说从哲是浙党，其实尽不然，他久居京师，除了门生外，主要组织顺天人为自己的人脉网络。而沈一贯的“浙党”比如赵焕等，则盟友而已。
万历四十三年，神宗用赵焕为吏部尚书，采纳赵焕的意见，各部各任命侍郎4人，又考选补充给事中17人，御史50人，言路称盛。但东林仍然肘制一切，主要原因除了与浙党的旧恨以外还有“庚戍之榜（万历三十八年）”进士待遇差别的问题。盖同年进士皆大才之人，而周永春、韩浚因是齐人，入“齐党”而大用。其他数人亦“急于富贵”（夏允彝语），因而不满，转投东林为骨干（如钱谦益）。
因此，到万历四十五年，三党结盟达到高潮，于是决定彻底清洗东林。
自从万历二十一年“癸巳京察”开始，东林就开始利用京察清洗异己。当时吏部考功司的郎中东林元老赵南星竟然公开宣称：“内察之典，六年一举，君子疾邪，小人报怨，皆于此时。以言者之意，就当俎者之意，如诗之断章，各取所求。”
1、请发军饷。
万历四十六年四月方从哲奏请“速下章奏、发帑金。”至于应军饷的具体数量，万历四十六年五月，廷臣会议辽事时，“先议粮饷一百万两，太仓、太仆、工部合得五十万两，此外五十万两，不能不仰望于内帑。”为此，首辅方从哲曾奏请神宗：发内帑银五十万，共成百万，以充援兵之费。此但为一时防御计，未尝议及大举也。”故当时筹措军饷，以达银百万两为目标，尚勉强能充援兵之费。然而当时国库缺饷，黄克缵在〈与阁下方相公〉，信中曾云：“南都积贮无几，而户、兵二部借至三十五万，几于倒藏而出矣，南户部此时仅银二十三万余两，借出二十万，则旦夕之间，无银给军。”
而当时神宗暂发帑金十万应急，从哲认为神宗所发帑金十万之举，虽人心感激，然杯水车薪，希望再拨内库盈余，以应军需。然神宗随即传谕内阁以内库不足，予以拒绝。其后方从哲虽屡疏奏请发帑，甚至亲赴宫门求见神宗，仍然不得见。
2、催促进兵。
当时一线将领多认为准备不够充分。但是朝议时唯恐用兵过久，影响国家财政，希冀速战速决。而赵兴邦等人，又不知用兵之法，因此发红旗促战，且方从哲写信催促杨镐，于是双方大战提前展开。
这一点历来为人诟病，加上此后从哲力保兵科给事中赵兴邦，引发东林众人攻击。但是考虑到当时财政的困难（见上文1、请发军饷），这一点也是无可奈何的行为。
然而无论如何，辽东的失败方从哲作为当局宰相，不可能不负责，因此他一度引咎，但再次未获批准。此举遭到了更大规模的攻击。方从哲的声望，开始大大下降。
后院起火
万历四十六年，就是抚顺失守的那一年，也就是党争大乱斗高潮前一年，方从哲意外后院起火。他的长子，大明尚宝局丞（荫官）方世鸿被牵涉入一宗杀人命案。
方世鸿是方从哲长子，他因父得一闲官，不学无术，沦为一京城浪子。在狎伎时牵涉入伎女坠马身亡事件。因此被巡城御史弹劾而撤职。当时人们传言伎女是被他打死的，因而议论纷纷。
方从哲“以子世鸿，被西城御史薛贞，以地方人命事参论。”欲引咎辞职。
神宗谕之曰：卿子以诖误被参，既经相验的系马惊跌伤，供证甚明，非因殴毙。着法司从公理问，方今国事殷繁，阁务重大，倚毗方切，岂得以子情，引咎求去。夫朕眷倚至意，卿宜仰体朕衷，速出入阁辅理，以成君臣泰交之义，不必再有托陈。
故从哲继续留任。但此事使得他的形象受损，威信大大下降。
此事与辽事作为一个标志，象征着在万历四十三年救济山东大饥荒时达到鼎盛的方内阁威望，与本年开始走下坡路。
党争风波
方从哲本来是一个下野老夫子，似乎不应该牵扯进党争。但明末党争酷烈，他也不能幸免。
当时沈一贯在位时期组织的“浙党”集团仍然存在，并在攻倒李三才的斗争中获得胜利。从而使得东林方面的形势恶化起来，令叶向高不安其位，才会急于辞职。但是交换条件却是推出双方都可以接受的在野老夫子方从哲出来主事。
但是尽管方从哲勉强想保持中立，但形势的变化让他很快就发现，自己不得不陷入党争的旋涡。当时言官行径跋扈，对于方从哲的批评十分严厉，尤其票拟一事，不论是捍卫票拟权的态度，或是票拟的内容，均遭言官予以论劾。在这种情况下，方虽然力求公允，但是也不得不依靠自己的“党人”来维持基本的统治权。实际上深陷党争的泥潭，无法自拔。
方从哲虽然起初属于无党派人士，但他曾任国子监司业、祭酒，门生众多，因此自然极容易运用师生间的人脉关系，来建立起政治网络。实际上，在他出山以前，其门人，担任给事中的亓诗教就已经组织了齐党。由于亓资历较浅，为了能够达成扩张势力，就力推从哲出山。
叶向高《蘧编》曾记曰：“赵公（赵世卿）既（因为“楚宗案”中死保浙党沈一贯而）去，齐人多咎余（叶向高）。而亓君文，中涵方公（方从哲）之门生，姚给事中永济私语余，亓君意无他，但欲启其座师耳，座师用，则自解矣。余向极力推毂方公，不得请。其后方公起家吏侍，副余主考至大拜，而亓犹攻余不止，盖必欲方公居首揆耳。当亓、吴疏上，余引咎求去。”这时是万历四十年，亓诗教希望重启里居山林已久的方从哲，藉由他们之间座主与门生的关系，在政治上可互为奥援。而诗教在从哲任阁臣后，依然批评叶向高如故，主要是想让座师方从哲，取代叶向高，进而担任首辅一职。
历来人们都说从哲是浙党，其实尽不然，他久居京师，除了门生外，主要组织顺天人为自己的人脉网络。而沈一贯的“浙党”比如赵焕等，则盟友而已。
万历四十三年，神宗用赵焕为吏部尚书，采纳赵焕的意见，各部各任命侍郎4人，又考选补充给事中17人，御史50人，言路称盛。但东林仍然肘制一切，主要原因除了与浙党的旧恨以外还有“庚戍之榜（万历三十八年）”进士待遇差别的问题。盖同年进士皆大才之人，而周永春、韩浚因是齐人，入“齐党”而大用。其他数人亦“急于富贵”（夏允彝语），因而不满，转投东林为骨干（如钱谦益）。
因此，到万历四十五年，三党结盟达到高潮，于是决定彻底清洗东林。
自从万历二十一年“癸巳京察”开始，东林就开始利用京察清洗异己。当时吏部考功司的郎中东林元老赵南星竟然公开宣称：“内察之典，六年一举，君子疾邪，小人报怨，皆于此时。以言者之意，就当俎者之意，如诗之断章，各取所求。”