赵南星对当时的形势和弊政有较为清醒的认识。为了挽救明王朝的统治危机，他呼吁进行政治改革。他认为，政治改革的关键是最高统治者──皇帝改变作风，带头遵守封建纪纲。他指出，"国是"是"皇上之国是"，"惟皇上能定之"，"皇上一身，天下之大纪纲也"，因此振纪纲必"自皇上始"。他认为，只要皇帝能改变作风，回到封建传统秩序的轨道上来，纪纲废弛的现象可以得到扭转，天下大治则不难达到。否则，即使有志大臣百计补救，也不会收到什么好的效果。在一份奏疏中，他说："臣等虽焦心苦思，不如皇上之一念足以孚格苍穹；臣等虽敝吻燥舌，不如皇上之一言足以鼓舞四海；臣等虽鞠躬殚力，不如皇上之一举动足以维新宇宙"。在一封信中，赵南星流露出同样的思想："天下事不意如此，视我辈薄游时便如隔世。虽有曲逆梁公，缚手无策。惟在至尊一念转移，太平可立见。不者，十周公何能为也"？
认识到了明代后期政治黑暗腐朽的根源，赵南星遂力图改革，对皇帝进行劝谏，希望其"一念猛省"，顿改前非。他先后上《覆新建张相公定国是振纪纲疏》、《覆陈侍御整颓纲疏》等奏疏，要求当朝皇帝"时御朝讲，数见大臣，勤理万机，务求至当"。
确实，在封建社会中，政治改革必须从最高领导层──皇帝开始。纲举目张，只有皇帝首先改变作风，带头实行改革，才能真正保证改革的顺利进行，改革也才能取得成功。因此，赵南星的振纪纲自皇帝始的主张是极有远见的，不失为医治当时弊政的一剂良方。倘若明神宗、明熹宗能听从赵南星等人的规谏（当时有此主张者还有很多），改变作风，亲勤理政，明王朝日益"溃败决裂、不可振救"的趋势是可以暂时遏制的，历史发展也会是另外一个样子，万历初年张居正改革可以为证。但是，在一个专制皇权高度发达的社会中，除非特殊情况，作为一国之主的皇帝是至尊无上的，大臣对皇帝的胡作非为仅有讽谏之权，讽谏不成则无如之何。明代后期的社会状况正是如此。赵南星等人的建议被皇帝当成耳边风，根本听不进去，依然我行我素。这，就使赵南星的振纪纲自皇帝始的主张无法实施，也难以见到成效。
二、去邪用正
封建官吏是皇帝藉以统治百姓的工具，国家法令的推行、钱粮赋税等的征收等无不要通过大量的封建官吏来执行和实施。因此，封建官吏是皇权构成中的重要因素，其邪正、贤否直接关系着封建国家的治乱。历代封建王朝，为了所谓的长治久安，多采取各种措施，慎选官吏，罢黜邪佞，引用正人。
明代后期，由于皇帝怠政庸懦，"贤奸杂用"，朝中"君子"与"小人"并立。万历年间，廷臣以在"国本"之争等事件中抗谏直言和依唯皇帝明显地分为了两派，前者主张尽早册立太子，并与明神宗的胡作非为展开斗争，以顾宪成、赵南星等为代表，逐渐形成东林党。后者依唯皇帝，人数虽少，但因有皇帝和部分首辅作后台，气焰嚣张，势力很盛，先后结为齐、楚、浙等党，"声势相倚，并以攻东林、排异己为事"。天启初年，明熹宗在东林党人的辅佐下改革弊政，大量引用正人，一时"东林势盛，众正盈朝"。但不久，宦官魏忠贤擅权，搜罗、起用遭排击的东林反对派，"自内阁、六部至四方总督、巡抚，遍置死党"，打击、残害正直的东林党人，"滥赏淫刑，忠良惨祸"，"亿兆离心"。
赵南星自小接受了封建正统教育，力主为政须"亲贤臣"、"远小人"，提倡用正去邪。赵南星认为，"君子"（贤臣）在位则国家安定，天下的治、乱与君子的进用与否，即"君子之气"的"伸"、"郁"有直接关系，所谓"天下之所以治安者，君子之气恒伸也。而天下之所以危乱者，君子之气恒郁也"。生活于明代后期，他对邪佞猖獗有更深刻的体会。他分析这种情况形成原因和危害说："天下之乱，乱于容恶。容恶者，宽身保富贵之术也。人皆自容其恶，虑人之不容也，而亦容人之恶。自容而恶愈甚，人人互相容而恶日多。恶人多而善人少，善人必不见容，此孟子所谓率兽食人者也，天下安得不乱"。这是对明代后期邪佞当权的揭露和控诉。赵南星认为，要使天下大治，就必须不容"恶"，去"恶人"，与邪佞展开坚决斗争。
赵南星曾为官吏部、都察院，主管官吏的考察、任免等，因此他得以把用正去邪的思想主张用于实践中。
认识到了明代后期政治黑暗腐朽的根源，赵南星遂力图改革，对皇帝进行劝谏，希望其"一念猛省"，顿改前非。他先后上《覆新建张相公定国是振纪纲疏》、《覆陈侍御整颓纲疏》等奏疏，要求当朝皇帝"时御朝讲，数见大臣，勤理万机，务求至当"。
确实，在封建社会中，政治改革必须从最高领导层──皇帝开始。纲举目张，只有皇帝首先改变作风，带头实行改革，才能真正保证改革的顺利进行，改革也才能取得成功。因此，赵南星的振纪纲自皇帝始的主张是极有远见的，不失为医治当时弊政的一剂良方。倘若明神宗、明熹宗能听从赵南星等人的规谏（当时有此主张者还有很多），改变作风，亲勤理政，明王朝日益"溃败决裂、不可振救"的趋势是可以暂时遏制的，历史发展也会是另外一个样子，万历初年张居正改革可以为证。但是，在一个专制皇权高度发达的社会中，除非特殊情况，作为一国之主的皇帝是至尊无上的，大臣对皇帝的胡作非为仅有讽谏之权，讽谏不成则无如之何。明代后期的社会状况正是如此。赵南星等人的建议被皇帝当成耳边风，根本听不进去，依然我行我素。这，就使赵南星的振纪纲自皇帝始的主张无法实施，也难以见到成效。
二、去邪用正
封建官吏是皇帝藉以统治百姓的工具，国家法令的推行、钱粮赋税等的征收等无不要通过大量的封建官吏来执行和实施。因此，封建官吏是皇权构成中的重要因素，其邪正、贤否直接关系着封建国家的治乱。历代封建王朝，为了所谓的长治久安，多采取各种措施，慎选官吏，罢黜邪佞，引用正人。
明代后期，由于皇帝怠政庸懦，"贤奸杂用"，朝中"君子"与"小人"并立。万历年间，廷臣以在"国本"之争等事件中抗谏直言和依唯皇帝明显地分为了两派，前者主张尽早册立太子，并与明神宗的胡作非为展开斗争，以顾宪成、赵南星等为代表，逐渐形成东林党。后者依唯皇帝，人数虽少，但因有皇帝和部分首辅作后台，气焰嚣张，势力很盛，先后结为齐、楚、浙等党，"声势相倚，并以攻东林、排异己为事"。天启初年，明熹宗在东林党人的辅佐下改革弊政，大量引用正人，一时"东林势盛，众正盈朝"。但不久，宦官魏忠贤擅权，搜罗、起用遭排击的东林反对派，"自内阁、六部至四方总督、巡抚，遍置死党"，打击、残害正直的东林党人，"滥赏淫刑，忠良惨祸"，"亿兆离心"。
赵南星自小接受了封建正统教育，力主为政须"亲贤臣"、"远小人"，提倡用正去邪。赵南星认为，"君子"（贤臣）在位则国家安定，天下的治、乱与君子的进用与否，即"君子之气"的"伸"、"郁"有直接关系，所谓"天下之所以治安者，君子之气恒伸也。而天下之所以危乱者，君子之气恒郁也"。生活于明代后期，他对邪佞猖獗有更深刻的体会。他分析这种情况形成原因和危害说："天下之乱，乱于容恶。容恶者，宽身保富贵之术也。人皆自容其恶，虑人之不容也，而亦容人之恶。自容而恶愈甚，人人互相容而恶日多。恶人多而善人少，善人必不见容，此孟子所谓率兽食人者也，天下安得不乱"。这是对明代后期邪佞当权的揭露和控诉。赵南星认为，要使天下大治，就必须不容"恶"，去"恶人"，与邪佞展开坚决斗争。
赵南星曾为官吏部、都察院，主管官吏的考察、任免等，因此他得以把用正去邪的思想主张用于实践中。