官吏的考核是辨别邪、正的重要依据，是决定去取的基础，赵南星对之特别重视。他抨击了当时的考核不实，指出考核者与被考核者往往彼此勾结，互相包庇，使考核徒为虚文，因此导致"贤奸杂用"，朝政隳坏。为了保证考核得实，他提出，当抚按考察后，"即将其所举、劾，令河南道发单各道，一一细加咨访，如考察之例"；在吏部考功司、都察院河南道及吏科"各立荐举簿一扇"，每遇抚按举、劾疏至，即记录在案，以备对照，"滥举必罚"；内、外官员"互相觉察"，"若有不公不法，通同故纵，以致属下举首、百姓告发，俱当连坐"。
在考核得实的基础上，赵南星主张秉公澄汰。他在主持澄汰时，公开宣布："事有益于国家，即所当为。人有合于道义，即所当与。本无可避之嫌"。对邪佞之臣，他坚决惩处，毫不手软。早在任文选员外郎时，他就上《剖露良心疏》，所抨击者，如左都御史吴时来、左副都御史詹仰庇、少詹事黄洪宪、给事中唐尧钦、御史蔡系周、孙愈贤等，"皆众论不予者"。万历二十一年（1583年），他与吏部尚书孙鑨主持大计，"首黜所亲都给事中王三余及（孙）鑨甥、文选员外郎吕胤昌，他附丽政府及大学士赵志皋弟皆不免"。天启三年（1623年），他以左都御史佐主京察，以故给事中亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣四人"先朝结党乱政"，置于"不谨"而黜之，"他所澄汰，一如为考功时"。对于正直之臣，赵南星极力推用。为吏部尚书时，他"益搜举遗佚，布之庶位。高攀龙、杨涟、左光斗秉宪，李腾芳、陈于廷佐铨，魏大中、袁化中长科道，郑三俊、李邦华、孙居相、饶伸、王之寀辈悉置卿贰。而四司之属，邹维琏、夏嘉遇、张光前、程国祚、刘廷谏亦皆民誉"。
赵南星的去邪用正思想和实践，说到底就是打击以齐（亓诗教、赵兴邦）、楚（官应震、吴亮嗣）、浙等党为代表的邪佞之臣，引用以东林党为代表的正直之臣，因而没有摆脱当时廷臣的门户之争。但是，由于东林党人代表了维护传统封建秩序的势力，一定程度上又能反映广大人民的利益和呼声，因此得到当时社会各阶层的广泛支持和拥护。邪党人士则多属贪赃无耻之徒，为百姓所恨，为公论所鄙。赵南星作为东林党的首领之一，其去邪用正确实在一定程度上反映了明代后期社会各阶层的共同心愿，故而一时颇得好评。如，万历二十一年（1593年）京察后，"国论大快，谓二百年计典绝调"。天启年间，他举用名德旧臣，中外"忻忻望治"。
不过，由于赵南星去邪用正实践得不到皇帝的支持，而且直接触犯了当权者的利益，因此难以持久，并取得实效，赵南星本人也受到打击迫害。前述上《剖露良心疏》后，给事中李春开"媚众纠（赵）南星"，赵南星被迫"引疾归"。前述京察后，"政府大不堪"，不久赵南星即坐莫须有之罪而斥为民。天启年间，他广引正人，"而小人侧目"，滋欲去之。给事中傅櫆遂以邹维琏改吏部而"己不与闻"，"首假汪文言发难"，劾赵南星"紊旧制，植私人"，赵南星又被迫乞休。
三、改革官场作风
明代后期，吏治败坏是政治黑暗腐朽的一个重要方面。当时，官吏们多置国计民生于不顾，任上胡作非为，官场中歪风盛行。其一，是贪污之风盛行。大小官吏为了满足自己穷奢极侈的腐朽生活的需要，任上多恣意盘剥，大肆贪污，赵南星称"今有司所在贪残，上下雷同"。其次，是"干进"之风盛行。为了谋求仕途升迁和得意，一些无耻之徒又用剥削来的钱财大行贿赂，笼络上官，甚至公开求官乞爵。赵南星揭露说："今之士人，以官爵为性命，以钻刺为风俗，以贿赂为交际，以嘱托为当然，以徇情为盛德，以请教为谦厚"。其三，重交际、忽政事之风盛行。在法度废弛的大背景下，官吏们多置政务于脑后，把大量时间花在交际上，政府行政效率极低。赵南星描述这股歪风说：每天上午，盥栉未毕，"客已到门"，"彼往此来，踵相随属"；到了午时，交际完毕，然后入衙门，"以昏倦之余"料理公事，日日如此。
对于这些歪风，赵南星主张坚决予以扭转。
在考核得实的基础上，赵南星主张秉公澄汰。他在主持澄汰时，公开宣布："事有益于国家，即所当为。人有合于道义，即所当与。本无可避之嫌"。对邪佞之臣，他坚决惩处，毫不手软。早在任文选员外郎时，他就上《剖露良心疏》，所抨击者，如左都御史吴时来、左副都御史詹仰庇、少詹事黄洪宪、给事中唐尧钦、御史蔡系周、孙愈贤等，"皆众论不予者"。万历二十一年（1583年），他与吏部尚书孙鑨主持大计，"首黜所亲都给事中王三余及（孙）鑨甥、文选员外郎吕胤昌，他附丽政府及大学士赵志皋弟皆不免"。天启三年（1623年），他以左都御史佐主京察，以故给事中亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣四人"先朝结党乱政"，置于"不谨"而黜之，"他所澄汰，一如为考功时"。对于正直之臣，赵南星极力推用。为吏部尚书时，他"益搜举遗佚，布之庶位。高攀龙、杨涟、左光斗秉宪，李腾芳、陈于廷佐铨，魏大中、袁化中长科道，郑三俊、李邦华、孙居相、饶伸、王之寀辈悉置卿贰。而四司之属，邹维琏、夏嘉遇、张光前、程国祚、刘廷谏亦皆民誉"。
赵南星的去邪用正思想和实践，说到底就是打击以齐（亓诗教、赵兴邦）、楚（官应震、吴亮嗣）、浙等党为代表的邪佞之臣，引用以东林党为代表的正直之臣，因而没有摆脱当时廷臣的门户之争。但是，由于东林党人代表了维护传统封建秩序的势力，一定程度上又能反映广大人民的利益和呼声，因此得到当时社会各阶层的广泛支持和拥护。邪党人士则多属贪赃无耻之徒，为百姓所恨，为公论所鄙。赵南星作为东林党的首领之一，其去邪用正确实在一定程度上反映了明代后期社会各阶层的共同心愿，故而一时颇得好评。如，万历二十一年（1593年）京察后，"国论大快，谓二百年计典绝调"。天启年间，他举用名德旧臣，中外"忻忻望治"。
不过，由于赵南星去邪用正实践得不到皇帝的支持，而且直接触犯了当权者的利益，因此难以持久，并取得实效，赵南星本人也受到打击迫害。前述上《剖露良心疏》后，给事中李春开"媚众纠（赵）南星"，赵南星被迫"引疾归"。前述京察后，"政府大不堪"，不久赵南星即坐莫须有之罪而斥为民。天启年间，他广引正人，"而小人侧目"，滋欲去之。给事中傅櫆遂以邹维琏改吏部而"己不与闻"，"首假汪文言发难"，劾赵南星"紊旧制，植私人"，赵南星又被迫乞休。
三、改革官场作风
明代后期，吏治败坏是政治黑暗腐朽的一个重要方面。当时，官吏们多置国计民生于不顾，任上胡作非为，官场中歪风盛行。其一，是贪污之风盛行。大小官吏为了满足自己穷奢极侈的腐朽生活的需要，任上多恣意盘剥，大肆贪污，赵南星称"今有司所在贪残，上下雷同"。其次，是"干进"之风盛行。为了谋求仕途升迁和得意，一些无耻之徒又用剥削来的钱财大行贿赂，笼络上官，甚至公开求官乞爵。赵南星揭露说："今之士人，以官爵为性命，以钻刺为风俗，以贿赂为交际，以嘱托为当然，以徇情为盛德，以请教为谦厚"。其三，重交际、忽政事之风盛行。在法度废弛的大背景下，官吏们多置政务于脑后，把大量时间花在交际上，政府行政效率极低。赵南星描述这股歪风说：每天上午，盥栉未毕，"客已到门"，"彼往此来，踵相随属"；到了午时，交际完毕，然后入衙门，"以昏倦之余"料理公事，日日如此。
对于这些歪风，赵南星主张坚决予以扭转。